Assim como em ruminantes, o que determina a microbiota do ceco em equinos é o alimento que ele ingere. No caso de um ceco normal, se espera encontrar uma microbiota anaeróbica capaz de degradar carboidratos insolúveis mais complexos. Contudo uma dieta rica em carboidratos solúveis, indesejavelmente, poderá fermentar no ceco, reduzindo o pH cecal, devido ao maior crescimento de bactérias produtoras de ácido lático, o que poderá levar a quadros de distúrbios entéricos e metabólicos diversos como abdome agudo e laminite. A presença do ácido lático inibe o crescimento das bactérias favoráveis a uma melhor digestão e estimulam a microbiota indesejável.
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