ambas são muito parecidas, mas a cultura em volta delas é muito diferente. Por exemplo, Java tenta ser mais explícita, C# tenta ser mais concisa. Mas é muito comum algumas pessoas pregarem a cultura do Java em C# (é incrível como elas chegam falar em cultura C# quando na verdade estão falando de práticas comuns em Java que foram importadas por algumas pessoas que não entendem a diferença).
Java tem uma comunidade mais ativa publicamente. Para o bem ou para o mal. Em alguns mercados possui mais vagas abertas, o que não significa que existam mais posições. Afinal em certas culturas é mais comum trocar de emprego que em outras. Nada muito diferente, mas Java é um pouco mais abrangente em algumas coisas, porém mais dispersa também, é muito comum a duplicação de esforços, competição de ferramentas (que pode ser bom ou ruim) e maneiras diferentes de fazer a mesma coisa. Isso tem mudado um pouco.
A fonte mais recente que dá a resposta mais completa tá nesse site aqui
Uma boa diferença é que C++ é comumente usado em desenvolvimento de jogos, diferentemente do Java, que é bem usado em sistemas Web.
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