Resumo e questões - Interação Receptor-ligante

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Resumo para prova.
Somos feitos de Átomos. Hidrogenio e Hélio surgem durante o big bang e os demais átomos, os mais pesados, surgem a partir de nucleossíntese estelar, nosso sol por exemplo consegue fazer apenas esse ciclo de produção de hélio
Já estrelas maiores conseguem fazer um ciclo chamado CNO, que produz carbono, nitrogenio e oxigenio
Já estrelas no fim de sua vida, quando já queimaram todo o combustivel de gases estelares, elas formam explosões como gigantes vermelhas e supernovas, que produzem os gases mais pesados.
Orbitais atômicos são representações das equações de mecanica quantica que descrevem a probabilidade de localizarmos os eletrons em uma região específica ao redor do nucleo, essas probabilidades de localização provem então informações sobre as forças relativas das reações quimicas bem como seus angulos e liberdade de rotaçao ou nao e o numero de arranjos espaciais possiveis com átomos de outros elementos.
No caso do carbono a sobreposição desses orbitais vai determinar dois arranjos espaciais e dois tipos de ligações quimicas diferentes com caracteristicas diferentes possiveis, a sobreposição de um orbital S e tres orbitais com componentes em X, Y e Z vai criar a hibridização sp3 que encontramos quando temos um carbono ligado a 4 atomos substituintes, a istribuição eletronica vai determinar que esses atomos substituintes fiquem distribuidos de forma tetraedrica com um angulo de ligação quimica de 109,45 graus entre os substituintes e essa ligação entre eles e o carbono vai poder rotacionar sobre seu próprio eixo.
A segunda forma de hibridização que encontramos no átomo de carbono é a hibridização sp2 onde temos a hibridização de um orbital s e dois p, e um terceiro orbital p numa hibridização sp2, aqui alem de um orbital sendo compartilhado a partir de ligações simples com outros substituintes, teremos a formação de orbitais PI e sigma, fazendo com que se forme uma dupla ligação entre o carbono e um outro substituinte e por ter essa distribuição eletronica ela não vai rotacionar sobre seu próprio eixo e vai colocar os outros substituintes no mesmo plano, essa ligação vai ser do tipo sigma, essa ligação dupla se chama sigma-pi
Aqui aula 4 e 5 de quimica que não entendi muito bem
 Análise Termodinâmica da Interação Receptor Ligante
Para uma molécula se ligar na proteína ela precisa primeiro se encaixar no sitio de ligação, então para que ocorra uma ligação a molécula precisa se encaixar no sitio de ligação e com esse encaixe permitir o correto posicionamento de átomos tanto da molecula quanto da proteína que vão fazer as interações de hidrogenio, sigma-pi, van der walls e etc.
A variação de entalpia fica entendida como a variação de calor que acontece durante o processo de transformação dos reagentes livres no complexo, essa variação está então relacionada com a formação e quebra dessas ligações fracas que estabilizam o ligante no sitio de ligação da proteina.
Já a variação de entropia ela vai estar ligada com o aumento e a diminuição da entropia do sistema que vao estar relacionada a diminuição de particulas do meio, diminuição das habilidades conformacionais do ligante de estar preso na cavidade da ligação e tbm das cadeias laterais nos sitios de ligação, diminuição de variação conformacional pq a molecula ta presa no sitio, estabilizada em uma ligação.
A formação do complexo proteína-ligante acontece quando os dois se encontram em meio aquoso, o ligante precisa estar em uma conformação proxima da que ele vai estar ligado, esse encontro tem que ser suficiente para afastar molécula de água para que o ligante se aproxime de forma suficiente e comece a fazer os primeiros pares de interações eletrostáticas por acontecerem de forma mais distante, conforme eles se aproximam as ligações começam a acontecer em maior numero e assim temos ligações mais estaveis porque as ligações tem força suficiente para manter o ligante preso a proteína.
 Análise Cinética da Interação Receptor Ligante 
A formação do complexo é reversivel pois é mediada por interações fracas como ligações de hidrogenio, ligações ionicas, interação de van der walls e entre outras. Ela vai ocorrer a partir dessas duas taxas acimas Kon e Koff, onde a taxa de associação depende da concentração do ligante, pq ela depende do choque molecular entre eles, então quanto mais concentrados eles estiverem maior é a chance desse encontro acontecer.
