O mandado de segurança é o meio legitimo para obter pelo tribunal da homologação de acordo, não deferido pelo juiz da Vara?

Depende... a ausência de homologação pode ocorrer por diversos fatores, desde o não comparecimento do interessado para ratificação até a não aceitação dos termos pelo magistrado. Teria que ser feita uma análise do caso, mas, de início, preenchidos todos os requisitos para a homologação e esta não ocorrendo por arbitrariedade do Juízo, seria cabível o MS.

Não, caberá recurso ordinário da sentença que rejeitar a homologação do acordo ou parte dele.