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SÍNTESE PROTEICA Profa. Dra. Maria Pil mariapil@gmail.com Borges-Osório & Robinson. Capítulo 1. Griffiths et al. Capítulos 8 e 9. Dogma central da biologia molecular ”Existe uma unidirecionalidade na expressão da informação contida nos genes de uma célula, ou seja, que o DNA é transcrito no RNA mensageiro e que este é traduzido à proteína, elemento que por fim efetua a ação celular. O dogma postula igualmente que apenas o DNA é capaz de duplicar-se e, consequentemente, reproduzir-se e transmitir a informação genética aos descendentes. O dogma foi pela primeira vez proposto por Francis Crick em 1958, e divulgado num artigo da revista Nature em 1970.” Proteínas • Proteínas estruturais: conferem a forma ao organismo construindo as paredes celulares, membranas nucleares, conteúdo citoplasmático e organelas. • Enzimas: proteínas especializadas na catálise de reações biológicas • Anticorpos: proteínas responsáveis pela defesa do organismo. • Hormônios: proteínas que regulam o funcionamento normal do organismo Aminoácidos • As proteínas são formadas por uma cadeia de aminoácidos. • Todos têm um grupo ácido carboxílico (-COOH) e um grupo amino básico (-NH2) • A diferença entre os aa está no radical (R) • Dois aa se unem pelas ligações peptídicas formadas pela reação do -NH2 de um aa com o -COOH de outro. Código genético Estruturas das proteínas • As proteínas têm quatro níveis estruturais: • Estrutura primária: sequência de aminoácidos que forma a cadeia polipeptídica • Estrutura secundária: dobramentos da sequência primária. Organização espacial, confere funcionalidade • Estrutura terciária: organização em 3D de todos os átomos. Interação entre aa e água circulante • Estrutura quaternária: encontrada em proteínas multiméricas, agregados de mais de uma cadeia polipeptídica RNA 1. O RNA é geralmente uma cadeia de nucleotídeos unifilamentares, não uma dupla hélice como o DNA. RNA e mais flexível. As ligações açúcar-fosfato são feitas nas posições 5' e 3' do açúcar, como no DNA; logo, uma cadeia de RNA terá uma ponta 5' e uma 3'. 2. O RNA tem o açúcar ribose em seus nucleotídeos, em vez da desoxirribose encontrada no DNA. 3. Os nucleotídeos de RNA (chamados de ribonucleotídeos) contêm as bases adenina, guanina e citosina, mas a base pirimidinica uracil (abreviada por U) no lugar de timina. 4. O RNA, como as proteínas, mas não como o DNA, pode catalisar reações biológicas. O nome ribozima foi criado para as moléculas de RNA que funcionam como enzimas proteicas. RNA Tipos principais de RNA 1. Pré-mRNA (pré-RNA mensageiro): é o primeiro passo da transcrição. Ligado à proteínas (ribonucleoproteínas heterogêneas nucleares [hnRNPs]). Contém ainda íntros + éxons. 2. mRNA (RNA mensageiro) processado: carrega a “informação”(ou seja, a seqüência de bases) para a síntese da proteína. 3. tRNA (RNA transportador): carrega os aminoácidos que serão adicionados à proteina nascente, e faz a “leitura” da sequência de bases do mRNA. Isso quer dizer que o tRNA é a molécula que decodifica o código genético. 4. rRNA (RNA ribossômico): é um constituinte estrutural e funcional dos ribossomos, aonde a síntese proteica vai acontecer. RNAs na síntese proteica éxon intron espaço entre genes Eliminação é feita por pequenas moléculas de RNA chamadas ribozimas. Eliminação dos íntros dos PRÉ-mRNA Capping: adição de um nucleotídeo específico (guanina metilada) chamada cap (capuz) à extremidade 5’ do pre-mRNA. Confere vantagem ao transporte para o citoplasma e sua ligação aos ribossomos. Proteção da degradação por exonucleases Poliadenilação: adição de cerca de 200 nucleotídeos de adenina à extreminada 3’, formando a sequência poli-A ou cauda poli-A. Pré-mRNAàmRNA mRNA: RNA mensageiro • Transfere a informação contida nos genes estruturais para as sequências de aminoácidos que formam as proteínas • É o RNA que é traduzido em polipeptídeos • Após ser processado a partir do pré-mRNA contém apenas ÉXONS tRNA: RNA transportador • Algumas bases formam ligações fracas entre si formando alças • Sua configuração permite o reconhecimento e ligação de aminoácidos por uma de suas extremidades e ligação à determinados códons do mRNA pela outra extremidade. • Transporta aminoácidos para o ribossomo. • O tRNA carregando um aminoácido se chama aminoacil-tRNA. • Cada aminoácido possui um ou mais tRNA específicos. tRNA Códon e Anticódon RNA ribossômico • Sintetizado nos nucléolos • Junto com certas proteínas ribossômicas sintetizadas no citoplasma e transportadas para o nucléolo formas os RIBOSSOMOS • Nos ribossomos se dá a tradução genética, ou seja, a síntese proteica. Ribossomos • 20 nm (200 angstroms) em diâmetro, por isso são facilmente detectados em microscopia eletrônica • Constituídos por 65% rRNA e 35 % proteínas ribossomais • Alguns ribossomos estão livres no citosol, mas a maioria está ligada à membrana externa de algumas regiões do retículo endoplasmático, que passa a ser chamado de reticulo endoplasmático rugoso E P A Subunidades do ribossomo • Todos os ribossomos são constituídos por duas subunidades • Cada subunidade contém rRNA e várias proteínas • Procariotos têm ribossomos 70S, constituídos de uma unidade 30S e outra 50S • Eucariotos têm ribossomos 80S, constituídos de uma unidade 40S e uma 60S • Mitocôndrias e cloroplastos