Text Material Preview
genética molecular: fundamentos y actividades prácticas serie textos de apoyo a la docencia free ebooks Número 49 Diciembre 2021 isbn: 978-956-6067-15-3 editorial universidad católica del maule Av. San Miguel 3605, Talca , Chile ediciones@ucm.cl Dirección Editorial: José Tomás Labarthe Edición: Darío Piña Diseño y diagramación: Javier Tiznado Dr. Luis Pastenes Opazo | Prof. Lorena Quezada Muñoz | Prof. Cristóbal Aravena Araya | Dra. Marta Fuentealba Cruz Genética molecular: Fundamentos y actividades prácticas Materias: Genética molecular, Biomoléculas, Ácidos Nucleicos, ADN, ARN, Proteínas. Talca, Chile, Ediciones ucm, 2021, Primera Edición La serie Textos de Apoyo a la Docencia (TAD) se presenta liberada para los lectores hispanoamericanos dado el compromiso que la Universidad Católica del Maule adopta con la difusión social del conocimiento. Todos los derechos reservados. Se autoriza su descarga y se autoriza su reproducción para fines académicos debiendo mencionarse la fuente editorial. 3 | genética molecular Si encuentras esta figura en la esquina derecha de la página significa que tiene botones para moverte de una a otra con facilidad o que contiene links para que puedas seguir estudiando. 4 | genética molecular Prólogo Introducción Capítulo 1 Ácidos nucleicos Capítulo 2 Proteínas Glosario Referencias bibliográficas 6 | genética molecular Luis Pastenes Opazo Ingeniero en Biotecnología Molecular (Universidad de Chile). Doctor en Ciencias Silvoagropecuarias y Veterinarias (Universidad de Chile). Investi- gador postdoctoral en el Centro de Regulación del Genoma (CRG-FONDAP). Académico de la Universidad Católica del Maule desde el 2016, donde dicta las asignaturas de Genética y Biología Molecular. Realiza investigación en las áreas de genética, evolución y conservación biológica. Autor y coautor de numerosos artículos científicos. Lorena Quezada Muñoz Profesora de Ciencias mención Biología de la Universidad Católica del Maule, titulada en el 2017. Actualmente trabaja como profesora de Ciencias en el Instituto Politécnico Ireneo Badilla Fuentes de Linares, desde el 2018. En este establecimiento educacional dicta las asignaturas de Biología, Química, Física y Ciencias para la ciudadanía. Cristóbal Aravena Araya Profesor de Ciencias mención Biología de la Universidad Católica del Maule, titulado en el 2017. Actualmente trabaja como profesor de Cien- cias en el Colegio Juan Salvador College de San Javier, donde dicta las asignaturas de Ciencias Naturales, Química y Física. Marta Fuentealba Cruz Licenciada en Ciencias Biológicas (Pontificia Universidad Católica de Chile). Magíster en Ciencias mención Zoología (Universidad de Concep- ción). Doctora en Ciencias Ambientales (Universidad de Concepción). Académica de la Universidad Católica del Maule desde el 2001. Autora y coautora de numerosos artículos científicos, además de cuatro Textos de Apoyo a la Docencia del área de las ciencias biológicas y ciencias ambientales. 7 | genética molecularVolver al índice Prólogo 8 | genética molecular Prólogo La genética molecular es la rama de la genética que estudia la estruc- tura, la organización y la función de la información genética a nivel molecular, e intenta explicar los mecanismos de la vida a partir de las propiedades macromoleculares que los sustentan. En particular, esta disciplina estudia los mecanismos de herencia y variación a nivel molecular, centrándose en el flujo y la regulación de la información genética entre las macromoléculas ADN, ARN y proteínas. El objetivo principal del presente texto es fortalecer el proceso formativo inicial en las carreras de Pedagogía de nuestra universidad, ya que el estudio de la genética molecular es fundamental en el Proyecto Formativo de Pedagogía en Ciencias con Mención. También será de ayuda en las carreras de Pedagogía en Educación Básica con Mención y Pedagogía en Educación Física. Asimismo, la enseñanza de la genética molecular es relevante para otras carreras vinculadas a las ciencias biológicas de la Universidad Católica del Maule, tales como Agronomía, Bioingeniería Médica, Enfermería, Ingeniería en Biotecnología, Ingeniería en Recursos Naturales, Medicina, Nutrición y Dietética, Química y Far- macia, y Tecnología Médica con Mención. Este texto podrá utilizarse en asignaturas tales como Biología General, Biología Celular, Bioquímica, Genética, Biología Molecular y Mejoramiento Genético, entre otras. Ade- más, este libro también podrá ser utilizado por carreras y asignaturas de otras universidades que desarrollen temáticas afines. El presente documento ha sido elaborado a partir de un Seminario de Grado y Título Profesional de la carrera de Pedagogía en Ciencias, para complementar la labor docente y fortalecer los aprendizajes de los estudiantes, con la finalidad de transformarse en una ayuda efectiva, en aspectos teóricos como prácticos, para la comprensión de la genética molecular. Cada capítulo contiene las competencias por desarrollar, así como una síntesis histórica (indicando el avance del conocimiento en el área), aspectos de la estructura química, la organización y la función 9 | genética molecular de las macromoléculas ADN, ARN y proteínas, junto con actividades prácticas y un breve cuestionario con preguntas para discusión y au- toevaluación, con el objeto de que los estudiantes puedan evaluar su dominio del material presentado en cada capítulo. Además, se incluye un glosario con vocabulario básico acerca de esta disciplina. Por otra parte, es relevante destacar la importancia de generar material educativo en equidad de género, como es el caso del presen- te texto, lo cual está en consonancia con lo que establece la Agenda 2030. La igualdad de género es una prioridad mundial estrechamente ligada a los esfuerzos de la Unesco para promocionar el derecho a la educación y lograr los Objetivos de Desarrollo Sostenible (ODS), los cuales se expresan claramente en el ODS 4, cuyo fin es “garantizar una educación inclusiva, equitativa y de calidad, y promover oportunidades de aprendizaje a lo largo de la vida para todos”, y el ODS 5 que tiene como finalidad “lograr la igualdad entre los géneros y empoderar a todas las mujeres y las niñas”. Con estos lineamientos se pretende impulsar sociedades sostenibles y con ello beneficiar a la humanidad en su conjunto. Finalmente, esperamos que este texto pueda ser de utilidad para estudiantes, ayudantes y colegas que deseen hacer uso del mismo, ya sea en clases o como medio de consulta. 10 | genética molecular Introducción Volver al índice 11 | genética molecular Introducción Las moléculas biológicas (también llamadas biomoléculas) son es- tructuras químicas que se encuentran cohesionadas entre sí gracias a uniones débiles y fuertes, llamadas enlaces químicos, los cuales permiten mantener la estructura y funcionalidad de estas. Los enlaces fuertes son uniones covalentes entre dos átomos que comparten elec- trones en el último nivel de energía para alcanzar el octeto estable. Los enlaces débiles son interacciones no covalentes, de suma importancia, ya que permiten una estabilidad correcta de las estructuras para la realización de sus distintas funciones moleculares. Existen diversas y numerosas biomoléculas, sin embargo, en este texto nos centraremos exclusivamente en el estudio de dos moléculas biológicas de gran tamaño molecular, los ácidos nucleicos y las proteínas. Los ácidos nucleicos son un tipo importante de macromoléculas presentes en todas las células y virus. Las funciones de los ácidos nucleicos tienen relación con el almacenamiento y la expresión de información genética. Existen dos tipos de ácidos nucleicos consti- tuyentes de los organismos, el ácido desoxirribonucleico (ADN) y el ácido ribonucleico (ARN). El ADN es un largo polímero compuesto de subunidades o monómeros llamados desoxirribonucleótidos, los cuales están conformadospor tres moléculas distintivas, a saber, una base nitrogenada, una pentosa “desoxirribosa” y un grupo fosfato. El ADN es el material hereditario, es decir, es la molécula portadora de la información genética en la gran mayoría de los seres vivos conocidos. La molé- cula de ADN puede experimentar cuatro propiedades fundamentales que son la replicación, el almacenaje de información, la mutación y la expresión de su información. En el proceso de expresión, el ADN transcribe su información genética a moléculas de ARN. El ARN es un polímero compuesto de monómeros ribonucleótidos, los cuales están conformados por tres tipos de moléculas, a saber, una base nitrogenada, una pentosa “ribosa” y un grupo fosfato. Se conocen diferentes tipos de 12 | genética molecular ARN, dependiendo de su función, tales como el ARN mensajero (ARNm), el ARN de transferencia (ARNt), el ARN ribosómico (ARNr) y varios otros más, los cuales se revisarán en la sección correspondiente. La expresión de la información genética continúa cuando el ARNm es traducido por los ribosomas para formar proteínas, colaborando en tal proceso los ARNr y ARNt. Las proteínas son macromoléculas biológicas de elevado peso molecular, constituidas básicamente por carbono, hidrógeno, oxígeno y nitrógeno, aunque también pueden contener azufre y, en menor proporción, hierro, cobre, magnesio y yodo, entre otros átomos. Las proteínas están formadas por monómeros llamados aminoácidos que se unen entre sí por enlaces peptídicos. Además, se ensamblan de muy diversas formas, por lo cual sirven como componentes estructurales de las células y los tejidos. Por este motivo, el crecimiento y la reparación, así como la conservación del organismo, dependen del aporte adecuado de estas macromoléculas. La mayor parte de las enzimas son proteínas, las cuales corresponden a macromoléculas que aceleran las reacciones químicas en los organismos. Los componentes proteínicos de una célula son la clave de las actividades biológicas de esta. La mayor parte de las proteínas son específicas para cada especie; inclusive algunas difieren de un individuo a otro en la misma especie. Aunque es común que los individuos tengan muchas proteínas idénticas, cada individuo es bioquímicamente único, ya que no hay dos que tengan todas las proteínas idénticas, a menos que sean genéticamente idénticos. Para comprender los procesos celulares que se llevan a cabo en nuestro organismo y otras formas de vida, es necesario estudiar en detalle los ácidos nucleicos y las proteínas. 13 | genética molecular Capítulo 1 Ácidos nucleicos Volver al índice 14 | genética molecular Capítulo 1: Ácidos nucleicos 1.1. Competencias por desarrollar • Analizar la estructura y organización de los ácidos nucleicos, ADN y ARN, así como sus mecanismos de síntesis, expresión y regulación, tanto en organismos procariotas como eucariotas, en coherencia con el proceso formativo inicial de las carreras de Pedagogía de la Universidad Católica del Maule y de las actividades curriculares de otros proyectos formativos del área biológica. • Comprender las principales técnicas empleadas en el estudio de los ácidos nucleicos, así como su utilidad y limitaciones, para facilitar explicaciones científicas y tecnológicas en estudiantes de la enseñanza superior. 1.2. Síntesis histórica de los ácidos nucleicos A continuación, se presenta un resumen cronológico con los principales hitos y/o descubrimientos relacionados al estudio de los ácidos nucleicos: Año Hito/descubrimiento histórico 1848 Wilhelm Hofmeister observó núcleos en división, encon- trando pequeñas partículas al interior de ellos (genes). 1869 Friedrich Miescher descubrió en el núcleo celular una sustancia rica en carbono, hidrógeno, oxígeno, nitrógeno y de porcentaje elevado en fósforo, a la que llamó nucleína. 1874 Jules Piccard aisló ácidos nucleicos y descubrió el nucleótido guanina. 15 | genética molecular 1876 Oscar Hertwig descubrió el proceso de meiosis. 1879 Walther Flemming desarrolló tinciones para observar el núcleo celular. 1879 Albrecht Kossel obtuvo bases nitrogenadas xantina e hipoxantina de núcleos de levadura. 1881 Edward Zacharias evidenció que la naturaleza química de los cromosomas era la nucleína. 1883 Wilhelm Roux especuló sobre que los cromosomas eran los portadores de la herencia. 1885 Albrecht Kossel identificó el nucleótido adenina en los ácidos nucleicos y evidenció que puede convertirse en hipoxantina. 1887 Theodor Boveri descubrió el centrosoma. 1887 Robert Feulgen desarrolló la tinción de Feulgen para observar la mitosis. 1888 Wilhelm Waldeyer bautizó como “cromosomas” a los filamentos en que se agrupaba la cromatina en la mitosis. 1889 Hugo de Vries acuñó el término “pangen” para la par- tícula que se encargaba de heredar características de los seres vivos. 1889 Richard Altmann purificó material genético nuclear libre de proteínas y acuñó el término “ácido nucleico”. 16 | genética molecular 1889 August Weismann asoció los términos “herencia” y “cromosomas”. 1891 Albrecht Kossel identificó un azúcar en los ácidos nucleicos. 1894 Einar Hammarsten estableció que el azúcar es una pentosa reductora. 1894 Albrecht Kossel y Albert Neumann aislaron el nucleótido timina. 1900 Phoebus Levene comprobó que las nucleínas se encon traban en todas las células animales analizadas. 1901 Alberto Ascoli aisló el nucleótido uracilo. 1902 Walter S. Sutton propuso evidencia experimental de que los genes de Mendel son unidades físicas localizadas en los cromosomas. 1902 Los trabajos por separado de Sutton y Boveri llevaron a proponer la “Teoría cromosómica de la herencia”. 1902 Kossel, Steudel y Levene identificaron el nucleótido citosina. 1909 Phoebus Levene evidenció que los ácidos nucleicos estaban compuestos de una pentosa, ácido fosfórico y bases nitrogenadas. Ese mismo año aisló la ribosa, una aldopentosa (monosacárido) de cinco átomos de carbono presente en el ARN. 17 | genética molecular 1909 Wilhelm Johannsen acuñó el término “gen” para des- cribir estas unidades fundamentales, físicas y funcionales de la herencia. 1910 Thomas H. Morgan descubrió que algunos caracteres se heredaban ligados al sexo (estudió el color de ojos en la mosca del vinagre, Drosophila melanogaster). 