A degradação ocorre por meio de enzimas hidrolíticas (chamadas de " hidrolases ácidas ") capazes de degradar proteínas , lipídios e carboidratos em seus constituintes elementares e, sempre que possível, serem reutilizadas de outra maneira ou serem expulsas. Essas enzimas são ativadas em pH baixo (4,8), e isso é importante, pois reduz o risco de destruição da célula hospedeira se houver liberação acidental dessas enzimas no citoplasma (que tem pH 7). Para proteção adicional, a membrana do lisossomo contém, além de transportar proteínas para transportar os produtos da digestão para o citosol, grandes quantidades de glicídeos ligados a lipídios ou proteínas faciais não citosólicas. Além disso, parece que o lisossomo é protegido pela ação enzimática de seu conteúdo, graças à estrutura tridimensional específica das proteínas de sua membrana interna que são capazes de proteger os locais vulneráveis a ataques enzimáticos.
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