e valor e gaps

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O valor e-value de um hit para um dado score corresponde à probabilidade de se obter, com outra seqüência aleatória de mesmo tamanho e composição de letras, outro alinhamento com score igual ou superior. Desta forma, quanto mais próximo de zero for o e-value, mais confiável será a consulta. Por exemplo, para um hit com e-value=1, significa que para a mesma seqüência de consulta, comparada com outra seqüência aleatória de mesmo tamanho e composição, vai gerar um alinhamento com score igual ou maior ao obtido. 
Existem trez principais tipos de gaps panalties
constant, linear e affine
Constante
Este é o tipo mais simples de penalidade de lacuna:. Uma pontuação negativa fixa é dado a cada lacuna, independentemente do seu comprimento
Linear
esse método leva em consideração não somente o número de gaps mas tambem o comprimento do gap, sendo B a penalidade por cada inserido ou excluído e L o comprimento do gap, a pontuação é dada por BL