1919 Phoebus Levene descubrió que los nucleótidos están formados por una base nitrogenada, un azúcar y un grupo fosfato. 1928 Frederick Griffith experimentó con bacterias virulentas y postuló que existe un “principio transformante” que transforma bacterias no virulentas en virulentas. 1928 Thomas H. Morgan postuló que el ADN es la molécula de la herencia y podría ser transferido entre individuos. 1929 Phoebus Levene aisló la desoxirribosa, una pentosa derivada de la ribosa que ha perdido un átomo de oxígeno en su carbono 2’ (2’-desoxirribosa) y que está presente en el ADN. 1930 Levene y Kossel comprobaron que la nucleína de Frie- drich Miescher es un ácido desoxirribonucleico. 1939 Se descubrió el papel del ARN en la síntesis de proteínas. 1944 Oswald Avery, Colin MacLeod y Maclyn McCarty descu- brieron que el “principio transformante” de Frederick Griffith es el ADN. 18 | genética molecular 1949 Erwin Chargaff descubrió en el ADN que las bases nitrogenadas purinas se encuentran en la misma cantidad que las pirimidinas (“Ley de Chargaff”). 1952 Alfred Hershey y Martha Chase comprobaron que el bacteriófago T2 lleva la información genética en su ADN. 1952 Rosalind Franklin fotografió, por difracción de rayos X, una cadena de ADN. 1953 James Watson y Francis Crick propusieron el modelo de la doble hélice del ADN. 1955 Joe Hin Tjio descubrió que el número de cromosomas en el humano es 46. 1958 Severo Ochoa descubrió el mecanismo de síntesis del ARN. 1965 Robert W. Holley descubrió el ARN de transferencia. 1967 Carl Woese descubrió las propiedades catalíticas del ARN. 1972 Walter Fiers y su equipo determinaron la secuenciacompleta del genoma (ARN) del bacteriófago MS2. 1972 Richard J. Roberts y Phillip Sharp descubrieron que los genes se pueden dividir en segmentos, haciendo posible que un solo gen pueda codificar para varias proteínas. 19 | genética molecular 1990 Se descubrió que el ARN de interferencia puede silenciar la expresión de los genes. 1990 Se descubrieron los micro-ARNs, los cuales correspon- den a pequeñas cadenas de ARN no codificante con funciones de regulación postranscripcional. 2003 El Proyecto Genoma Humano completó la secuencia total del genoma humano. 2012 Surge la edición genética vía mecanismo CRISPR-Cas9, una tecnología innovadora para la edición genómica de forma directa y precisa. 1.3. Estructura química y organización de los ácidos nucleicos Los ácidos nucleicos son polímeros formados por monómeros llama- dos nucleótidos, mediante uniones covalentes denominadas enlaces nucleotídicos. Cada nucleótido se conforma por un “grupo fosfato”, un monosacárido de cinco átomos de carbono denominado “pentosa” y una “base nitrogenada” (fig. 1.1). Una diferencia fundamental entre un nucleótido de ADN y otro de ARN es que en el primero la pentosa carece del grupo hidroxilo (–OH) en su carbono 2’ (i.e., 2’-desoxirribosa), mientras que en el segundo sí está presente (i.e., 2’-ribosa) (Watson y cols., 2014). 20 | genética molecular Figura 1.1. Estructura química de un nucleótido (5’-monofosfato de adenina), confor- mado por el grupo fosfato, el monosacárido pentosa y la base nitrogenada. Nótese en la pentosa, la unión de la base nitrogenada al carbono 1’ (flecha negra), conocido como enlace N-glucosídico, y la unión del grupo fosfato al carbono 5’. A) 2’-desoxirri- bonucleótido de adenina. B) 2’-ribonucleótido de adenina. En los nucleótidos, el grupo funcional que varía es la base nitrogenada. Las bases nitrogenadas pueden ser purinas (bases púricas) o pirimidinas (bases pirimídicas), respecto al número de anillos nitrogenados que las conforman. Las purinas tienen dos anillos y corresponden a adenina (A) y guanina (G), tanto para el ADN como el ARN. Las pirimidinas poseen un solo anillo, siendo citosina (C) y timina (T) para el ADN, y uracilo (U), en vez de timina, para el ARN. Asimismo, los nucleótidos se unen entre sí formando largas cadenas mediante enlaces covalentes entre el grupo –OH del carbono 3’ de la pentosa del primer nucleótido y el grupo fosfato unido al carbono 5’ de la pentosa del segundo nucleótido (fig. 1.2). Es por ello que esta unión se conoce como enlace 3’-5’-fosfodiéster (Watson y cols., 2014). 21 | genética molecular Figura 1.2. Estructura de un polirribonucleótido (5’-adenina-citosina-guanina-3’). Nótese el enlace nucleotídico (i.e., enlace 3’-5’-fosfodiéster) que permite la unión de un nucleótido con otro. Sin embargo, todo este cúmulo de información no fue suficiente para responder cómo era la estructura molecular de los ácidos nucleicos y en especial del ADN. En este sentido, un gran resultado se dió en el año 1952, cuando Rosalind Franklin y Maurice Wilkins lograron capturar en una película fotográfica la difracción de rayos X producida por la estructura del ADN (fig. 1.3). Esta hazaña permitió apreciar la forma helicoidal bicatenaria del ADN (Watson y cols., 2014). 22 | genética molecular Posteriormente, James Watson y Francis Crick (1953), a partir de los hallazgos de Franklin y Wilkins, pudieron demostrar la existencia de una cadena complementaria de ADN. De esta manera, ellos presentaron un modelo de la estructura de doble hebra (bicatenaria) helicoidal del ADN. Este modelo describe cómo una cadena de ADN se une a otra, llamada cadena complementaria, a través de enlaces de hidrógeno (puentes de H) que se establecen entre las bases nitrogenadas com- plementarias. Citosina y guanina interactúan mediante tres puentes de H, mientras que timina y adenina lo hacen por dos puentes de H (fig. 1.4) (Klug y cols., 2011) . Figura 1.3. Fotografía que muestra la difracción de rayos X producida por la estructura del ADN. Se observa la forma helicoidal (forma en X) del ADN bicatenario. (Modificado de Klug y cols., 2011). 23 | genética molecular Figura 1.4. A) Modelo de la doble hélice de ADN propuesto por Watson y Crick. Las hebras en forma de cinta representan los esqueletos de pentosa-fosfato y los peldaños horizontales representan los pares de bases nitrogenadas, de los cuales hay diez por giro completo. B) Vista detallada que representa las bases, azúcares, fosfatos y enlaces de hidrógeno de la doble hélice. C) Esquema de la disposición antiparalela de las dos cadenas y el apilamiento horizontal de las bases. (Modificado de Klug y cols., 2011). 24 | genética molecular Por el contrario, el ARN es una molécula de cadena simple (mono- catenario) y está constituido por las mismas bases nitrogenadas que conforman al ADN, a excepción de timina, la cual es reemplazada por uracilo. Otra diferencia es que su monosacárido estructural es una 2’-ribosa. Al igual que en el ADN, los nucleótidos del ARN se unen entre sí para formar un polímero a través de enlaces 3’-5’-fosfodiéster (Watson y cols., 2014). En cuanto a la organización de los ácidos nucleicos, podemos señalar que el ADN puede adoptar una forma estructural lineal o circular. La forma circular del ADN es una conformación característica que se puede observar en células procariotas y en plásmidos, mitocondrias, cloroplastos y algunos virus. Esta forma de ADN se presenta como una doble hélice superenrollada, con sus extremos cerrados, generalmente levógira, y más resistente a la desnaturalización que las moléculas lineales. En particular, los plásmidos son pequeñas moléculas circulares de ADN extracromosómico posibles de encontrar en las bacterias, los cuales se replican de forma independiente al cromosoma, portan genes de ventaja selectiva (v.g., resistencia, virulencia y fertilidad) y pueden pasar de una bacteria a otra combinándose con el ADN de la bacteria huésped, mecanismo conocido como transferencia horizontal de genes (Beas y cols., 2009). El ADN eucariota es una macromolécula lineal, en la cual cada cro- mosoma es una única hebra bicatenaria helicoidal y donde cada extremo de la hebra contiene ADN telomérico con función protectora. Existen diversas formas de ADN lineal, pudiéndose encontrar en el genoma humano, por ejemplo, tres conformaciones estructurales diferentes (i.e., ADN-A, ADN-B y ADN-Z). El ADN-B es la forma más común de este ácido nucleico (fig. 1.4), exhibiendo una estructura dextrógira (i.e., giro hacia la derecha), con diez pares de bases por giro completo. La forma ADN-A también es dextrógira y posee once pares de bases por giro completo. En los núcleos eucariotas, el ADN se encuentra compactado debido a que es una molécula extremadamente grande (v.g., el genoma 25 | genética molecular humano posee más de tres mil millones de pares de bases, con casi dos metros lineales de longitud). A esta compactación se le denomina “empaquetamiento de ADN”, el cual presenta diferentes niveles (fig. 1.5). En el primer nivel de compactación, la doble hélice de ADN da dos vueltas alrededor de una estructura formada por ocho proteínas histó- nicas (octámero), conformando una estructura llamada “nucleosoma”. El octámero está formado por dos moléculas de cada una de las histonas H2a, H2b, H3 y H4. Entre cada nucleosoma se intercala una proteína de espaciamiento (histona H1). En esta configuración el ADN forma una estructura parecida a un “collar de cuentas”. En el segundo nivel de empaquetamiento, los nucleosomas se asocian de a seis, formando una estructura mucho más compacta llamada “solenoide”. Los solenoides vuelven a compactarse dando origen a la “hebra de cromatina”, que es el tercer nivel de compactación. En el cuarto nivel de compactación, la hebra de cromatina vuelve a enrollarse sobre sí misma, llegando a una compactación de unas cincuenta mil veces y formando así la estructurade los cromosomas. Por el contrario, la compactación del ADN bacte- riano no origina estructuras regulares en forma de nucleosomas (Klug y cols., 2011). 26 | genética molecular Figura 1.5. Modelo de organización entre histonas y ADN en el nucleosoma, esque- matizando la manera en que la fibra de cromatina se enrollaría en estructuras más condensadas, produciendo así un cromosoma mitótico. El nucleosoma es representado por un disco plano de 6 x 11 nm, conformado por ocho histonas (octámero) y ~147 pb de ADN. (Modificado de Klug y cols., 2011). 1.4. Replicación, mutación y reparación del ADN La replicación del ADN nuclear es un mecanismo molecular por el cual la doble hélice es capaz de autoduplicarse, generando así una nueva 27 | genética molecular cadena complementaria a cada hebra de ADN molde. Durante este proceso se deben activar mecanismos que detecten y corrijan daños (i.e., mutaciones nucleotídicas) en las nuevas hebras que se han sintetizado. En los ADN cloroplástico y mitocondrial también sucede el proceso de replicación, pero es independiente de la replicación del ADN nuclear, es decir, puede o no suceder al mismo tiempo (Watson y cols., 2014). 1.4.1. Replicación del ADN La síntesis o duplicación de ADN es un proceso de replicación semicon- servativo y bidireccional. El experimento de Matthew Meselson y Franklin Stahl (1958), en el que se utilizó ADN de la bacteria Escherichia coli, evidenció que el mecanismo de replicación es de tipo semiconservativo (fig. 1.6). Esto significa que cada ADN bicatenario resultante del proceso de síntesis conserva una hebra parental (o molde) y presenta una hebra hija nueva (Watson y cols., 2014). 28 | genética molecular Figura 1.6. Experimento de Meselson y Stahl (1958) que evidencia la replicación se- miconservativa del ADN, donde cada doble hebra resultante de la replicación hereda una hebra parental. (Obtenido y modificado de la web. Ver bibliografía). Durante el proceso de síntesis de ADN se pueden diferenciar tres etapas de replicación: iniciación, elongación y terminación. Iniciación de la replicación La duplicación del ADN se inicia en un punto llamado “origen de repli- cación”, el cual es bidireccional. En procariotas existe un solo origen de replicación llamado “OriC”, el cual forma parte de la “burbuja de replicación”. A partir del origen de replicación se forman dos sitios de duplicación del ADN, denominados “horquillas de replicación”, las cuales van progresando en ambas direcciones (fig. 1.7). Por el contrario, 29 | genética molecular en eucariotas se activan varios sitios de replicación al mismo tiempo, llamados “burbujas múltiples de replicación” (Watson y cols., 2014). Figura 1.7. Modelo de la “burbuja de replicación del ADN”. Nótese la presencia de las hebras de ADN molde (en celeste), los cebadores de ARN (en verde) y las nuevas hebras de ADN (en violeta). En las hebras retrasadas es posible apreciar los fragmentos de Okazaki (en verde-violeta). Las flechas violetas indican la dirección de la replicación (5’-3’). (Modificado de © Pearson Education, Inc., 2010). Se debe considerar que las cadenas que componen a la molécula de ADN son antiparalelas, esto es, mientras una va en dirección 5’-3’, la otra lo hace en dirección 3’-5’. La replicación siempre sucede en dirección 5’-3’, por lo que la duplicación es continua solo para una hebra, la cual se denomina “cadena adelantada”. Para la otra hebra, la duplicación es más lenta, debiéndose generar cebadores (partidores) cada cierto intervalo. A esta otra cadena se le denomina “cadena retrasada” y los segmentos replicados reciben el nombre de “fragmentos de Okazaki” (fig. 1.7). No obstante, la replicación de ambas hebras es de manera simultánea (Klug y cols., 2011). 30 | genética molecular En el modelo de replicación del ADN de Escherichia coli se necesita de ADN molde, desoxirribonucleótidos trifosfatados (dNTPs), ADN poli- merasas, cebadores (partidores) de ARN y otras enzimas y proteínas. Este conjunto de elementos recibe el nombre de “replisoma” o complejo de replicación. En el origen de replicación se ubicará un partidor, el cual corresponde a una secuencia corta de ribonucleótidos sintetizados por la ARN primasa y que sirve como iniciador para que la ADN polimerasa III (ADN pol III), una polimerasa dependiente de ADN, sintetice una nueva cadena de ADN (fig. 1.8). La forma activa de la ADN pol III (holoenzima) está formada por un dímero asimétrico de diez subunidades polipeptí- dicas distintas (tabla 1.1). Figura 1.8. Modelo estructural de la ADN polimerasa III de Escherichia coli. Nótese la síntesis de ADN en dirección 5’-3’, de forma continua para la cadena adelantada y discontinua para la cadena rezagada. Además, se muestra la conformación estructural (hexámero) de la helicasa. (Modificado de © W. H. Freeman & Company, 2012). 