A estrutura secundária de uma proteína é gerada pela maneira que os aminoácidos interagem, formando ligações intermoleculares. Estas interações criam uma conformação espacial filamentosa de polipeptídeo. As conformações secundárias mais estudadas das proteínas são a alfa-hélice e a estrutura beta-plana.
Alfa-hélice e beta-plana são as duas principais conformações da estrutura secundária de proteínas. De acordo com a estrutura primária, a estrutura secundária tem uma ou outra forma. Na alfa-hélice a estrutura polipeptídica se encurva pela ação de pontes de hidrogênio formando uma espiral ou uma hélice. Na beta-plana, a proteína é mais distendida e as pontes de hidrogênio se formam em ziguezague, modelando a proteína em uma estrutura chamada de beta-pregueada. Muitas sequências beta-pregueadas formam a estrutura beta-plana.
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