O sêmen refrigerado é preparadado a partir do sêmen fresco diluído em diluente comercial (o mais utilizado para equinos são o Botusêmen®, Botuturbo® e Botugold®, todos da Botupharma) e mantido à temperatura de refrigeração. Esses diluentes têm vários ingredientes na composição que visam manter a viabilidade e aumentar a longevidade dos espermatozóides. Uma vez diluído, o sêmen é transportado em "caixas" específicas para essa função, com temperatura mantida entre 15°C e 5°C, reduzindo o metabolismo das células espermáticas e aumentando a longevidade do sêmen (nesses casos, a longevidade do sêmen varia entre 24 e 48 horas).
Já o sêmen congelado passa por várias etapas no processo de congelação e precisa ser mantido à temperatura de -196°C e, por isso, só pode ser armazenado e transportado em botijões ou garrafas espcíficas para isso, onde as paletas(ou palhetas) que contém o sêmen congelado estão constantemente submersas em nitrogênio líquido.
A escolha entre enviar uma dose de sêmen refrigerado ou congelado à um cliente depende de alguns fatores como: distância geográfica (uma vez que o sêmen refrigerado é viável até, no máximo 48 horas) e necessidade do cliente (em alguns casos esse cliente pode querer uma ou mais doses de sêmen de determinado garanhão, mas não deseja utilizar essa dose de imediato e sim num cruzamento futuro).
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