31 | genética molecular No obstante, lo primero en ocurrir es que una enzima topoisomerasa comienza a desenrollar la doble hélice para luego permitir la acción de una enzima helicasa, la que va rompiendo puentes de hidrógeno en el ADN bicatenario con la consiguiente separación de ambas hebras. Existen proteínas de unión a hebra simple (SSB, del inglés single strand binding-proteins) que mantienen estabilizadas las cadenas. Luego, cebadores de ARN se unen a cada cadena molde para que la ADN pol III reconozca y comience a añadir desoxirribonucleótidos a la nueva cadena complementaria (fig. 1.9) (Klug y cols., 2011). Tabla 1.1. Subunidades de la holoenzima de la ADN polimerasa III. Se denota el número de polipéptidos para las subunidades señaladas (#). (Adaptado de Klug y cols., 2011). Elongación de la nueva hebra de ADN Esta etapa consiste en la extensión de la polimerización de la nueva hebra de ADN. La ADN pol III va añadiendo desoxirribonucleótidos a la cadena líder o adelantada (5’-3’) de forma continua. Sin embargo, en la cadena retrasada lo hace de forma discontinua, ya que la polimerasa solo sintetiza en dirección 5’-3’, por ende, cada cierto intervalo de síntesis 32 | genética molecular de la nueva hebra se va adicionando un nuevo cebador de ARN para que la replicación ocurra en dirección correcta. Estos segmentos poli- merizados reciben el nombre de “fragmentos de Okazaki”. Una enzima ARN polimerasa (primasa) sintetiza todos los cebadores de ARN que la cadena retrasada necesite. Luego, una ADN polimerasa I degrada todos los cebadores de ARN y los reemplaza por desoxirribonucleótidos. Finalmente, una ADN ligasa une todos los fragmentos de Okazaki, dando continuidad a la replicación de la hebra rezagada (fig. 1.9) (Klug y cols., 2011). Terminación de la replicación Esta etapa ocurre cuando la ADN pol III encuentra una secuencia nu- cleotídica de terminación en la hebra de ADN molde, produciéndose desacople de todo el replisoma y el fin de la replicación. Los sitios de terminación de la replicación tienen la característica de ser secuencias nucleotídicas cortas y repetidas. Además, existen ciertas proteínas, de- nominadas RTP (del inglés replication terminator proteins), cuya función es inhibir el desplazamiento de las helicasas, permitiendo así la disociación de estas enzimas en los sitios de terminación (Watson y cols., 2014). 33 | genética molecular Figura 1.9. Mecanismo general de replicación del ADN de Escherichia coli. Nótese la síntesis de ADN en dirección 5’-3’, de forma continua para la cadena adelantada y discontinua para la cadena rezagada. (Obtenido y modificado de la web. Ver bibliografía). 34 | genética molecular 1.4.2. Mutaciones en el ADN Las mutaciones genéticas son alteraciones heredables en la secuencia de ADN, las cuales pueden ocurrir espontáneamente, o bien, ser cau- sadas por factores ambientales. Las mutaciones pueden ser puntuales, como las de nivel nucleotídico que afectan la constitución química de los genes, o pseudopuntuales, como las inserciones, las deleciones y los cambios debases. Los cambios de bases pueden ser transiciones (cam- bio de una purina por una purina, o una pirimidina por una pirimidina) o transversiones (cambio de una purina por una pirimidina, y viceversa) (tabla 1.2). No obstante, las mutaciones también pueden ser cromosó- micas, como deleciones, duplicaciones, inversiones y translocaciones de segmentos de cromosomas (Beas y cols., 2009). Tabla 1.2. Mutaciones nucleotídicas en el ADN. La sustitución (transición o transversión), inserción o deleción de una o varias bases nitrogenadas en el ADN generará mutaciones (resaltado en gris). 35 | genética molecular 1.4.3. Reparación del ADN Los organismos poseen mecanismos específicos y eficaces que reparan de forma continua daños en el ADN. Estas injurias surgen producto de alteraciones metabólicas o de exposición a agentes radiactivos, químicos o biológicos, los cuales inducen estados mutacionales en el ADN por alteración o pérdida de nucleótidos (Beas y cols., 2009). Durante la replicación del ADN pueden producirse errores, tales como la inserción de un “nucleótido no complementario”. Las ADN po- limerasas pueden detectar y corregir la inserción de nucleótidos mal complementados (v.g., actividad exonucleasa 3’-5’ de la ADN pol III). No obstante, si este mecanismo de reparación intrínseco falla, se activan otros sistemas generales de reparación de ADN, los cuales se clasifican en: i) reparación por supresión de bases (sistema BER, del inglés base excision repair), ii) reparación por supresión de nucleótidos (sistema NER, del inglés nucleotide excision repair), iii) reparación de pares erróneos (sistema MMR, del inglés mismatch repair) y iv) reparación de rompi- mientos de la doble hebra (sistema DBR, del inglés double-strand break repair) (Beas y cols., 2009). ✓ Sistema BER: una enzima ADN glicosilasa identifica la base alterada y rompe el enlace N-glucosídico entre la base nitrogenada y la pentosa, retirando así la base mal complementada. A continuación, una endonucleasa reconoce el sitio alterado y genera un extremo 3’–OH libre para que una ADN polimerasa (v.g., ADN pol I) inserte el nucleótido faltante. Finalmente, una enzima ADN ligasa une covalentemente el nu-cleótido restituido. ✓ Sistema NER: este mecanismo repara aquellos daños que deforman la doble hélice de ADN. Proteínas especializadas retiran de diez a veinte nucleótidos, luego el espacio se repara por acción de una ADN polimerasa (v.g., ADN pol I) y la ADN ligasa. 36 | genética molecular ✓ Sistema MMR: este es un mecanismo de reparación directo en el cual la ADN pol III repone nucleótidos insertados erróneamente durante la replicación. ✓ Sistema DBR: este mecanismo actúa cuando hay daño físico de la doble hélice (v.g., daño por radiación ionizante). La reparación sucede por unión de extremos cromosómicos no homólogos o por recombinación entre homólogos. La reparación mediante recombinación entre homólogos implica el reconocimiento de los extremos separados, así como de la región homóloga en el par de cromátidas correspondiente por complejos formados por varias proteínas, lo que permite la generación de entrecruzamien- tos entre pares homólogos. En el caso de la unión de extremos no homólogos, los extremos cromosómicos son directamente ligados, denominándose “reparación de extremos no homólo- gos”. Este mecanismo no lleva, ciertamente, un orden riguroso de la reparación, ya que la hebra solo se vuelve a ligar sin la necesidad de un molde homólogo y, generalmente, se pierden o añaden nucleótidos, por lo tanto, este tipo de unión puede producir mutaciones cromosómicas. 1.5. Expresión genética La expresión genética o génica es el proceso por el cual los organismos, tanto eucariotas como procariotas, utilizan la información codificada en sus genomas (i.e., su ADN total) para transcribir genes codificantes y no codificantes (i.e., sintetizar ARN). Aquí se revisará solo la expresión de genes codificantes para organismos procariotas y eucariotas (Klug y cols., 2011). 37 | genética molecular 1.5.1. El código genético El código genético es un conjunto de normas o instrucciones con las cuales se pueden traducir las secuencias de ARNm a secuencias poli- peptídicas. Este código presenta las siguientes características (Klug y cols., 2011): ✓ Está escrito de manera lineal, utilizando las bases ribonucleotídicas como unidades o “letras”, las cuales son un transcrito de las bases nucleotídicas complementarias del ADN. ✓ Cada secuencia contiene tres nucleótidos (utilizando A, C, G o U), conocidos como triplete o codón. ✓ Cada triplete o codón especifica un solo aminoácido. ✓ El código genético es degenerado, ya que un mismo aminoácido puede estar codificado por más de un codón o triplete. En general, existen 61 secuencias de tripletes para los 20 aminoácidos de importancia biológica. ✓ El código genético contiene señales de inicio y de término de la traducción. ✓ Una vez iniciada la traducción del ARNm, los tripletes se leen por orden y sin interrupción. ✓ El código genético es no solapado, es decir, cada ribonucleótido es parte de un solo codón. ✓ El código genético es casi universal para todos los seres vivos del planeta y también los virus. Este código es similar en procariotas y eucariotas, aunque existen algunas leves diferencias. En la década de 1960, el biólogo sudafricano Sydney Brenner investigó acerca de la naturaleza del código genético, postulando que este código debería estar formado por tripletes, ya que tres letras es la combinación mínima, de un total de cuatro letras (A, C, G y T), 38 | genética molecular para especificar a los 20 aminoácidos, dando así 64 combinaciones diferentes. En 1964, los investigadores Marshall W. Nirenberg y Philip Leder idearon el experimento in vitro “Ensayo de unión al triplete”, una técnica que condujo a la asignación específica de tripletes para cada aminoácido (tabla 1.3). Recordar que cada triplete actúa como un codón en el ARNm, uniéndose a este un triplete complementario presente en el ARNt, el cual se denomina anticodón (Watson y cols., 2014). El ensayo de unión al triplete se basó en las observaciones del comportamiento de los ribosomas, ya que cuando se les presenta in vitro una secuencia corta de tres ribonucleótidos, estos se unen formando un complejo muy parecido al que se origina in vivo. En este caso, se utilizó un trinucleótido para imitar un codón, logrando así la unión al ribosoma de un aminoacil-ARNt complementario al trinucleótido utilizado, for- mándose un complejo trinucleótido-aminoacil-ARNt-ribosoma. Por lo tanto, cada codón determina el aminoácido específico en la formación de una cadena polipeptídica. De esta forma, se pudo asignar tripletes a aminoácidos específicos y llegar a dos importantes conclusiones: i) el código genético es degenerado, es decir, más de un codón puede especificar el mismo aminoácido, y ii) el código genético es no ambiguo, ya que un mismo codón especifica a un único aminoácido (Watson y cols., 2014). 39 | genética molecular Tabla 1.3. Tabla para el código genético estándar (v.g., vertebrados). El codón AUG codifica solo para metionina y UGG solo para triptófano, mientras que los demás aminoácidos son codificados por más de un codón. Los tripletes UAA, UAG y UGA son codones de término (no codifican aminoácidos). 1.5.2. Mecanismos de transcripción Un gen codificante del ADN puede transcribirse en una molécula de ARNm, y esta información ser traducida a proteínas en los ribosomas. La transcripción es un mecanismo que permite producir ARN comple- mentario a una de las cadenas del ADN, conocida como hebra molde. La hebra de ADN molde se denomina “no codificante” o “antisentido”, mientras que la otra hebra se denomina “codificante” o “sentido”. Las enzimas encargadas de este proceso se conocen como ARN polimerasas (ARN pol) y sintetizan ARN en dirección 5’-3’. Estas enzimas carecen P ri m er a ba se Tercera base 40 | genéticamolecular de la función proof-reading o corrección de errores. En procariotas, el ARNm puede ser utilizado de inmediato para la síntesis de proteínas; sin embargo, en eucariotas se genera un pre-ARNm, el cual debe ingresar previamente a un proceso de maduración, donde el transcrito precursor será procesado y modificado (Watson y cols., 2014). Transcripción en procariotas En organismos procariontes existe solo una ARN polimerasa, la cual puede sintetizar a todos los tipos de ARN. En el modelo de estudio Escherichia coli, la ARN pol está conformada por un núcleo central (core) donde participan cinco subunidades polipeptídicas: dos α, una β, una β’ y una ω. La enzima completa u holoenzima contiene, además, el factor sigma (σ), una subunidad necesaria para iniciar el proceso de transcripción (fig. 1.10) (Klug y cols., 2011). Figura 1.10. Estructura de la ARN polimerasa procariótica. A) La ARN pol está com- puesta por un núcleo central de dos cadenas α, una β, una β’ y otra ω. La holoenzima incorpora a la subunidad σ, necesaria para iniciar la transcripción. (Modificado de 41 | genética molecular © W. H. Freeman & Company, 2012). B) Recreación computacional de la ARN pol del extremófilo Thermus aquaticus. (Modificado de Bunch, 2009). Una vez iniciada la transcripción, la subunidad σ se libera y el núcleo central prosigue con la elongación de la hebra de ARN (fig. 1.11). Además, en estos organismos los ARNm generalmente son policistrónicos, es decir, un solo ARNm contiene la información necesaria para la síntesis de varios polipéptidos distintos que suelen estar bajo el mismo control genético. A este grupo de genes se le denomina “operón”. En tal proceso de transcripción se pueden distinguir las etapas de iniciación, elongación y terminación (Klug y cols., 2011): ✓ Iniciación: para que comience la transcripción, el factor σ debe estar unido al núcleo central de la ARN pol, ya que es la subunidad responsable de reconocer la región promotora (promotor) del ADN a transcribir y, por tanto, que la enzima se una a esta. A continuación, comienza la separación de la doble hebra de ADN, se genera una “burbuja de transcripción” (complejo promotor abierto) y, de esta forma, se inicia la transcripción. ✓ Elongación: una vez iniciada la transcripción, el factor σ se libera y el núcleo central de la ARN pol comienza a sintetizar ARN en direc- ción 5’-3’, utilizando como sustrato ribonucleótidos trifosfatados libres (NTPs). Al mismo tiempo, la región de ADN que se debe transcribir comienza a desenrollarse. ✓ Terminación: el factor proteico de terminación rho (ρ) reconoce una secuencia específica del ARN (i.e., terminador), se une a ella y comienza a “tirar” del ARN para soltarlo de la ARN pol. También existe otro mecanismo de terminación que es independiente de la proteína rho. 42 | genética molecular Transcripción en eucariotas La transcripción en eucariontes es más compleja que en los procario- tas, ya que intervienen distintas enzimas ARN polimerasas (ARN pol), elementos de control distal (v.g., enhancers) y proximal (i.e., promotores) de la región reguladora no transcrita del ADN, y numerosas proteínas reguladoras denominadas “factores de transcripción”. La transcripción siempre ocurre en dirección 5’-3’ y depende de los múltiples factores de transcripción que interaccionan con las ARN polimerasas para iniciar el proceso. Los ARNm sintetizados son monocistrónicos, ya que un ARNm contiene información para sintetizar a un solo polipéptido. Existen diferentes ARN pol encargadas de sintetizar a los distintos tipos de ARN eucarióticos (Watson y cols., 2014): ✓ ARN pol I: sintetiza a los precursores de los ARN ribosómicos (pre-AR- Nr) 5,8S, 18S y 28S. ✓ ARN pol II: sintetiza el ARN heterogéneo nuclear (ARNhn) conocido como pre-ARNm, los ARN nucleares pequeños (ARNsn) y los ARN condicionales pequeños (ARNsc). ✓ ARN pol III: sintetiza a los precursores de los ARN de transferencia (pre-ARNt), pero también al ARNr 5S y los ARNsn y ARNsc. 