Se o Patrimônio Líquido de uma empresa tem valor negativo, duas contas, pelo menos, obrigatoriamente o integram. São elas:

Capital Subscrito (Social) e Prejuízos Acumulados.

O Capital Subscrito, embora pertença ao capital da empresa, pode nem sempre estar integralizado (não entregue) aos recursos da empresa, por isso nem sempre representa um valor positivo junto ao patrimônio líquido. O mesmo ocorre com os prejuízos acumulados, eles apresentam um valor negativo no patrimônio líquido pois representam um saldo devedor.

Fonte: http://socontabilidade.com.br/conteudo/patrimonio2.php
http://www.portaldecontabilidade.com.br/tematicas/lucrosacumulados.htm