Se for na Cadeia Respiratória, é por que o NADH passa pelo complexo I, III e IV, totalizando 10 H+, sendo 4+ da passangem pelo complexo I, 4+ do complexo III e 2H+ do IV. O FADH2 só passa pelo complexo II que não produz H+, depois passa pelo complexo III e forma 4H+ e mais 2H+ pelo complexo IV, totalizando 6H+. Para cada 4H+, temos 1 ATP, então no NAD forma 2,5 ATP (alguns livros arredondam para 3 ATPs) e o FADH2 forma 1,5 (alguns arredondam para 3 ATPs).
A respiração aeróbica é comum em todos os organismos eucarióticos, o processo respiratório nas plantas é bem similar ao encontrado nos animais. No entanto a respiração em vegetais distingue em alguns pontos da respiração animal. A respiração aeróbica é um processo biológico pelo qual compostos orgânicos reduzidos são mobilizados e oxidados de uma maneira controlada.
Essas coenzimas são responsáveis por captar os elétrons de alta energia liberados nas reações de oxidação (são reduzidas). Depois, elas transferem esses elétrons de alta energia (sofrem oxidação) para outras substâncias, como as bombas de íons H+ localizadas nas membranas internas das mitocôndrias e enzimas do ciclo de Calvin-Benson na fotossíntese.
O NADH transfere os elétrons de alta energia e, com isso, energia, para o primeiro dos três complexos proteicos localizados na membrana interna das mitocôndrias, responsável por bombear H+ para o espaço intermembranar.
Portanto, os elétrons de alta energia do FADH2 serão transferidos para o segundo complexo proteico bombeador de íons H+ nas membranas internas das mitocôndrias. Assim, ao contrário dos elétrons fornecidos pelo NADH, que passam pelas três bombas de H+, os do FADH2 passam por duas. Por isso, às vezes se lê que os elétrons do FADH2 têm menos energia ou algo do tipo.
Fonte: http://docentes.esalq.usp.br/luagallo/metcarboidratos.html
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