A fluorescência observada no frasco de clorofila ocorre devido à absorção de luz ultravioleta pela clorofila, que então emite luz visível de cor vermelho-alaranjado. Esse fenômeno é resultado da absorção de fótons de alta energia que excitam os elétrons na molécula de clorofila, levando-os a um estado energético mais elevado. Quando esses elétrons retornam ao estado fundamental, ocorre a emissão de luz visível. Por outro lado, a folha não emite fluorescência mesmo contendo a mesma quantidade de clorofila e sendo exposta à luz ultravioleta devido à presença de outros pigmentos e substâncias na folha que competem pela absorção da luz ultravioleta. Esses pigmentos podem dissipar a energia absorvida de forma diferente, impedindo a emissão de fluorescência pela clorofila.
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