Por ser uma reação reversivel vamos ter uma taxa de dissosiação do complexo formado mas ela não é dependente da concentração, ela é constante independente da concentração tanto do complexo quanto dos receptores e ligantes livres em solução 
Gráfico cuja curva de ligação é uma hiperbole
Curva sigmoidal
Titulação precisa ser isotermica = A temperatura precisa ser mantida de forma constante, pq se voce mudar a temperatura vc acaba alterando a força das interações, muda e energia relativa de gibbs que realmente segura o ligante no receptor.
Caloriametria de titulação isotérmica
É a técnica que permite medir a troca de calor (geração ou absorção) ocorrida durante a formação do complexo Receptor-Ligante. Única técnica que permite a medição de estequiometria de ligação n, ΔG, ΔH, ΔS e Kd no mesmo experimento.
O que é calorímetro? O calorímetro é um aparelho que consegue mensurar a energia térmica (ou calor) trocada entre os sistemas termodinâmicos que possuem temperaturas distintas. Ele é muito utilizado em laborátorios, em razão de ser um aparelho isolado termicamente da vizinhança em que está.
Ressonância Plasmônica de Superfície
A Ressonância Plasmônica de Superfície, (não confundir com Ressonância Magnética Nuclear) método de detecção direta da interação a partir de efeitos óticos que surgem a partir da formação do Complexo Recepor Ligante e por isso Livre de sondas. Usado na determinação de parâmetros cinéticos.
· k1 depende da concentração pq tem mais chance das moléculas se esbarrarem
Metodo de detecção otica, em tempo real
· detecta interações diretamente
· livre de sondas
Usado na determinação de parametros 
Ressonancia plasmonica é um efeito de superficie, um efeito eletromagnetico medida pela perturbação na camada eletronica do ouro banhando na amostra(?) conforme a luz do laser bate
onda evanescente (?) 
Existe uma absorção na regiao onde forma o plasmon mas tbm tirando um pouco da energia do laser 
o angulo dessa absorção que chega ao detector é proporcional a mudança do angulo do indice de refração, em uma solução aquosa o indice é proporcional ao tamanho dessas moleculas dissolvidas ali, então se o laser atinge a superficie e em cima eu tenho particulas pequenas eu vou ter um angulo X, se eu tenho particulas grandes vou ter um angulo Y, ai a banda de detecção com esse angulo vai ser diferente, o que muda o tamanho da particula é a diferença de particulas sozinhas e das que estão ligadas no complexo que são maiores 
Passa um fluxo com os receptores na maquina até chegar uma hora que satura, ou seja todos os ligantes estão presos aos receptores então mudo o fluxo q esta passando pra passar só o tampão, ai tem a taxa de dissociação e o sinal volta para o inicial, a banda volta para o angulo de inicio.
Na curva do gráfico o formato vai ser sempre muito parecido pq depende da concentração.
A oscilação da onda plasmonica rouba o momento magnetico, ela rouba a energia da oscilação da nuvem eletronica e por isso uma bandinha fica escura pq ela é roubada, absorvida, esse efeito vai ser visto na oscilação dessas ondas e na onda evanescente.
Como gruda as coisas no chipe? 
A plaquinha de ouro é funcionalizada, existem várias formas, funcionalizar nada mais é do que grudar uma função organica ali. Uma das formas é funcionalizar a matrix do ouro com Dextran, faz ligações fortes, ligações covalentes, dependendo do que eu quero fixar na superficie eu vou funcionalizar ela de maneiras diferentes
A funcionalização do chipe precisa ser feita avaliando todas as condições pq não pode ultrapassar o tamanho da onda evanescente que é a zona sensivel da mensuraçãodo meu aparelho, então todo o meu complexo final tem que caber ali dentro. 
1- muda o angulo por causa da formação do complexo, isso aumenta a partícula e a densidade ali e então tenho uma refração e uma absorção diferente dessa luz do laser.
2 - 
3 - 
É preciso um material que seja biocampativel 
4 - O que eu escrevi + > O laser forma a onda evanescente 
5 - faltou colocar por afinidade, além de covalente, ligar por cargas, ligar por unidades de metais ou afinidade de complexo, ou proteína A pelas frações de anticorpo
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