Empregado é obrigado a trabalhar em mais de um local de trabalho com CNPJ diferente?

se estiver no contrato , for trabalhador externo , acho que sim

Depende. O simples de fato de ser um CNPJ diferente não impede a caracterização da empresa como responsável pelo empregado, conforme previsto no § 2º do artigo 2º da CLT:

Art. 2º - Considera-se empregador a empresa, individual ou coletiva, que, assumindo os riscos da atividade econômica, admite, assalaria e dirige a prestação pessoal de serviço.

(...)

§ 2o  Sempre que uma ou mais empresas, tendo, embora, cada uma delas, personalidade jurídica própria, estiverem sob a direção, controle ou administração de outra, ou ainda quando, mesmo guardando cada uma sua autonomia, integrem grupo econômico, serão responsáveis solidariamente pelas obrigações decorrentes da relação de emprego.

Sendo assim, desde que:

(i) esse outro local, com CNPJ diferente, possua a mesma direção, controle ou administração;

(ii) não haja alteração prejudicial ao empregado, seja em suas condições de trabalho quanto a sua remuneração.

Aí sim é possível que o empregado trabalhe em outro local, com CNPJ diferente. Caso contrário, não poderá ser obrigado.