43 | genética molecular Figura 1.11. A) ARN polimerasa procariótica unida a la región promotora (caja TATA, -35 a -10) del ADN. La liberación de la subunidad σ marca el inicio de la elongación en la síntesis de ARN. (Modificado de © W. H. Freeman & Company, 2012). B) Etapas de iniciación, elongación y terminación de la transcripción. (Modificado de © Pearson Education, Inc., 2012). 44 | genética molecular Secuencias promotoras Las secuencias promotoras (promotores genéticos o promotores) son motivos nucleotídicos del ADN localizados en la región reguladora de los genes. A diferencia de los procariotas, en los eucariontes existen factores proteicos que estimulan, o bien atenúan, a los promotores, con lo cual aumenta o disminuye la tasa de transcripción, respectivamente. En cualquier caso, se necesita más de una proteína para iniciar, o bien atenuar, el proceso de transcripción (Beas y cols., 2009). Para que la ARN pol I transcriba el ARN precursor que contiene la información de los ARNr 28S, 18S, 5,8S y del ARNsn, el gen corres- pondiente cuenta con dos regiones de ADN localizadas previo al inicio de la transcripción: i) un elemento central más cercano a la iniciación y ii) un segundo elemento de control de 100 pb aproximadamente. Estas regiones del ADN son reconocidas por dos factores proteicos de unión a ADN, conocidos como UBF (del inglés up-stream binding factor), necesarios para comenzar la formación del complejo de preiniciación de la transcripción. Ambos factores promueven que el ADN se curve, permitiendo el reclutamiento de la proteína de unión a la caja TATA o TBP (del inglés TATA binding-protein) y de factores asociados TAF1 (del inglés TBP associated factor 1), necesarios para que la ARN pol I pueda unirse y formar dicho complejo. Por su parte, la ARN pol II posee las siguientes secuencias promotoras en su región reguladora proximal (Beas y cols., 2009): ✓ -25 a -30 “caja TATA” y su secuencia TATAAAA. ✓ -75 “caja CAAT” y su secuencia GGCCAATCT. ✓ -90 “caja GC” y su secuencia GGGCGG. ✓ Inr o “región iniciadora de la transcripción”, que abarca el sitio de inicio de la transcripción. ✓ -35 “BRE” o elementos de reconocimiento de los TFIIB. 45 | genética molecular En eucariotas, la síntesis de ARNm es llevada a cabo por la ARN po- limerasa II, y también consta de las etapas de iniciación, elongación y terminación (Beas y cols., 2009): ✓Iniciación: los factores de transcripción TFIIA, TFIIB y TFIID se unen al promotor del gen en la secuencia consenso “caja TATA”, localizada en la posición -25 de la región reguladora. Estos factores son necesarios para que la ARN pol II se una al promotor y comience la transcripción. La subunidad TBP del factor TFIID promueve la unión específica de la ARN pol II a la caja TATA del promotor (fig. 1.12). ✓ Elongación: luego de la formación del complejo de iniciación, se promueve la fosforilación de un dominio de la ARN pol II por otros factores (v.g., TFIIH), lo cual produce que esta enzima deje de unirse fuertemente al promotor y continúe la transcripción del gen. A continuación, la polimerasa abre la doble hélice de ADN en una pequeña zona, quedando los desoxirribonucleótidos expuestos y libres para unirse nuevamente. La ARN pol II comienza a agregar ribonucleótidos complementarios a una de las cadenas de ADN que sirve de molde para la formación de la cadena de ARN, en dirección 5’-3’. ✓ Terminación: este proceso es poco preciso en los organismos eucario- tas, ya que no hay señales o secuencias consenso de terminación, como ocurre en procariotas. En todo caso, la ARN polimerasa II sigue la transcripción del gen, incluso en la secuencia no codifi- cante de la región 3’-UTR (del inglés untranslated region). 46 | genética molecular Figura 1.12. Formación del complejo de iniciación de la transcripción. Factores de transcripción generales (TF) se unen al promotor del gen, que también posee una secuencia consenso“caja TATA”. Los TF son necesarios para que la ARN polimerasa se fije al promotor (i.e., reclutamiento) y comience la transcripción del gen. En específico, la unión del factor TFIID junto con otros factores promueve la unión de la ARN pol II a la caja TATA. (Modificado de © Pearson Education, Inc., 2012). 47 | genética molecular 1.5.3. Maduración del pre-ARNm Este mecanismo genético corresponde a un procesamiento postrans- cripcional del pre-ARNm. En ambos extremos del pre-ARNm se adicionan grupos químicos que protegen al transcrito recién sintetizado. Primero, en el extremo 5’ se añade el nucleótido modificado 7-metilguanosina (Cap-5’) mediante un enlace 5’-5’-trifosfato, cuya función es proteger al transcrito de la degradación. A continuación, una poli-A polimerasa añade al extremo 3’ del pre-ARNm una serie de ribonucleótidos ade- nina (100-200), denominada cola poli-A, lo cual entrega estabilidad al transcrito y aporta una señal de exportación al citosol (fig. 1.13) (Beas y cols., 2009). Figura 1.13. Proceso de maduración del pre-ARNm eucariota, el cual es llevado a cabo en el núcleo en tres etapas consecutivas: 1) 5’ capping, adición de 7-metilguanosina; 2) 3’ poliadenilación, adición de cola poli(A); y 3) splicing, eliminación de segmentos no codificantes de proteína (intrones) y empalme de segmentos codificantes de proteína (exones). (Modificado de © Pearson Education, Inc., 2008). 48 | genética molecular Finalmente, se activa un mecanismo de corte y empalme de exones (splicing) para cortar las uniones exón-intrón, eliminando los intrones (fragmentos de ARN que no codifican para proteína), y unir los exones (fragmentos de ARN que codifican para proteína) (fig. 1.13). Este proceso se realiza en un complejo supramolecular denominado “spli- ceosoma” que está formado por cinco ribonucleoproteínas pequeñas (snRNP U1, U2, U4/U6 y U5), cada una constituida por diez proteínas más una pequeña molécula de ARN (ARNsn) (fig. 1.14). El ARN de cada snRNP es el encargado de reconocer el intrón. Se han identificado dos tipos de spliceosomas, el mayor y el menor, cada uno con diferentes tipos de snRNP (Watson y cols., 2014). 49 | genética molecular Figura 1.14. Pasos de la reacción de splicing mediada por el spliceosoma. Se observan el ensamble, los rearreglos y la catálisis dentro del spliceosoma. Notar el reconocimiento de los motivos nucleotídicos del pre-ARNm por las snRNP, en las cercanías de los límites exón-intrón-exón, tanto para los sitios 3’-splice (a) como 5’-splice (b). (Modificado de © Pearson Education, Inc., 2008). 50 | genética molecular Asimismo, existe otro mecanismo de corte y empalme conocido como “splicing alternativo”. Este es un proceso de edición postranscripcional del pre-ARNm que permite obtener distintas isoformas de ARNm y, por ende, distintas proteínas a partir de un único gen (Beas y cols., 2009). 1.5.4. Tipos de ARN A principios de 1960, Francis Crick estableció que entre las proteínas y el ADN debía existir una molécula de unión. Su investigación evidenció que esta molécula era el ARN. Un buen número de investigaciones posteriores llegó a la descripción de los mecanismos de expresión de la información genética, es decir, a los mecanismos de traducción. Estas investigaciones llevaron al descubrimiento de los diferentes tipos de ARN (Watson y cols., 2014): ARNs precursores • ARN heterogéneo nuclear (ARNhn): corresponde al pre-ARNm inmaduro. • ARN nucleolar (ARNn): se sintetiza en el nucléolo y es precursor del ARNr. ARNs implicados en la síntesis de proteínas • ARN mensajero (ARNm): porta información codificante para sintetizar proteínas. • ARN de transferencia (ARNt): transcritos pequeños de 75-90 nucleótidos. Se conocen alrededor de sesenta tipos. Intervienen en la síntesis de proteínas uniendo aminoácidos específicos. • ARN ribosómico (ARNr): transcrito que se encuentra asociado a los ribosomas. 51 | genética molecular ARNs reguladores • ARN antisentido (ARNas): transcritos con función inhibitoria de genes. • ARN de interferencia (ARNi): transcritos que suprimen la expresión de genes específicos. Se clasifican en tres grandes grupos: ✓ ARNs de interferencia pequeños (siARN): transcritos de 20-25 nucleó- tidos que se originan por “rotura” de los ARN y son complementarios a ciertos ARNm. Corresponden a transcritos de silenciamiento muy específicos que apagan o reducen la ex-presión de un gen. ✓ Micro-ARNs (miARN): transcritos que poseen 21-22 nucleótidos. Poseen actividad catalítica, bloqueando los ARNm y/o degradándolos a partir de la cola poli(A). ✓ ARNs asociados a Piwi: estos transcritos poseen 29-30 nucleótidos. Están asociados a las proteínas Piwi, siendo activos en las células germinales y en la gametogénesis. Su función más conocida es impe- dir la expansión de transposones, los cuales son secuencias de ADN que pueden emigrar a diferentes partes del genoma (mecanismo de transposición) y modificar el ADN de su alrededor, pudiendo causar mutaciones. • ARNs largos no codificantes (lnc-ARN): transcritos que regulan la expre- sión génica en células eucariotas. El más conocido es el Xist, el cual inactiva al cromosoma X en las hembras de mamíferos, produciendo el silenciamiento aleatorio de uno de los genes X, haciendo que la expresión de los genes ligados al X sea similar a la de los machos. Ambos genes se mantienen activos solo en las primeras etapas del desarrollo embrionario de las hembras. 1.6. Regulación de la expresión genética 52 | genética molecular La expresión genética es el proceso mediante el cual la información que se encuentra codificada en los genes es traducida a proteínas. La expresión de un gen puede regularse a diferentes niveles, desde la transcripción del ADN hasta la formación de una proteína madura y activa. No obstante, el mayor punto de control se da a nivel de la transcripción (Beas y cols., 2009). 1.6.1. Regulación transcripcional en procariotas La regulación transcripcional en procariotas se encuentra estrechamen- te relacionada con el ambiente de la célula, sus necesidades metabólicas y sus proteínas reguladoras. La regulación génica en procariontes puede ser de dos tipos, inducible y reprimible. Ambos tipos pueden tener control negativo (represor o supresor) o positivo (activador) (Klug y cols., 2011). Cuando distintos genes codifican proteínas (v.g., enzimas) con funciones relacionadas, estos suelen agruparse en una única unidad reguladora coordinada llamada operón. Por ejemplo, el operón lac (lactosa) está formado por los genes estructurales Z, Y y A, y por una secuencia río arriba adyacente a estos genes estructurales que es co- nocida como región reguladora de la transcripción, donde se encuentran las regiones promotora y operadora del operón. Además, río arriba del operón lac se encuentra otra región regulatoria adyacente, en la cual existe un gen represor I y un respectivo promotor de su expresión. El gen I regula la transcripción del operón lac produciendo una proteína represora alostérica de unión a ADN. El operón lac es un ejemplo de regulación inducible, el cual puede presentar tanto control negativo como control positivo. En cambio, un ejemplo de regulación reprimible es el operón trp (triptófano) (Klug y cols., 2011). Control negativo del operón lac 53 | genética molecular La lactosa es un disacárido formado por glucosa y galactosa. Cuando esta molécula se encuentra presente en el medio, ingresa a la célula bacteriana y se une al sitio alostérico de la proteína represora, provo- cando un cambio conformacional que altera el sitio de unión del represor a una secuencia específica del ADN de la región operadora del operón lac. Sin interacción represor-operador, la ARN polimerasa transcribe los genes estructurales del operón lac, produciéndose enzimas para el metabolismo de la lactosa. En este caso, como el represor no se puede unir al operador, se dice que la regulación está bajo controlnegativo (fig. 1.15). Figura 1.15. Control negativo del operón lac. Este sistema de regulación ejerce un control negativo en ausencia de lactosa, reprimiendo al operador y evitando la trans- cripción. Por el contrario, en presencia de lactosa el operón lac activa la transcripción. (Modificado de © Pearson Education, Inc., 2011). Control positivo del operón lac 54 | genética molecular En ausencia de glucosa en el medio, una proteína activadora por catabolito (CAP) interacciona con AMP cíclico (AMPc), formando así el complejo CAP-AMPc, el cual se une a su sitio en la región promotora del operón lac, facilitando que la ARN polimerasa ingrese y se asocie a su sitio de unión en el promotor. Por lo tanto, en ausencia de glucosa y en condiciones de inducción, CAP ejerce un control positivo sobre el operón lac (fig. 1.16). Figura 1.16. Control positivo del operón lac. Este sistema de regulación ejerce un control positivo en ausencia de glucosa, permitiendo la síntesis de enzimas para catabolizar lactosa. Por el contrario, en presencia de glucosa el operón lac se inactiva. (Modificado de © Pearson Education, Inc., 2011). 