Essas microbiotas podem ser residentes, com colônias permanentes no corpo, que não produzem doenças e muitas vezes auxiliam para o bom funcionamento daquele local. Existem também as microbiotas transitórias, que são aquelas que podem aparecer por períodos específicos de tempo, sendo algo benéfico ou não.
É possível que microbiotas residentes se tornem transitórios, mas não de uma forma totalmente saudável, com doenças ou até mesmo medicamentos causando a retirada ou destruição da flora de um ambiente.
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