A matéria se move de um modo diferente do que como a energia se move. Assim, ao contrário do fluxo de energia unidirecional, a matéria é reciclada dentro e entre os ecossistemas. Elementos que passam de um organismo para outro em loops fechados são chamados ciclos biogeoquímicos. Este ciclo envolve processo biológico, processo geológico e processo químico. As atividades humanas também desempenham um papel significativo nos ciclos biogeoquímicos. A matéria que se move através deste ciclo nunca é destruída ou criada , simplesmente é alterada.

Processo Biológico: Consiste em toda e qualquer atividade realizada por organismos vivos (respiração, queima e eliminação de resíduos).

Processo geológico:Inclui erupções vulcânicas, a formação e decomposição de rochas e os principais movimentos da matéria dentro e abaixo da superfície da Terra.

Processo Químico e Físico: Incluir a formação de nuvens e precipitação, o fluxo de água corrente e a ação do raio.