por que escrevemos com letras diferentes palavras que são pronunciada com os menos sons

 Os romanos quando dominaram a península ibérica (espanha e portugal) deixaram lá sua marca, o latin 

Depois outros povos como a Grécia ocuparam a península ibérica, mas a sua influência não foi tão forte. Disso formou-se uma língua na península ibérica. O chamado galego. Que era uma mistura de latin, grego e outras linguas.

Obs. quando a península ibérica se separou em Portugal e Espanha, o galego se desenvolveu diferentemente nos dois países, por isso o português e o espanhol são tão semelhantes. 

Este português foi trazido pelos colonizadores ao brasil, e aqui ele se misturou com outras linguas. 

Hoje nossa língua é uma mistureira. Além de ter sentidos diferentes e diferenciação essa mistura é uma dos principais motivos para essa mudança de letra para o mesmo som 

ex: /s/: s, ss, c, sc, ç... (tudo a mesma coisa)