Quando a inflamação é mantida por um longo período de tempo (semanas ou meses), é mencionada a inflamação crônica, na qual coexistem tentativas de reparo e dano tecidual, em várias combinações. Pode ser causada pela manutenção da inflamação aguda (se a causa não for resolvida) ou pode começar progressivamente e não muito claramente, sem as manifestações da inflamação aguda. Este segundo caso é responsável pelo dano tecidual de algumas das doenças humanas mais incapacitantes, como artrite reumatóide, aterosclerose, tuberculose ou fibrose pulmonar. Além disso, é importante no desenvolvimento do câncere em doenças anteriormente consideradas exclusivamente degenerativas, como a doença de Alzheimer.
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