ciências da computação tem um enfoque na teoria da computação, em sistemas da informação e software em geral. engenharia da computação também vê isso, mas abrange sistemas elétricos, microcontroladores e demais demandas de hardware (é a fusão entre ciência da computação e engenharia elétrica).
leia um pouco mais aqui: http://guiadoestudante.abril.com.br/orientacao-vocacional/consulte-orientador/qual-diferenca-ciencia-computacao-engenharia-software-731291.shtml
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