Esta relacionado com o fato das enzimas reconhecerem o seu substrato (muitas vezes somente um único substrato). Assim enzimas podem catalisar reaçoes quimicas especificas dentro de uma determinada via bioquímica. As propriedades que permitem a diferenciação inclui o formato tridimensional da enzima (mais especificamente o sitio catalitico) que deve ser complementar ao formato do seu respectivo substrato. Além disso, varias interações químicas complentares ocorrem entre o substrato e o sitio catalítico, como ligaçoes covalentes, ligaçoes iônicas, pontes de hidrogenio entre outras, mas que sempre levam em consideraçao a complementariedade com o substrato, e isso inclui a natureza química dos aminoacidos que a compõe bem como íons metálicos e outros cofatores. Pode-se afirmar ainda que quanto maior o número de substrato que uma enzima catalisa menor sua especificidade, quanto menor o numero de substratos maior a sua especificidade para aquele substrato ( um grande número de enzimas sao altamente específicas e reconhecem um único substrato).
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