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O repasse financeiro dos recursos do SUS é feito diretamente do FNS para os fundos dos Estados e para os fundos dos Municípios

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O repasse financeiro dos recursos do SUS é feito diretamente do FNS para os fundos dos Estados e para os fundos dos Municípios, ou de forma complementar, dos FES para os Fundos Municipais. Essa modalidade de transferência é chamada de repasse fundo a fundo.Valores mínimos a serem aplicados
A Lei Complementar 141/2012 define os valores mínimos de recursos a serem aplicados anualmente pela União, pelos estados e municípios na saúde na seguinte ordem:
Recursos da União: o valor empenhado no exercício financeiro anterior, acrescido de, no mínimo, o percentual correspondente à variação do Produto Interno Bruto (PIB) ocorrida no ano anterior ao da Lei Orçamentária Anual. Caso a variação do PIB no período seja negativa, esta não poderá ser deduzida do Orçamento para a Saúde. Esse repasse não pode ser inferior a 15% da arrecadação anual;
Recursos Estaduais e do DF: no mínimo, 12% do valor arrecadado através dos impostos;
Recursos Municipais e do DF: no mínimo, 15% do valor arrecadado através dos impostos;
O PAB (piso de atenção básica) consiste nos recursos financeiros destinados, exclusivamente, ao financiamento das ações de atenção básica à saúde. Ele é composto de uma parte fixa de recursos (PAB-fixo) destinados à assistência básica e de uma parte variável (PAB-variável), relativa a incentivos para o desenvolvimento dos programas executados nesse nível de atenção. Os recursos correspondentes à parte fixa são obtidos pela multiplicação de um valor per capita nacional pela população de cada município e são transferidos direta e automaticamente do Fundo Nacional de Saúde para os fundos municipais correspondentes. Porém, na realidade, o valor dessa transferência per capita varia de R$ 10 a R$ 18. A implantação do PAB traz como principal mecanismo a transferência regular e automática, o que se traduz em um repasse federal feito diretamente aos municípios, o que dissocia a produção do faturamento, característica central do sistema de financiamento anterior. Isto é, de acordo com a lógica de pagamento por serviços previamente prestados, os municípios mais pobres e/ou de menor porte, sem uma infra-estrutura adequada de unidades e de estabelecimentos de saúde, acabavam prejudicados (Brasil, 2003; Malamed e Costa, 2003).
O processo de planejamento dos recursos deve ser ascendente, a partir das necessidades de saúde da população em cada região, com base no perfil epidemiológico, demográfico e socioeconômico, com definição das metas anuais de atenção integral à saúde e estimativa dos respectivos custos. O planejamento orçamentário deve obedecer o disposto nos planos plurianuais de saúde, nas leis de diretrizes orçamentárias (LDO), nas leis orçamentárias anuais (LOA), e nos planos de aplicação dos recursos dos fundos de saúde. Após elaborado, o planejamento orçamentário deve ser submetido ao Conselho de Saúde da esfera correspondente (municipal, estadual ou nacional) para apreciação e é homologado pelo chefe do Executivo da esfera correspondente (prefeito, governador ou presidente).
Blocos de Financiamento do SUS
As transferências de recursos federais para a saúde são feitas através de blocos de financiamento. Com a publicação da Portaria 3.992, de 27 de dezembro de 2017, a transferência de recursos do FNS para os os estados, municípios e o DF são organizados em dois blocos:
I – Bloco de Custeio das Ações e Serviços Públicos de Saúde; e
II – Bloco de Investimento na Rede de Serviços Públicos de Saúde.
As mudanças promovem o fortalecimento dos instrumentos de planejamento e de orçamento, permitindo ao gestor maior flexibilidade no gerenciamento e na aplicação adequada dos recursos nas ações pactuadas e programadas no Plano Saúde e na Programação Anual de Saúde.  Apesar da flexibilidade no gerenciamento dos recursos, é importante manter esses recursos vinculados às despesas previstas nos instrumentos de planejamento. Além disso, os gestores precisam comprovar a aplicação dos recursos recebidos nas despesas previstas e eventuais, respeitando as pactuações estabelecidas nos planos de saúde, na Comissão Intergestores Tripartite  (CIT) e em outros documentos e atos normativos próprios do SUS.

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