MHC de classe ll e cadeias α e β são produzidos no retículo endoplasmático, onde se juntam um com outro e com uma cadeia invariável que oclui a fenda de ligação do antígeno. O complexo MHC de classe ll- cadeia variável é transportada para outro compartimento endossoma/lissosomal onde a cadeia invariável é degradada, liberando na fenda um peptídeo chamado CLIP. Proteínas internalizadas pela via endocítica são degradadas por endossomas e lissosomas em peptídeos. Peptídeos específicos deslocam CLIP e se ligam fortemente a fenda da molécula do MHC de classe ll, que então é transportada para a superfície celular.
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