1.6.2. Regulación transcripcional en eucariotas En una etapa inicial, la regulación transcripcional en eucariontes es controlada por la interacción de la ARN polimerasa con el promotor. Este control es el punto más importante y más común de regulación. Tal proceso se subdivide en “regulación en cis” y “regulación en trans”. 55 | genética molecular No hay evidencia de regulación en las otras etapas de la transcripción (Klug y cols., 2011). Regulación en cis Un “elemento regulador en cis” corresponde a una secuencia nucleo- tídica distal a un gen y que tiene un efecto regulador sobre la tasa de transcripción de ese gen. Generalmente, estos reguladores se localizan río arriba (dirección 5’) del sitio del promotor. Se pueden encontrar a miles de pares de bases del gen, por eso se conocen como “reguladores a distancia”. En esta región se encuentra toda una serie de elementos genéticos sobre los cuales se fijan estos factores regulatorios, como, por ejemplo, las cajas CAAT y GC. Una característica de estas secuen- cias o elementos genéticos es que, a menudo, son casi simétricas y las proteínas que se unen a ellas son, generalmente, homodímeros o heterodímeros (fig. 1.17) (Klug y cols., 2011). Los grupos de genes bajo control común comparten un promotor que es reconocido por un factor de transcripción regulador. Un elemento que hace que un gen responda a un factor determinado se conoce como “elemento respuesta” (v.g., elemento de respuesta a choque térmico o HSE, del inglés heat-shock response element) (Klug y cols., 2011). Regulación en trans Este tipo de regulación consiste en la acción de proteínas de unión a ADN, las cuales se asocian a secuencias reguladoras (i.e., “elementos reguladores en cis”) y actúan en conjunto durante el proceso regulatorio de las tasas transcripcionales (fig. 1.17). La primera proteína tipo aislada fue SP1, la cual reconoce a las cajas regulatorias GC. Las “proteínas regulatorias en trans”, las cuales pueden ser activadoras o inhibidoras, suelen tener características comunes. Cada una de ellas contiene al menos dos dominios: i) dominio de unión a ADN, el cual permite que la 56 | genética molecular proteína reconozca sus genes “diana”, y (ii) dominio de acción sobre la transcripción, el cual producirá efectos positivos o negativos sobre la transcripción (Beas y cols., 2009). Figura 1.17. Mecanismo general de la regulación transcripcional en eucariotas. El esquema muestra los elementos regulatorios en cis (i.e., secuencias de control proximal y distal) y las proteínas regulatorias en trans (i.e., activadores y mediadores). La acción conjunta de los “sitios de actuación en cis” y de los “elementos de actuación en trans” permite la formación del complejo de iniciación de la transcripción. (Modificado de © Pearson Education, Inc., 2011). 57 | genética molecular 1.7. Actividad sugerida 1.7.1. Paso práctico: extracción salina de ADN a partir de muestras biológicas de diferentes especies Introducción En nuestra experiencia, este procedimiento de extracción salina es útil para distintos tipos de tejido (v.g., piel, músculo, hígado, bazo, hueso, in- cluso sangre o hisopado de mucosas), ya sea frescos o almacenados en preservantes (v.g., etanol o soluciones comerciales), tanto de organismos vertebrados (i.e., mamíferos, aves, reptiles, anfibios o peces) como in- vertebrados (i.e., diversos artrópodos, anélidos, nemátodos o moluscos), incluso plantas, si es que sus tejidos son previamente tratados (i.e., nitrógeno líquido o solución CTAB “bromuro de cetiltrimetilamonio”). Además, este protocolo de extracción permite aislar ADN genó- mico en cantidad adecuada y con suficiente calidad (integridad), como para utilizarlo en diversos análisis de laboratorio (v.g., electroforesis de ADN, PCR, ensayos de digestión, entre otros). En este procedimiento se busca lisar las células, degradando proteínas de membrana, de citosol y de unión a ácidos nucleicos, con el fin de aislar el ADN genómico. Se utiliza un búfer de lisis (o solución tampón) con detergente para romper las células y desnaturalizar proteínas, y una proteasa (proteinasa K) para degradar proteínas. Esto permite la separación del ADN y su posterior precipitación y purificación mediante sales hiperosmolares y alcoholes (v.g., isopropanol o etanol, respectivamente). Objetivos 1) Aislar ADN genómico desde diferentes tipos de muestras biológicas. 2) Analizar la integridad del ADN aislado mediante electroforesis en 58 | genética molecular agarosa. 3) Realizar la cuantificación del ADN aislado mediante espectrofotome- tría UV-visible. Materiales y reactivos * Muestras biológicas tipo: hisopado de mucosa bucal humana, músculo o hígado de rata, sangre de aves o cálamo de plumas, piel o músculo de rana, branquias o músculo de pescado, múscu- lo de caracol de jardín, mosca doméstica completa, entre otras. * En caso de trabajar con muestras de: 1) Invertebrados (presencia de mucopolisacáridos), utilizar búfer de lisis con CTAB al 2% (p/v). 2) Plantas (presencia de celulosa y polisacáridos), realizar molienda del tejido en nitrógeno líquido y utilizar búfer de lisis con CTAB al 2% (p/v). * Tijeras punta iris (para microdisección de tejidos) * Micropipetas P2, P20, P200 y P1000 * Puntas para micropipetas de 10, 20, 200 y 1000 µl * Baño seco o húmedo para incubación de muestras * Microcentrífuga (máx. 14.000 rpm) * Tubos de microcentrífuga (microtubos) de fondo cónico estériles de 1,5 ml * Solución tampón de lisis 1X (Tris-HCl 50 mM pH 8, EDTA 50 mM pH 8, glucosa 50 mM, SDS 0,5% (p/v), NaCl 100 mM). * Solución de proteinasa K (20 mg/ml) * Solución de NaCl 8% (p/v) * Cubeta con hielo pluma * Isopropanol P.A. absoluto frío * Etanol P.A. 70% (v/v) frío 59 | genética molecular * Solución tampón TE 1X (Tris-EDTA) o agua de calidad mili-Q (calidad PCR, libre de ADNsas y ARNsas). * Sistema de electroforesis con cámara horizontal * Espectrofotómetro UV-visible Procedimiento 1. Depositar una pequeña muestra de tejido (≤ 5 mm3) en un microtubo que contenga 1 ml de tampón de lisis 1X. Fraccionar y homogeneizar el tejido con tijera punta iris. 2. Tapar el microtubo y agitar enérgicamente el contenido para favorecer el homogeneizado. A continuación, agregar al micro- tubo 10 µl de solución de proteinasa K. 3. Tapar el microtubo y agitar suavemente varias veces para mezclar el contenido. 4. Incubar el microtubo en un baño seco o húmedo con temperatura de 60 ºC durante ≥ 30 min. 5. A continuación, añadir 200 µl de solución NaCl 8% (p/v). Tapar el microtubo y agitar suavemente cinco veces. 6. Centrifugar a 10.000 rpm por 15 min. Luego, transferir 850 ul de sobrenadante a un microtubo nuevo de 1,5 ml. Evitar tomar particulado en suspensión. 7. Agregar 550 µl de isopropanol frío, dejar reposar por 5 miny luego agitar suavemente cinco veces. Incubar en hielo por 30 min. 8. Centrifugar a 10.000 rpm por 15 min. Descartar el sobrena- dante, procurando no eliminar el pellet, y dejar evaporar el isopropanol por completo. 9. Agregar 500 µl de etanol 70% frío y agitar suavemente para lavar el pellet. 10. Centrifugar a 10.000 rpm por 10 min. Descartar el sobrena- dante, procurando no eliminar el pellet, y dejar evaporar el etanol 70% por completo. 60 | genética molecular 11. Resuspender el pellet de ADN en un volumen ≤ 100 µl de solución TE 1X o agua tipo mili-Q (calidad PCR). 12. Realizar una electroforesis: utilizar 2 µl de solución de ADN (mezcla- dos en búfer de carga) y cargarlos en un gel de agarosa al 1% (p/v). Se quiere verificar la integridad del ADN genómico aislado (i.e., observar una banda electroforética discreta de ADN). 13. Determinar la concentración de la solución de ADN utilizando un espectrofotómetro UV-visible a una longitud de onda de 260 nm (OD260). 14. Si desea iniciar un protocolo de PCR, diluir la solución de ADN en 1/10. (Opcional). 1.8. Preguntas para discusión y autoevaluación 1. Las funciones adscritas al material genético son la replicación, la expresión, el almacenaje de información y la mutación. ¿Qué significa cada uno de estos términos? 2. Dibuje la estructura química en detalle de un ribonucleótido y un desoxirribonucleótido. 3. En los nucleótidos, ¿cómo se enumeran los átomos de carbono y de nitrógeno de los azúcares, las purinas y las pirimidinas? 4. ¿En qué se diferencian los enlaces covalentes de los puentes de hidrógeno? Defina el concepto de complementariedad de bases. 5. Enumere las tres diferencias más importantes entre ADN y ARN. 6. En condiciones fisiológicas, una de las lesiones espontaneas más comunes del ADN es la hidrólisis del grupo amino de las citosinas, convirtiéndolas en uracilo. Si un grupo uracilo reemplaza a una citosina, ¿cuál será el efecto sobre la estructura del ADN? 7. Compare los modelos conservativo, semiconservativo y dispersivo de replicación del ADN. 61 | genética molecular 8. ¿Por qué podemos predecir que la organización del material genético eucariótico será más compleja que la de los virus o las bacterias? 9. Defina e indique la importancia de (i) los fragmentos de Okaza-ki, (ii) la ADN ligasa y (iii) el ARN cebador, durante la replicación del ADN. 10. Resuma el modelo actual de síntesis de ADN. 11. Prediga la secuencia de aminoácidos que se produce durante la traducción de las siguientes secuencias teóricas de ARNm. (Notar que la segunda secuencia está formada a partir de la primera por deleción de un solo nucleótido): Secuencia 1: AUGCCGGAUUAUAGUUGA Secuencia 2: AUGCCGGAUUAAGUUGA ¿Qué tipo de mutación ha generado la Secuencia 2? 12. Defina el proceso de transcripción. ¿En qué lugar del dogma central de la genética molecular encaja este proceso? 13. Compare las funciones del ARNt y ARNm durante la traducción. Mencione todas las enzimas que participan en los procesos de trans- cripción y traducción. 14. Durante la traducción, ¿qué moléculas llevan el codón y el anticodón? 15. ¿Qué características demuestran que el represor del operón lac es una proteína? Describa las pruebas de que esta proteína sirve como represor dentro del esquema del operón. 62 | genética molecular Proteínas Capítulo 2 Volver al índice 63 | genética molecular Capítulo 2: Proteínas 2.1. Competencias por desarrollar • Analizar la estructura y los mecanismos de la síntesis de proteí- nas en organismos procariotas y eucariotas, en coherencia con el proceso formativo inicial de las carreras de Pedagogía de la Universidad Católica del Maule y de las actividades curriculares de otros proyectos formativos del área biológica. • Comprender las principales técnicas empleadas en el estudio de las proteínas, así como su utilidad y limitaciones, para facilitar expli- caciones científicas y tecnológicas en estudiantes de la enseñanza superior. 2.2. Síntesis histórica de las proteínas A continuación, se presenta un resumen cronológico con los principales hitos y/o descubrimientos relacionados al estudio de las proteínas: Año Hito/descubrimiento histórico Siglo I d.C. Plinio el Viejo acuñó el término “albumen” para referirse a la clara del huevo. 1747 Iacopo Beccari describió cómo obtener “gluten” a partir de la mezcla de harina y agua. 1827 William Prout clasificó las sustancias que forman a los alimentos en tres categorías: sacarinosas, oleaginosas y albumi- nosas (proteínas). 64 | genética molecular 1835 Jöns Berzelius acuñó el término “proteína”, del griego proteios que significa “primario”, y describió a las proteínas como esenciales en la nutrición animal. 1838 Gerardus Mulder clasificó a las proteínas como com- puestos primarios, por ser el origen de muchas sustancias. 1848 Auguste Laurent y Charles Gerhardt acuñaron el término “aminoácido” para describir sustancias como la glicina y la leucina. 1861 Thomas Graham descubrió los coloides, sustancias que se difunden rápidamente a través de una membrana semipermeable. 1888 Albrecht Kossel evidenció que la nucleína está formada por proteínas. 1902 Hermann Fischer recibió el Premio Nobel de Química pordescubrir el enlace peptídico (el enlace formado entre aminoácidos). 1908 Lawrence Henderson formuló los principios que condu- jeron al concepto de disolución reguladora. 1908 Søren Sørensen desarrolló el concepto de pH (potencial de hidrógeno). 1914 Thomas Osborne y Lafayette Mendel investigaron los aspectos nutricionales de los aminoácidos. 65 | genética molecular 1915 W. Bragg padre y W. Bragg hijo recibieron el Premio No-bel de Química por su contribución al estudio de estructuras cristalinas (v.g., proteínas) mediante rayos X. 1926 Theodor Svedberg recibió el Premio Nobel de Quími- ca por su trabajo en sistemas dispersos (reconocimiento de proteínas). 1931 M. Anson y A. Mirsky demostraron que la desnaturali- zación de una proteína puede ser reversible. 1934 J. Bernal y D. Crowfoot publicaron acerca de la difracción de las proteínas a través de rayos X. 1935 William Cumming creó una dieta basada en aminoácidos puros. 1936 L. Pauling y A. Mirsky postularon que los enlaces por puentes de hidrógeno son responsables de la estructura de una proteína. 1937 L. Pauling y A. Mirsky predijeron que el enlace peptídico es plano. 1937 Max Perutz comenzó el estudio de la estructura de la hemoglobina. 1942 William Cumming extendió el concepto de aminoácidos esenciales a la dieta humana. 1944 O. Avery, C. MacLeod y M. McCarty descartaron a las proteínas como las moléculas responsables de la herencia. 66 | genética molecular 1946 James Batcheller recibió el Premio Nobel de Química por descubrir que las proteínas pueden ser cristalizadas (i.e., estudios con la enzima ureasa). 1946 John Northrop recibió el Premio Nobel de Química por su trabajo con enzimas y virus-proteínas. 1947 William Astbury realizó el análisis de las proteínas y el ADN utilizando la difracción de rayos X. 1949 W. Stein y S. Moore publicaron la composición de ami- noácidos de la ß-globulina. 1951 L. Pauling y R. Corey descubrieron la estructura de hélice en las proteínas. 