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Os lipídios são quebrados antes de entrar na mitocôndria, apenas os ácidos graxos irão entrar na mitocôndria, e para isso eles precisam ser carreados pela carnitina. Após chegarem na membrana interna das mitocôndrias, os ácidos graxos irão sofrer beta- oxidação, que é a oxidação da cadeia carbônica em pares. Esses pares de carbono irão se ligar a uma coenzima A, formando Acetil-CoA, e irão para o ciclo de Krebs, onde essa molécula será oxidada, formando poucos ATP's, coenzimas carreadores de elétrons e dióxido de carbono.
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