Primários: nestes órgãos ocorre a linfopoese (produção de linfócitos), ou seja, as células se diferenciam das células tronco, proliferam e amadurecem tornando-se linfócitos funcionais. Encaixam-se aqui o timo, a medula óssea, fígado fetal, bursa de Fabricius (aves), placa de Peyer íleo-cecais (ruminantes).
Secundários: nestes órgãos é iniciada a resposta imune adquirida, por isso possuem aglomerados de células. São o baço e os linfonodos.
As células especializadas chamadas linfócitos T (produzidas no timo) e B (produzidas na medula óssea) cuja resposta é específica para cada antígeno. As células do sistema imune inato processam os antígenos e os apresentam aos linfócitos nos linfonodos.
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