1953 Hermann Staudinger recibió el Premio Nobel de Química por sus descubrimientos en química molecular. 1955 Francis Crick propuso la necesidad de una molécula acopladora de aminoácidos para la síntesis de proteínas. 1955 Paul Zamecnik comprobó que la síntesis de proteínas ocurre en ciertas partículas intracelulares, conocidas posterior- mente como ribosomas. 1956 Francis Crick propuso el dogma central de la biología molecular. 1956 Alfred Gierer evidenció que ciertas proteínas contribuyen a la protección celular ante infecciones por virus. 67 | genética molecular 1958 Frederick Sanger recibió el Premio Nobel de Química por el descubrimiento de la estructura de las proteínas (i.e., estudios en la insulina). 1960 Max Perutz describióla estructura de la hemoglobina. 1962 Se fundó el Laboratorio de Biología Molecular en el Consejo de Investigación Médica de Cavendish. 1963 Investigadores alemanes sintetizaron por primera vez una proteína en el laboratorio (insulina). 1970 Günter Blobel evidenció que existen secuencias de señal y receptores que regulan el tráfico de proteínas dentro de la célula. 1972 W. Stein y S. Moore recibieron el Premio Nobel de Quí- mica por sus trabajos con la enzima ribonucleasa. 1972 Christian Anfinsen recibió el Premio Nobel de Química por su trabajo con secuencias aminoacídicas. 1992 E. Fischer y E. Krebs recibieron el Premio Nobel de Fi- siología y Medicina por descubrir los mecanismos de fosforilación reversibles de las proteínas. 1994 A. Gilman y M. Rodbell recibieron el Premio Nobel de Fisiología y Medicina por descubrir las proteínas G y su papel en la comunicación celular. 68 | genética molecular 2.3. Estructura química y organización de las proteínas Los aminoácidos son los constituyentes estructurales esenciales de las proteínas. Los aminoácidos se unen entre sí a través de un enlace cova- lente de tipo amida (enlace peptídico), formando cadenas poliméricas de diferentes longitudes y, por tanto, distintas propiedades. La estructura de los aminoácidos está compuesta por un grupo carboxilo (–COOH o –COO-), un grupo amino (–NH 2 o –NH 3 +) y una cadena lateral o grupo residual (–R), todos unidos a un carbono quiral, conocido como carbono alfa o central (fig. 2.1) (Karp, 2014). Figura 2.1. Estructura química general de un aminoácido. Se muestran el carbono quiral alfa (Cα), los grupos amino (–NH 3 +) y carboxilo (–COO-) terminal y la cadena lateral o grupo radical (–R). Debido a que el carbono quiral es asimétrico, los aminoácidos pre- sentan dos configuraciones isoméricas (imágenes especulares) no superponibles entre sí (fig. 2.2), conocidas como D-aminoácidos (sentido dextrógiro) y L-aminoácidos (sentido levógiro) (Karp, 2014). 69 | genética molecular Figura 2.2. Estructura isomérica de un aminoácido. Se muestran las formas o confi- guraciones D y L del aminoácido glicina. En la naturaleza existe una enorme variedad de proteínas, por ejemplo, un mamífero puede llegar a contener diez mil tipos de proteínas diferen- tes, cada una de ellas a cargo de una función particular. El estudio de las proteínas en los organismos ha revelado que existen 20 aminoácidos con actividad biológica, conociéndose en detalle la estructura y propiedades de cada uno de ellos (fig. 2.3). Estos aminoácidos son fundamentales en la generación de proteínas (Karp, 2014). 70 | genética molecular Figura 2.3. Estructura química de los 20 aminoácidos de importancia biológica, agru- pados según sus propiedades químicas, resaltando el grupo radical (–R). (Modificado de © OpenStax Publisher, 2016). La secuencia lineal de aminoácidos que constituye una proteína se le conoce como cadena polipeptídica (fig. 2.4). La cadena puede plegarse por la flexibilidad que le otorgan sus enlaces covalentes, no obstante, este plegamiento está condicionado por otras interacciones débiles, como son los enlaces o puentes de hidrógeno, las atracciones elec- trostáticas y las atracciones de Van der Waals. Otro factor que influye en el plegamiento de las proteínas es su distribución de aminoácidos polares y apolares. Los grupos –R polares tienden a posicionarse cerca 71 | genética molecular de la parte externa de la proteína plegada, permitiendo la formación de puentes de hidrógeno con el agua y otras moléculas polares; mientras que los grupos –R apolares se posicionan al interior de la proteína plegada, evitando el contacto con el citosol acuoso que los rodea (Alberts y cols., 2011). Figura 2.4. Modelo estructural de una cadena polipeptídica (secuencia lineal de ami- noácidos). En color azul se resalta la unión covalente entre los átomos de C y N (enlace peptídico) de los grupos –COO- y –NH 3 + de los diferentes aminoácidos, respectivamente. (Obtenido y modificado de la web. Ver bibliografía). Las cadenas polipeptídicas contienen, en promedio, unos 450 aminoácidos y la cadena más larga conocida, la proteína muscular “titina”, tiene más de 30 mil aminoácidos. Cuando los aminoácidos se incorporan a una cadena polipeptídica, se les denomina residuos (Alberts y cols., 2011). En ciertas ocasiones se pueden generar alteraciones en las cadenas laterales de los 20 aminoácidos, particularmente después de su incorporación a la cadena polipeptídica. Tales procesos son denomi- nados modificaciones postraduccionales (Karp, 2014). La estructura química de la mayoría de las proteínas ya está definida, debido a que cada aminoácido constituyente de estas se po- 72 | genética molecular siciona en un sitio específico. Se ha podido describir la composición de las proteínas respecto a diferentes niveles de organización estructural, conocidos como primaria, secundaria, terciaria y cuaternaria (Karp, 2014). Estructura primaria Es la secuencia lineal de aminoácidos que conforman a una cadena polipeptídica (ver fig. 2.4). La variedad en la estructura primaria es prácticamente ilimitada y el orden de los aminoácidos para una cadena particular está codificado en el material genético de cada organismo. Este nivel es crucial para determinar la forma tridimensional y fun- ción que adoptará finalmente la proteína. Además, algunos residuos aminoacídicos de la cadena polipeptídica pueden interaccionar entre sí para originar enlaces covalentes (v.g., puentes disulfuro, debido a la presencia de aminoácidos sulfurados como la metionina o la cisteína). Estructura secundaria Este nivel describe la disposición espacial de la cadena polipeptídica. Se han propuesto dos conformaciones estructurales (fig. 2.5): i) alfahé- lice, consistente en una espiral giratoria donde el esqueleto central se encuentra al interior y las cadenas laterales (–R) se proyectan hacia fuera; y ii) hoja beta-plegada, la cual consiste en segmentos de la cadena polipeptídica dispuestos lado a lado, donde el esqueleto central es una hoja que adquiere una conformación plegada. 73 | genética molecular Figura 2.5. Estructuras secundarias de una proteína. Se pueden apreciar las confor- maciones alfa-hélice (A) y beta-plegada (B) de una cadena polipeptídica. (Modificado de © Pearson Education, Inc., 2011). Estructura terciaria Este nivel hace referencia a la estructura tridimensional de una proteína, la cual describe la conformación completa y funcional de su cadena. Esta estructura se estabiliza mediante interacciones no covalentes entre las cadenas laterales (–R) de la proteína (fig. 2.6.A). Un aspecto relevante de la estructura terciaria es la formación de dominios proteínicos. Estos dominios son módulos distintivos en el espacio, debido a que poseen la capacidad de plegarse de una forma particular en comparación a otros. Cada dominio, por lo general, cumple una función específica. De esta manera, se puede identificar la función de una proteína mediante el estudio de los dominios que la constituyen. 74 | genética molecular Estructura cuaternaria Este nivel de organización es característico de aquellas proteínas que poseen más de una cadena polipeptídica (o subunidad) en su estruc- tura (fig. 2.6.B). Estas subunidades pueden unirse mediante enlaces covalentes o no covalentes. Dependiendo de la proteína (i.e., estructura cuaternaria), sus cadenas polipeptídicas podrán ser idénticas o no. Una proteína con estructura cuaternaria que presenta dos cadenas polipep- tídicas idénticas es conocida como “homodímero”, mientras que una proteína que presenta dos cadenas polipeptídicas diferentes es conocida como “heterodímero” (v.g., hemoglobina). Figura 2.6. Estructuras polipeptídicas terciaria y cuaternaria. A) Estructura terciaria helicoidal plegada de la subunidad β de la hemoglobina. B) Se puede apreciar la es- tructura cuaternaria tetramérica de la hemoglobina, compuesta por dossubunidades α (verde) y dos β (violeta). (Modificado de © Pearson Education, Inc., 2011). 75 | genética molecular 2.4. Traducción del ARNm La traducción corresponde al proceso por el cual la secuencia de ribonu- cleótidos de un ARNm es utilizada para ordenar y unir los aminoácidos en una cadena polipeptídica. En procariontes, la traducción transcurre de manera colineal (i.e., al mismo tiempo) con la transcripción del ARNm. En cambio, en las células eucariontes la síntesis de proteínas tiene lugar en el citoplasma, por lo que se debe esperar a que el ARNm sea sintetizado y procesado (i.e., maduración) en el núcleo celular. En el proceso de traducción, tres tipos de moléculas de ARN se reúnen para realizar funciones distintas, pero cooperativas. Las tres moléculas de ARN que participan en este proceso son el ARNm, el ARNt y el ARNr (Lodish y cols., 2005). 2.4.1. Ribosomas Los ribosomas fueron descubiertos gracias a la microscopía electrónica, concluyéndose que eran partículas pequeñas, ricas en ARN y que “secre- taban” grandes cantidades de proteínas. Aunque se desconocía el papel que desempeñaban en la síntesis de proteínas, numerosas investigacio- nes pudieron establecer una relación entre estos y los polipéptidos. En la actualidad, el ribosoma se describe como un complejo supramolecular de ARNr y proteínas, el cual está organizado en dos subunidades, una grande (mayor) y otra pequeña (menor) (fig. 2.7) (Lodish y cols., 2005). 76 | genética molecular Figura 2.7. Modelo estructural de un ribosoma procarionte. A) Se muestran las subuni- dades grande o mayor (50S) y pequeña o menor (30S). Notar la presencia de los sitios aminoacil (sitio A), peptidil (sitio P), de salida (sitio E) y de unión al ARNm en el ribosoma ensamblado. B) Se muestra al ribosoma montado sobre un ARNm (rojo) y sintetizando una cadena polipeptídica (violeta). (Modificado de © Pearson Education, Inc., 2012). Las subunidades ribosómicas, así como las moléculas de ARNr, se suelen designar en unidades Svedberg (S), la cual corresponde a una medida de la velocidad de sedimentación de partículas centrifugadas. La longitud de las moléculas de ARNr, la cantidad de proteínas en cada subunidad y los tamaños de las subunidades son diferentes en células procariontes y eucariontes. Los ensamblajes ribosómicos (unión entre subunidades mayor y menor) son 70S en ribosomas procarióticos y 80S en ribosomas eucarióticos (fig. 2.8) (Lodish y cols., 2005). En procariotas, la subunidad ribosomal grande es 50S y contiene dos moléculas de ARNr y alrededor de treinta proteínas; mientras que la subunidad ribosomal pequeña es 30S y contiene una molécula de ARNr y alrededor de veinte proteínas. En el caso de los organismos eucariontes, la subunidad ribosomal grande es 60S y contiene tres moléculas de ARNr y alrededor de cincuenta proteínas; mientras que la subunidad ribosomal pequeña es 40S y contiene una molécula de ARNr y alrededor de treinta proteínas (Karp, 2014). 77 | genética molecular Figura 2.8. Esquema que muestra las diferencias entre los ribosomas procariótico (70S) y eucariótico (80S). El coeficiente de sedimentación de cada ribosoma, y de sus subunidades constituyentes, es representado en unidades Svedberg (S). (Obtenido y modificado de la web. Ver bibliografía). Recién en el año 2000 se pudo obtener la conformación tridimensional completa de las subunidades ribosómicas, confirmando la evidencia de que son los ARNr, y no las proteínas, los responsables de su estructura, su habilidad para unir ARNm y ARNt, y su capacidad de formar enlaces peptídicos. Ahora bien, la eficiencia de la traducción (i.e., el proceso de síntesis de proteínas) se incrementa por la unión de ARNm y enzimas al complejo ARN-proteína más abundante de la célula, llamado ribosoma. Este complejo supramolecular dirige la elongación de un polipéptido a una velocidad de tres a cinco aminoácidos adicionados por segundo, es decir, pequeñas proteínas de 100-200 aminoácidos se pueden formar en minutos o segundos, por lo cual la maquinaria ribosómica debe ser precisa y persistente (Alberts y cols., 2010). 78 | genética molecular 2.4.2. Síntesis de proteínas La síntesis de una cadena polipeptídica se puede dividir en tres etapas, conocidas como inicio, elongación y terminación (Karp, 2014): Inicio de la cadena Una vez que el ribosoma se une a un ARNm, siempre se mueve a lo largo del transcrito, desde un codón al próximo, esto es, en bloques consecutivos de tres nucleótidos (i.e., tripletes o codones). Para asegurar que los tripletes se lean, el ribosoma se une al ARNm en un sitio preciso denominado codón de inicio, el cual está codificado como triplete AUG. Esta unión sitúa al ribosoma de manera automática en el marco de lectura correspondiente, de tal modo que el ribosoma lee el mensaje entero, de forma correcta, desde este punto de inicio hasta su fin (i.e., hasta encontrar un codón de término) (fig. 2.9). Elongación de la cadena Paso 1: selección del aminoacil-ARNt Con el ARNt iniciador cargado con su aminoácido (i.e., metionina) y en posición dentro del sitio peptidil (sitio P), el ribosoma queda disponible para la entrada de un segundo aminoacil-ARNt (aa-ARNt) en el sitio aminoacil (sitio A) vacante, lo cual representa el primer paso de la elongación. Antes de que el segundo aa-ARNt se una de manera eficiente al ARNm expuesto en el sitio A, debe combinarse con un factor de elongación unido a GTP. Este factor es necesario para liberar los aa-ARNt hacia el sitio A del ribosoma. Aunque cualquier complejo aa-ARNt puede ingresar al sitio, solo el que tiene el anticodón complementario del codón del ARNm alojado en el sitio A activará los cambios conformacionales 79 | genética molecular necesarios dentro del ribosoma, haciendo que el ARNt permanezca unido al ARNm en el centro de decodificación. Paso 2: formación del enlace peptídico El segundo paso en el ciclo de elongación es la formación de un enlace peptídico entre estos dos aminoácidos. La formación del enlace peptídico se realiza cuando el nitrógeno del grupo amino del aa-ARNt en el sitio A reacciona con el carbono del grupo carbonilo del aminoácido unido al ARNt del sitio P, lo cual desplaza el ARNt del sitio P. Como resultado, el ARNt unido al segundo codón en el sitio A tiene un dipéptido unido (dipeptidil-ARNt) y de esa forma el ARNt en el sitio P se desacila, es decir, pierde grupos acilo (–CO–R). La formación del enlace peptídico ocurre de manera espontánea, sin la utilización de energía externa, gracias a la ribozima peptidil transferasa. 