O Juiz pode decidir contrariando a prova pericial e apoiando-se em testemunha?

Boa tarde Pedro, 

Sim, o Juiz pode decidir pela prova tetemunhal desde que ele fundamente seus motivos pela a escolha. Se ele desconsiderar uma prova importante como um laudo pericial, deverá expor os motivos que o levaram a desconsiderar tal prova.
Como esta expresso no artigo 131 do CPC: 
"O juiz apreciará livremente a prova, atendendo aos fatos e circunstâncias constantes dos autos, ainda que não alegados pela partes; mas deverá indicar, na sentença, os motivos que lhe formaram o convencimento".
Se outras provas, como por exemplo a testemunhal, já formar a convicção do Juiz ele pode dispensar a pericial. como prevê o artigo 420- II do CPC.

Lembrando que qualquer que seja a decisão do juiz, cabe recurso, ou seja, a matéria poderá ser revista pelos desembargadores.