Alguém sabe me dizer porque a produção biologica de energia de faz por etapas?

Se as etapas que você diz são glicólise, ciclo de Krebs e fosforilação oxidativa, creio que seja porque nem sempre o destino final do nutriente é energia, ou uso de oxigênio.

Por exemplo, uma glucose a nível muscular, em atividade anaeróbia, com uso diminuído de oxigênio, pára em piruvato e, a partir desse ponto de "divisão", é possível que resulte em lactato, com produção mais rápida de energia.

Ou, ainda, uma glucose que chega à piruvato, sem o sinal para produção de energia, será desviada para a síntese de ácidos graxos ou colesterol. Tudo depende se sinais hormonais e, dependendo do objetivo final, os pontos de alteração e rotas "alternativas" acontecem entre as "etapas".