80 | genética molecular Figura 2.9. Formación del complejo de iniciación de la traducción en eucariontes, donde se observan las distintas etapas del inicio de este proceso. El ARNt iniciador, que porta al aminoácido metionina, ingresa al sitio P de la subunidad pequeña y presenta el anticodón complementario para el codón AUG del ARNm. (Modificado de © W. H. Freeman & Company, 2002). 81 | genética molecular Paso 3: translocación Este paso se caracteriza por un movimiento parecido al de un trinque- te (i.e., cuando un mecanismo de engranaje gira hacia un lado, pero impide su movimiento en sentido contrario) de la subunidad pequeña con respecto a la grande. Como resultado, el ribosoma se mueve tres nucleótidos por el ARNm en sentido 5’→3’. La translocación se acompaña del movimiento del dipeptidil-ARNt del sitio A al sitio P del ribosoma ensamblado, el cual aún se encuentra enlazado al segundo codón del ARNm, pero también del movimiento del ARNt desacilado del sitio P al sitio E (sitio de salida del ARNm) (fig. 2.10). Paso 4: liberación del ARNt desacilado Por cada ciclo de elongación, al menos dos moléculas de GTP se hi- drolizan, una durante la selección del aminoacil-ARNt y otra durante la translocación. Cada ciclo de elongación toma alrededor de 0,05 segundos, la mayor parte de ese lapso, tal vez, perdido en buscar los aa-ARNt del citosolcircundante. Una vez que el peptidil-ARNt se ha mo- vido al sitio P por translocación, el sitio A queda nuevamente disponible para la entrada de otro aa-ARNt, en este caso, uno con un anticodón complementario al tercer codón. Cuando el tercer ARNt cargado se vincula con el ARNm en el sitio A, el dipéptido del ARNt del sitio P se transfiere al aa-ARNt del sitio A y forma el segundo enlace peptídico. En consecuencia, se tiene un tripéptido fijado al ARNt del sitio A y el ARNt del sitio P se encuentra otra vez desprovisto del aminoácido. A la formación de enlaces peptídicos le sigue la translocación del ribosoma ensamblado al cuarto codón y la expulsión del ARNt desacilado, con lo cual el ciclo está listo para comenzar otra vez (fig. 2.10). 82 | genética molecular Terminación de la cadena Tres de los 64 tripletes del ARNm funcionan como codones de término, los cuales finalizan la polimerización del polipéptido naciente en lugar de codificar para un aminoácido. No existen ARNt cuyos anticodones sean complementarios a los codones de término. Cuando el ribosoma alcanza uno de estos codones (i.e., UAA, UAG o UGA), el mensaje interpretado significa detener la elongación adicional y liberar al polipéptido del último ARNt. 83 | genética molecular Figura 2.10. Proceso de elongación de la cadena polipeptídica. Se aprecia la primera ronda de elongación (izquierda) y las rondas subsecuentes de elongación (derecha). (Modificado de © W. H. Freeman & Company, 2002). 2.5. Modificaciones postraduccionales Existen alteraciones en las cadenas laterales de los 20 aminoácidos, posterior al proceso de traducción, conocidas como modificaciones postraduccionales (PTM, del inglés posttranslational modifications). Diversas investigaciones han permitido descubrir docenas de tipos distintos de PTM (ver tabla 2.1). Así, por ejemplo, la modificación más difundida e importante es la adición de un grupo fosfato a un residuo aminoacídico de serina, treonina o tirosina. Las PTM pueden generar cambios relevantes en las propiedades y función de una proteína, siendo los más importantes aquellos que ocurren a nivel de la estructura tri- dimensional, la actividad, la localización dentro de la célula, la duración de su vida y/o de sus interacciones con otras moléculas. Por ejemplo, en una proteína reguladora clave la presencia o ausencia de un solo grupo fosfato es capaz de modificar el comportamiento de la célula (v.g., cancerosa o normal). A causa de las PTM, un solo polipéptido puede adquirir características diferentes y comportarse como molécula biológica distinta (Karp, 2014). 84 | genética molecular Tabla 2.1. Cuadro resumen de las principales modificaciones aminoacídicas postra- duccionales en las proteínas. Incluye las modificaciones en los extremos N-terminal y C-terminal. 2.6. Tipos de proteínas Las proteínas se pueden clasificar en diferentes tipos, dependiendo de las tareas o funciones que llevan a cabo en el organismo. Cabe recordar que las proteínas son macromoléculas esenciales para la vida y pueden llevar a cabo gran parte de los procesos vitales de los organismos. A continuación, se presenta una recopilación de los principales grupos de proteínas (según su función) con algunos ejemplos (Alberts y cols., 2011): Enzimas Su función es catalizar la formación o rotura de enlaces químicos. Por ejemplo, la pepsina estomacal, una proteasa que degrada proteínas ingeridas en la dieta. 85 | genética molecular Proteínas estructurales Encargadas de brindar soporte mecánico a las células y los tejidos. Por ejemplo, el colágeno y la elastina son componentes de la matriz extracelular y de las fibras de tendones y ligamentos. Proteínas de transporte Transportan moléculas pequeñas y/o iones. Por ejemplo, la hemoglobina, la cual transporta oxígeno a través de la sangre. Proteínas motoras Su función es generar movimiento en las células y los tejidos. Por ejemplo, la miosina, la cual está presente en las células musculares es- queléticas, proporcionando fuerza motriz para la contracción muscular. Proteínas de almacenamiento Almacenan moléculas pequeñas y/o iones. Por ejemplo, la ferritina, la cual facilita el almacenamiento de hierro en el hígado. Proteínas de señalización celular Encargadas de transducir señales entre diferentes tejidos celulares. Por ejemplo, el factor de crecimiento nervioso (NGF), el cual estimula el crecimiento de axones en algunos tipos de células nerviosas. Proteínas receptoras Detectan señales y las transmiten a la maquinaria de respuesta intra- celular. Por ejemplo, el receptor de acetilcolina de la membrana de una célula muscular, el cual recibe señales químicas (i.e., neurotransmisor acetilcolina) liberadas desde una terminación nerviosa. 86 | genética molecular Proteínas reguladoras de la expresión génica Su función es unirse al ADN y activar o desactivar la transcripción de genes. Por ejemplo, las proteínas de homeodominios, las cuales actúan como interruptores para controlar el desarrollo en organismos multicelulares. Proteínas de propósito especial Sus funciones son variadas y algunas de ellas son altamente especiali- zadas. Por ejemplo, las proteínas anticongelantes presentes en algunos peces que habitan en los mares polares, las cuales sirven para proteger su sangre del congelamiento. 2.7. Actividad sugerida 2.7.1. Paso práctico: separación de proteínas mediante electroforesis en gel de poliacrilamida Introducción La poliacrilamida gelificada es una fina matriz porosa que permite la fácil migración de proteínas de tamaño pequeño, pero dificulta el paso de proteínas de mayor tamaño, lo cual resulta en una separación por masa molecular. Además, el gel de poliacrilamida presenta agentes que tienen la capacidad de desnaturalizar proteínas (v.g., β-mercapto-etanol y SDS “dodecil-sulfato de sodio”), lo cual permite exponer cargas negativas en la macromolécula. El gel de poliacrilamida está conformado por dos fases: (i) una superior, conocida como gel stacking, donde se generan los bolsillos para cargar las muestras, permitiendo su paso sin considerar el tamaño, y (ii) una inferior, conocida como gel separador, el cual permite la segregación efectiva de las muestras. A mayor porcentaje de acrilamida, menor será 87 | genética molecular el tamaño de los poros en la matriz gelificada. Debido a que las muestras (solución de proteínas) son incoloras, se les debe agregar un colorante (v.g., azul de bromofenol) para seguir su migración en el proceso de electroforesis. Asimismo, en uno de los bolsillos del gel se debe agregar un marcador de peso molecular (i.e., proteínas con una masa molecular conocida) que permita estimar el tamaño de las diferentes muestras. Los polipéptidos se hacen migrar a través de un campo eléctrico que posee carga negativa en un extremo y positiva en el otro. De esta forma, las muestras (aniones) migrarán hacia el extremo con carga positiva. Objetivos 1) Separar proteínas mediante la técnica PAGE-SDS. 2) Estimar la masa molecular de algunas proteínas de interés comercial. Materiales y reactivos * Distintas muestras de proteínas comerciales (v.g., albumina, caseína, papaína, entre otras) * Sistema de electroforesis con cámara vertical * Micropipetas P10, P20 y P200 * Solución de acrilamida o bisacrilamida al 4% (p/v) y 12% (p/v), stacking y separador, respectivamente. * β-mercapto-etanol * Persulfato de amonio (APS) * Tetrametiletilendiamina (TEMED) * Colorantes azul de bromofenol y azul brillante de Coomassie * Metanol 5% (p/v) * Búfer de corrida 1X [3 g/l de Tris-base pH 8,3 + 10 ml/l de SDS 10% + 14,4 g/l de glicerol]. 88 | genética molecular * Búfer de carga 1X [0,5 ml de Tris-HCl 0,5M pH 6,8 + 2,5 ml de SDS 10% + 1 ml de glicerol + 0,5 ml de azul de bromofenol 0,05% + 0,2 ml de β-mercapto-etanol]. Procedimiento I. Preparación del gel separador 1. Mezclar en un tubo de ensayo 5 ml de poliacrilamida al 12%, 100 µl de APS y 5 µl de TEMED. 2. Homogeneizarrápidamente y verter la poliacrilamida entre losdos vidrios. Agregar unas gotas de isobutanol entre ambos vidrios para que el borde superior del gel separador no presente irregularidades. Esperar la polimerización del gel. 3. Lavar con agua destilada para eliminar el isobutanol y secar mediante sacudidos fuertes. Utilizar papel filtro entre ambos vidrios para absor- ber excedentes del agua destilada. II. Preparación del gel stacking 1. Mezclar en un tubo de ensayo 2 ml de poliacrilamida al 4%, 50 µl de APS y 2,5 µl de TEMED. 2. Homogeneizar rápidamente y verter la poliacrilamida entre ambos vidrios sobre el gel separador. Colocar la peineta (para formar los bolsillos del gel), procurando que esté bien posicionada y no se formen burbujas. 3. Sacar la peineta una vez que haya polimerizado el gel. III. Montaje de la cámara de electroforesis 1. Marcar y enumerar los bolsillos con un rotulador indeleble en el vidrio más grande. 2. Montar los vidrios que contienen el gel en la cámara de electroforesis. 89 | genética molecular 3. Llenar la cámara con búfer de corrida 1X y eliminar las burbujas que puedan quedar en el fondo de la cámara. IV. Preparación de las muestras de proteínas Cargar la misma cantidad de muestra de proteína en cada bolsillo para que se pueda realizar una comparación de las bandas resultantes. Cada muestra debe tener la misma cantidad de búfer de carga 1X, el cual brindará densidad y color a las muestras, facilitando su depósito en los bolsillos y evitando su salida del gel. A continuación, mezclar y calentar las muestras en agua recién hervida para favorecer la desnaturalización de las proteínas. V. Carga de las muestras en los bolsillos del gel de poliacrilamida 1. Con la ayuda de una micropipeta P20, cargar las muestras a partir del segundo bolsillo. 2. Cargar en el primer bolsillo un marcador de peso molecular. 3. Conectar la cámara de electroforesis a su fuente de poder y progra- mar la corrida electroforética a 100V. 4. Una vez que el colorante haya migrado hasta el límite del gel separa- dor, incrementar el voltaje de la fuente de poder hasta 150V. 5. Una vez que el colorante haya migrado hasta el final del gel separador, detener el proceso de electroforesis. 6. Desmontar los vidrios de la cámara de electroforesis, separarlos y eliminar los restos de poliacrilamida con ayuda de una espátula y agua destilada. 90 | genética molecular VI. Preparación de la tinción con azul brillante de Coomassie 1. Sumergir el gel en metanol 5% (solución fijadora) y dejar en agitación durante 5 min. A continuación, agitar durante 5 min en agua destilada. Repetir este paso por completo. 2. Sumergir el gel en la solución de azul brillante de Coomassie (con agitación) durante 30 min. A continuación, lavar con agua destilada hasta que las bandas aparezcan nítidas. 2.8. Preguntas para discusión y autoevaluación 1. Dibuje la fórmula estructural de un aminoácido sencillo e identifique los grupos carboxilo, amino y residual “R”. 2. Defina y compare los niveles de organización de las proteínas y señale los enlaces que mantienen a cada una de ellas: (i) Primaria y enlace presente (ii) Secundaria (alfa-hélices y hojas-beta plegadas) y enlace presente (iii) Terciaria y enlaces presentes (iv) Cuaternaria y enlaces presentes 3. Enumere tantas funciones proteicas diferentes como pueda y dé un ejemplo de cada categoría, siempre que sea posible. 4. ¿Cómo influye la estructura primaria de un polipéptido en las estruc- turas secundaria y terciaria? ¿Cómo puede alterarse la conformación de una proteína? 5. ¿Cómo funciona una enzima? ¿Por qué las enzimas son esenciales para la vida de los organismos de la Tierra? 