Alguns dos principais fatores que podem levar a coloração Gram a erros são:
Precipitação do corante: simula cocos Gram-positivos.
Uso de lâminas que não tenham sido pré-limpas ou desengorduradas.
Espessura do esfregaço: pode corar irregularmente.
Superaquecimento na fixação pelo calor: destruição da morfologia.
Além dos erros citados acima, a descoloração insuficiente com álcool-acetona permite a retenção do cristal-violeta, o que dificulta a observação de bactérias Gram-negativas. Por outro lado, esfregaços obtidos de culturas velhas ou contendo numerosas bactérias mortas ou expostas à ação de antibióticos apresentam irregularidades na coloração.
As bactérias Gram-positivas perdem a capacidade de reter o cristal-violeta, apresentando-se Gram-negativas; as Gram-negativas podem corarse mais fracamente pela safranina, podendo simular a ocorrência de infecções mistas.Um resultado positivo de Gram com cultura negativa pode sugerir contaminação do corante, presença de agentes antimicrobianos na amostra do paciente ou falha no crescimento de microrganismos devido às condições utilizadas (atmosfera, ação seletiva dos meios de cultura, etc.).
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