O ordenamento assegura a liberdade de criação e funcionamento das organizações religiosas,

Certo. Não há direito fundamental absoluto e a liberdade de criação e funcionamento das organizações religiosas devem ceder espaço para se adequar ao princípio da inafastabilidade do controle jurisdicional (art. 5º, XXXV, da CRFB):

"Art. 5º [...]

XXXV - a lei não excluirá da apreciação do Poder Judiciário lesão ou ameaça a direito;"

Ademais, é o que diz o enunciado 143 do CJF, com caráter doutrinário, mas que contribui para interpretação do direito: “A liberdade de funcionamento das organizações religiosas não afasta o controle de legalidade e legitimidade constitucional de seu registro, nem a possibilidade de reexame, pelo Judiciário, da compatibilidade de seus atos com a lei e com seus estatutos."