No que diz respeito à localização das placas de Payer no organismo, pode-se dizer que são encontradas:

As placas de Peyer são encontradas principalmente no íleo,  a  razão para isso é que nesta parte a flora bacteriana é mais abundante, ou sendo mais preciso, nesta região devem penetrar mais antígenos na parede intestinal. O tecido linfático é sempre mais desenvolvido em regiões por onde passam mais antígenos.