As principais desvantagens são que nem sempre o recordatório pode refletir a ingestão habitual (pois o paciente pode alterar a alimentação no dia anterior à consulta), ausência de algumas informações (às vezes, por vergonha, o paciente pode omitir), má qualificação do profissional que aplica o inquérito (por exemplo, se você perguntar ao paciente se ele ingere determinado tipo de alimento, a tendência é que ele confirme, mesmo que não seja verdade). Além disso, é mais difícil de aplicar em idosos e pacientes com memória mais falha.
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