Crime de Incêndio

Sim, já que a figura qualificada presente no c do II do artigo do crime não exige a presença de passageiros, remete apenas a figura de 'embarcações'. 

Exatamente colega. 

Art. 250 - Causar incêndio, expondo a perigo a vida, a integridade física ou o patrimônio de outrem:

Pena - reclusão, de 3 (três) a 6 (seis) anos, e multa.

§ 1º - As penas aumentam-se de um terço:

I - se o crime é cometido com intuito de obter vantagem pecuniária em proveito próprio ou alheio;

II - se o incêndio é:

c) em embarcação, aeronave, comboio ou veículo de transporte coletivo;

Constitui aumento de pena.

Pois, segundo Renato Marcão, em seu livro Código Penal Anotado, pouco importa  se destinado ao transporte de coisas ou pessoas, bem como se no momento do fato eles estão sendo utilizados, uma vez que o incêndio em qualquer meio de transporte, geralmente, gera transtornos à comunidade.