6. Si bien las mutaciones en el ADN son esenciales para el proceso de evolución, ¿por qué se cree que la mayoría de las mutaciones son deletéreas? 91 | genética molecular 7. ¿Por qué se supone más probable que una mutación aleatoria sea deletérea en vez de beneficiosa? 8. ¿Por qué la mayoría de las mutaciones de un organismo diploide son recesivas? 9. Compare las funciones de las proteínas con las de los ácidos nucleicos. 10. Encierre en un círculo el residuo “R” de los aminoácidos y escriba sobre la línea el grupo al cual pertenece: Fenilalanina Treonina Cisteína Isoleucina Asparragina Prolina 11. Marque como verdadero (V) o falso (F) el enunciado correcto acerca de las proteínas: [ ] El puente de hidrógeno es el enlace que mantiene la estructura primaria. 92 | genética molecular [ ] De las proteínas que muestran una cadena polipeptídica se dice que su estructura es terciaria. [ ] Debido al tipo de enlace que presentan las estructuras terciaria y cuaternaria, las proteínas no se pueden desnaturalizar. [ ] El enlace peptídico mantiene la estructura secundaria. [ ] El puente de hidrógeno se establece entre el oxígeno del carbonilo y el hidrógeno del nitrógeno. [ ] Los enlaces hidrofóbicos, puentes disulfuro, atracciones electros- táticas y fuerzas de Van der Waals, son las uniones que mantienen la estructura terciaria de las proteínas. [ ] La hélice triple es un ejemplo de estructura cuaternaria. [ ] Las proteínas solo pueden presentar dos formas, fibrosas o globulares. [ ] La hoja zigzag (conformación beta) es un ejemplo de es-tructura terciaria. 93 | genética molecular Glosario Volver al índice 94 | genética molecular Glosario Ácido nucleico. Polímero de nucleótidos unidos mediante enlaces del tipo fosfodiéster. Activador (enhancer). Factor estimulador de la transcripción. Alelo. Forma alternativa de un gen. Aminoácidos. Monómeros que conforman a las proteínas. Anticodón. Secuencia específica de tres nucleótidos del ARNt que es complementaria a un codón específico del ARNm. Apoenzima. Fracción proteica de una enzima que es catalíticamente inactiva, desprovista de sus cofactores y/o coenzimas. β-globulina. Proteína circulante del plasma sanguíneo. Bicatenario. Referido a dos cadenas o hebras. Caja TATA. Secuencia nucleotídica conservada, localizada en el promotor de muchos genes eucariontes codificadores de proteínas, la cual permite el reclutamiento del complejo de iniciación de la transcripción. Cebador (partidor o primer). Secuencia nucleotídica corta que contiene un grupo 3’–OH libre, el cual se aparea con una secuencia molde comple- mentaria, actuando como punto de inicio para la adición de nucleótidos con el fin de copiar la hebra molde. Clivaje. Escisión o ruptura de enlaces químicos mediante acción enzimática. Código genético. Conjunto de reglas por las cuales los tripletes de nucleótidos codificantes (codones) del ADN (o del ARNm) especifican aminoácidos en las proteínas. Codón. Secuencia de tres nucleótidos del ADN codificante (o del ARNm) que especifica un aminoácido en particular durante la síntesis de proteínas. Codón de terminación. Uno de los tres tripletes (i.e., UAG, UAA o UGA) que provocan la finalización de la síntesis proteica. Coenzima. Cofactor orgánico no proteico y termoestable de una enzima. 95 | genética molecular Complementariedad de bases. Propiedad de las bases nitrogenadas de los ácidos nucleicos por la cual una adenina se aparea siempre a una timina (o uracilo, en el caso del ARN), y una citosina se aparea siempre a una guanina. Deleción. Pérdida de un nucleótido o de una secuencia nucleotídica en el ADN. Desoxirribosa. Azúcar (pentosa) constituyente del ADN. Desnaturalización (denaturación). Modificación de las propiedades fisicoquímicas y estructurales de una proteína, un ácido nucleico u otra molécula biológica, al ser expuestas a calor o ácidos y bases fuertes. Enlace nucleotídico (enlace 3’-5’-fosfodiéster). Enlace covalente entre dos nucleótidos de una cadena de ADN (o ARN). Involucra un grupo fosfato unido a los carbonos 3’ y 5’ de las pentosas de dos nucleótidos adyacentes. Enlace peptídico.Enlace tipo amida entre el grupo amino (–NH 2 ) de un aminoácido y el grupo carboxilo (–COOH) de otro aminoácido, presentes en un péptido o proteína. Enzima. Proteína que cataliza reacciones bioquímicas específicas en el metabolismo. Exón. Segmento nucleotídico de un gen eucariota (o de su transcrito primario) que codifica para proteína. Fragmentos de Okazaki. Segmentos cortos de ADN de hebra simple que se forman durante la síntesis de la hebra rezagada en la replicación del ADN. Gen. Unidad física y funcional de la herencia, la cual transporta infor- mación de una generación a la siguiente. Histonas. Proteínas pequeñas de carácter básico, ricas en lisina y arginina, que se unen al ADN en la formación de la cromatina. Holoenzima. Complejo catalítico funcional constituido por una apoenzima y su cofactor o coenzima específica. Intrón. Segmento nucleotídico de un gen eucariota (o de su transcrito primario) que no es codificante para proteína. 96 | genética molecular Metilación del ADN. Proceso de adición de grupos metilo (–CH 3 ) al ADN, generalmente asociado con la inactivación de genes en los cromosomas. Macromolécula. Molécula polimérica (v.g., proteína, ácido nucleico, polisacárido), con una masa molecular del orden de los kilodaltons. Monocatenario. Referido a una sola cadena o hebra. Monocistrónico. ARNm con un solo codón de inicio de la traducción. Monómero. Molécula pequeña, unidad básica y estructural de un polímero. Nucleosoma. Unidad estructural y fundamental de la cromatina, com- puesta por un octámero de histonas y aproximadamente 146 pares de bases nucleotídicas de ADN. Operador. Región genómica adyacente al promotor que interactúa con una proteína represora específica para controlar la expresión de genes adyacentes. Operón. Unidad genética de los procariotas, constituida por uno o más genes estructurales y sus secuencias regulatorias adyacentes (i.e., el operador y el promotor). Plasmidio (plásmido). Elemento genético extracromosómico y circular de ADN bicatenario, presente en bacterias. Pentosa. Monosacárido simple formado por cinco átomos de carbono. Poliadenilación. Proceso de clivaje y adición de múltiples nucleótidos adenilatos (A) en el extremo 3’ del pre-ARNm (i.e., cola poli-A). Policistrónico. ARNm con dos o más codones de inicio de la traducción. Polipéptido. Molécula formada por la unión covalente (enlace peptídico) de dos o más aminoácidos. Promotor. Región genómica adyacente a los genes estructurales, compuesta por diferentes motivos nucleotídicos de unión a factores de transcripción y a la ARN polimerasa, el cual gatilla el inicio de la transcripción. Proof-reading (lectura de prueba). Mecanismo de corrección de prueba de los nucleótidos polimerizados por parte de la ADN polimerasa durante el proceso de replicación del ADN. 97 | genética molecular Quiral (quiralidad). Propiedad de algunas moléculas de no ser super- ponible con su imagen especular. Replisoma. Complejo de enzimas y proteínas, incluyendo la ADN poli- merasa, que se ensamblan en la horquilla de replicación para duplicar las hebras de ADN. Splicing (corte y empalme). Proceso de corte y eliminación de intrones y empalme de exones en la maduración del ARNm. Splicing alternativo. Mecanismo de modificación postranscripcional de un único pre-ARNm que permite originar diferentes moléculas de ARNm, donde cada una de ellas codifica para polipéptidos diferentes. Translocación. Acción y efecto de trasladar una molécula de un lugar a otro. 98 | genética molecular Referencias bibliográficas Volver al índice 99 | genética molecular Referencias bibliográficas Alberts, B., Bray, D., Hopkin, K., Johnson, A., Lewis, J., Raff, M., Roberts, K. & Walter, P. (2011). Introducción a la Biología Celular. (3a ed.). Editorial Médica Panamericana, S. A. Alberts, B., Johnson, A., Lewis, J., Raff, M., Roberts, K. & Walter, P. (2010). Biología Molecular de la Célula. (5a ed.). Editorial Omega. Beas, C., Ortuño, D. & Armendáriz, J. (2009). Biología Molecular: Funda- mentos y Aplicaciones. (1a ed.). McGraw-Hill Interamericana Editores, S. A. Bunch, H. (2009). Regions of E. Coli RNA Polymerase Required for λ Q-Mediated Antitermination in Binding and Function. Thesis for Ph. D., Cornell University, Ithaca, New York. Karp, G. (2014). Biología Celular y Molecular. Conceptos y Experimentos. (6a ed.). McGraw-Hill Interamericana Editores, S. A. Klug, W. S., Cummings, M. R., Spencer, C. A. & Palladino, M. A. (2011). Concepts of Genetics. (10th ed.). Pearson Education, Inc. Lodish, H., Berk, A., Matsudaira, P., Kaiser, C., Krieger, M., Scott, M., Zipursky, L. & Darnell, J. (2005). Biología Celular y Molecular. (5a ed.). Editorial Médica Panamericana, S. A. Watson, J. D., Baker, T. A., Bell, S. P., Gann, A., Levine, M. & Losick, R. (2014). Molecular Biology of the Gene. (7th ed.). Pearson Education, Inc. 100 | genética molecular Sitios (copyright) consultados para figuras y tablas modificadas: © 2002 W. H. Freeman & Company. Biochemistry, 5th Edition [Figuras 2.9 y 2.10] © 2008 Pearson Education, Inc. [Figuras 1.13 y 1.14] © 2010 Pearson Education, Inc. [Figura 1.7] © 2011 Pearson Education, Inc. [Figuras 1.15, 1.16, 1.17, 2.5 y 2.6] © 2012 Pearson Education, Inc. [Figuras 1.11B, 1.11 y 2.7] © 2012 W. H. Freeman & Company. Biochemistry, 7th Edition [Figura 1.8] © 2012 W. H. Freeman & Company. Introduction to Genetic Analysis, 10th Edition [Figuras 1.10A y 1.11A] © 2016 OpenStax Publisher [Figura 2.3] https://images.app.goo.gl/2ZDZ4iACtCq6ZVXK9 [Figura 1.6] http://www7.uc.cl/sw_educ/biologia/bio100/html/portadaMI- val2.1.1.2.html [Figura 2.4] http://b.se-todo.com/biolog/1146/index.html [Tabla 1.1] Sitios web consultados para elaborar las secciones “Síntesis histórica de los ácidos nucleicos” y “Síntesis histórica de las proteínas”: http://www.medtrad.org/panacea/IndiceGeneral/n12_tribuna_GClaros. pdf https://sites.google.com/site/ampliabiogeo/biotecno/histo- ria-de-un-descubrimiento https://prezi.com/vg3oqrlmhvx5/linea-del-tiempo-acidos-nucleicos/ http://cdn.idtADN.com/support/Technical/TechnicalBulletinPDF/A_ Brief_History_of_ADN.pdf http://www.bbm1.ucm.es/public_html/divul/HistoriadeProteinas.pdf https://images.app.goo.gl/2ZDZ4iACtCq6ZVXK9 [Figura 1.6] http://www7.uc.cl/sw_educ/biologia/bio100/html/portadaMIval2.1.1.2.html [Figura 2.4] http://b.se-todo.com/biolog/1146/index.html [Tabla 1.1] https://images.app.goo.gl/2ZDZ4iACtCq6ZVXK9 [Figura 1.6] http://www7.uc.cl/sw_educ/biologia/bio100/html/portadaMIval2.1.1.2.html [Figura 2.4] http://b.se-todo.com/biolog/1146/index.html [Tabla 1.1] https://images.app.goo.gl/2ZDZ4iACtCq6ZVXK9 [Figura 1.6] http://www7.uc.cl/sw_educ/biologia/bio100/html/portadaMIval2.1.1.2.html [Figura 2.4] http://b.se-todo.com/biolog/1146/index.html [Tabla 1.1] https://images.app.goo.gl/2ZDZ4iACtCq6ZVXK9 [Figura 1.6] http://www7.uc.cl/sw_educ/biologia/bio100/html/portadaMIval2.1.1.2.html [Figura 2.4] http://b.se-todo.com/biolog/1146/index.html [Tabla 1.1] http://www.medtrad.org/panacea/IndiceGeneral/n12_tribuna_GClaros.pdf http://www.medtrad.org/panacea/IndiceGeneral/n12_tribuna_GClaros.pdf https://sites.google.com/site/ampliabiogeo/biotecno/historia-de-un-descubrimiento https://prezi.com/vg3oqrlmhvx5/linea-del-tiempo-acidos-nucleicos/ http://cdn.idtADN.com/support/Technical/TechnicalBulletinPDF/A_Brief_History_of_ADN.pdf http://www.bbm1.ucm https://sites.google.com/site/ampliabiogeo/biotecno/historia-de-un-descubrimiento https://prezi.com/vg3oqrlmhvx5/linea-del-tiempo-acidos-nucleicos/ http://cdn.idtADN.com/support/Technical/TechnicalBulletinPDF/A_Brief_History_of_ADN.pdf http://www.bbm1.ucm https://sites.google.com/site/ampliabiogeo/biotecno/historia-de-un-descubrimiento https://prezi.com/vg3oqrlmhvx5/linea-del-tiempo-acidos-nucleicos/ http://cdn.idtADN.com/support/Technical/TechnicalBulletinPDF/A_Brief_History_of_ADN.pdf http://www.bbm1.ucm https://sites.google.com/site/ampliabiogeo/biotecno/historia-de-un-descubrimiento https://prezi.com/vg3oqrlmhvx5/linea-del-tiempo-acidos-nucleicos/http://cdn.idtADN.com/support/Technical/TechnicalBulletinPDF/A_Brief_History_of_ADN.pdf http://www.bbm1.ucm https://sites.google.com/site/ampliabiogeo/biotecno/historia-de-un-descubrimiento https://prezi.com/vg3oqrlmhvx5/linea-del-tiempo-acidos-nucleicos/ http://cdn.idtADN.com/support/Technical/TechnicalBulletinPDF/A_Brief_History_of_ADN.pdf http://www.bbm1.ucm https://sites.google.com/site/ampliabiogeo/biotecno/historia-de-un-descubrimiento https://prezi.com/vg3oqrlmhvx5/linea-del-tiempo-acidos-nucleicos/ http://cdn.idtADN.com/support/Technical/TechnicalBulletinPDF/A_Brief_History_of_ADN.pdf http://www.bbm1.ucm Genética molecular: fundamentos y actividades prácticas es un libro que busca ser un aporte en el aprendizaje y comprensión de la genética molecular, a través de herramientas teóricas y ejercicios que serán útiles para el público interesado en profundizar sus conocimientos en esta disciplina. Para ello, y de manera pedagógica, los autores ahondan en el estudio de los ácidos nucleicos y las proteínas, realizando una síntesis histórica acerca del avance que han tenido estas áreas y una revisión de la estructura química, organización, función y regulación de las macromoléculas ADN, ARN y proteínas. Todo ello, sumado a una serie de actividades prácticas y cuestionarios con preguntas para discusión y autoevaluación, con el objeto de que los lectores, y en particular los estudiantes, puedan evaluar su domino del material presentado en los dos capítulos que conforman estas páginas. Inscrita en la Colección de Textos de Apoyo a la Docencia de Ediciones UCM, Genética molecular es una obra que nace con el fin de fortalecer el proceso formativo de Pedagogía en Ciencias con Mención de la Universidad Católica del Maule, pero que también se hace extensiva para otras carreras relacionadas a las ciencias biológicas, tanto de universidades chilenas como extranjeras, y con ello para estudiantes, profesores y público en general que deseen aprender y enseñar sobre esta materia.