Ao contrário das isoenzimas, o número de marcadores RFLP é praticamente ilimitado, e o nível de polimorfismo alélico em cada loco é muito maior. Outra característica de marcadores de DNA em relação à isoenzimas é a alta estabilidade do DNA, que pode ser extraído, conservado e reutilizado por longos períodos de tempo. As membranas de hibridização também podem ser conservadas e reutilizadas por 15 ou mais vezes, o que assegura que o processo de obtenção das mesmas seja compensado por seu prolongado uso.
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