Para o organismo humano, as bactérias que causam bilateralidade de benefícios, ou seja, dão benefícios ao ser humano enquanto recebe proteção e nutrientes, são as da microbiota residente e adquirida. A Escherichia coli, por exemplo, vive normalmente em nosso intestino grosso e atua na produção de vitamina K e algumas vitaminas do Complexo B. Vale destacar, em contrapartida, que algumas bactérias E. coli provocam doenças em humanos.Para a natureza, as bactérias são importantes porque atuam na decomposição (juntamente com os fungos) e também participam do ciclo do nitrogênio.
A importância das bactérias é visível em diversos meios. Elas auxiliam: digestão de ruminantes, tratamento de esgoto, produção de antibióticos, fabricação de laticínios etc.
Elas contribuem, para melhorar a qualidade ambiental e de vida de diversas espécies. No sistema digestório de alguns organismos, como ruminantes e cupins, por exemplo, determinadas bactérias auxiliam na quebra de algumas substâncias, como a celulose.
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