A síntese de malonil-CoA é o primeiro passo da lipogénese mas, mesmo em células onde a lipogénese não é um processo relevante ou não existe (músculos esquelético e cardíaco), a carboxílase de acetil-CoA tem um papel importante pois o malonil-CoA regula (inibe) a oxidação dos ácidos gordos.
A reação envolvida é
ATP + H2O + CO2 + acetil-CoA ---> ADP + Pi + malonil-CoA
Assim, as enzimas envolvidas são acetil-CoA e piruvato.
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