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Dois iniciadores ou iniciadores (em inglês, primers), oligonucleotídeos que são complementares a uma das duas cadeias de DNA. São seqüências curtas, entre seis e quarenta nucleotídeos, geralmente de dezoito a vinte e dois, que permitem à polimerase iniciar a reação. Eles devem ser enfrentados e não muito longe. Eles delimitam a área do DNA a ser amplificado, ou seja, correspondem aos nucleotídeos que definem as extremidades da sequência a ser replicada.