têm ribossomos 70S, similares aos bacterianos Sítio P: sustenta a cadeia nascente covalentemente ligada ao tRNA Sítio A: entrada de tRNA carregados Sítio E: sítio de saída serve para saída dos tRNA descarregados (apenas no ribossomo procariótico). Ribossomo Ribossomo Ribossomos fazem a SÍNTESE PROTEICA • Ribossomos livres no citosol sintetizam proteínas que vão ser utilizadas no citosol. • Ribossomos associados ao retículo endoplasmático sintetizam proteínas que serão exportadas para o meio extracelular, direcionadas à outras organelas ou inseridas em membrana. Nesse caso, as proteínas são “internalizadas” no retículo ao mesmo tempo que o processo de tradução. Outros tipos de RNA Atividade Liste os tipos de RNA vistos, suas principais funções e onde ocorrem Sequências de DNA contém informações que especificam quando, onde e como grande parte do produto gênico é feita. Essa informação é estática, inserida na sequência do DNA. Para usar a informação, deve ser sintetizada uma molécula intermediária que é uma cópia de um gene distinto com o uso da sequência de DNA como um guia. Essa molécula é o RNA, e o processo de sua síntese a partir do DNA e chamado de transcrição. Transcrição TRANSCRIÇÃO • Processo pelo qual a informação genética é transmitida do DNA para o RNA. • Abertura da fita dupla de DNA pela quebra das pontes de hidrogênio. • Nucleotídeos de RNA pareiam com os de DNA Apenas um filamento de DNA é o molde para a transcrição gênica, mas esse filamento varia com o gene. O sentido da transcrição é sempre o mesmo para qualquer gene e começa da ponta 3' do molde de DNA e da ponta 5' do RNA transcrito. Assim, os genes transcritos em sentidos diferentes usam filamentos opostos do DNA como moldes. RNA novo: 5’à 3’ A enzima responsável pela transcrição é a RNA-polimerase As RNA-pol desempenham todas as atividades necessárias para a transcrição: 1) reconhecem e ligam-se à seqüências específicas de DNA; 2) desnaturam o DNA, expondo a seqüência de nucleotídeos a ser copiada; 3) mantêm as fitas de DNA separadas na região de síntese; 4) mantêm estável o duplex DNA:RNA na região de síntese; 5) restauram o DNA na região imediatamente posterior à da síntese; e 6) sozinhas ou com auxílio de proteínas específicas, terminama síntese do RNA. RNA polimerase Tipos de RNA polimerase • RNA polimerase I – transcreve os RNAs ribossômicos • RNA polimerase II – transcreve todos os genes codificantes de proteína, para os quais o transcrito final é o RNA mensageiro e parte dos pequenos RNAs nucleares • RNA polimerase III – transcreve o RNA transportador e alguns RNAs ribossômicos e outros RNAs nucleares Promotor O promotor é caracterizado por uma sequência de DNA necessária para que a RNA-pol II se ligue ao molde e comece a transcrição. A transcrição ocorre no núcleo Passos da transcrição 1. Reconhecimento do molde: ligação da RNA-pol II ao sítio promotor do gene. Nesse local, a dupla-hélice do DNA se desenrola e se separa formando a bolha de transcrição 2. Início ou iniciação: sintetizadas e liberadas as primeiras sequências, terminando quando a enzima se libera do promotor. 3. Alongamento: a RNA-pol II alonga a fita de RNA se movendo ao longo do DNA 4. Finalização ou términação: reconhecimento do ponto final. RNA-pol II e fita de RNA são liberadas. Nesse estágio a fita de RNA é a pré-mRNA. 5. Processamento pós-transcripcional (co-transcripcional): transformação do pré-RNA em mRNA através do splicing (encadeamento) e capping (poliadenilação). 2. Início Os eucariontes requerem a montagem de muitas proteínas em um promotor antes que a RNA polimerase II possa começar a sintetizar RNA. Algumas dessas proteínas, chamadas de fatores gerais de transcrição (GTF), ligam-se antes que a RNA polimerase II se ligue, enquanto outros se ligam depois. 1. Reconhecimento do molde 1. GTFs reconhecem e se ligam às sequências no promotor e servem para atrair a RNA polimerase II e posicioná-la no sítio correto para começar a transcrição. • GTF e o cerne da RNA-pol II formam o complexo de pré- iniciação (PIC). • A sequência TATA geralmente pode ser vista no promotor situada cerca de 30 pares de bases (-30 pb) do ponto de início da transcrição. Essa sequência, chamada de TATA boxe, é o sítio do primeiro evento na transcrição: a ligação da proteína de ligação a TATA (TBP). 2. Quando ligada ao TATA boxe, TBP atrai outros GTF e o cerne da RNA II para o promotor, formando assim o complexo de pré- iniciação. 3. Após a transcrição ter sido iniciada, a RNA-pol II dissocia-se da maioria dos GTF para alongar o transcrito primário de RNA. Alguns dos GTF permanecem no promotor para atrair o próximo cerne de RNA polimerase. • A transcrição começa após a fosforilação do domínio da cauda carboxila (CTD) da RNA polimerase II. 3. Alongamento • À medida que a RNA polimerase se move ao longo do DNA, desenrola o DNA à frente dela e reenrola o DNA que já foi transcrito. Desse modo, ela mantêm uma região unifilamentar de DNA, chamada de bolha de transcrição, dentro da qual o filamento-molde é exposto. • Na bolha, a polimerase monitora a ligação de um ribonucleosídeo trifosfato livre para a base exposta seguinte no molde de DNA, se houver uma complementariedade, e adiciona-o à cadeia. • A energia para a adição de um nucleotídeo é derivada da divisão do trifosfato de alta energia e liberação do difosfato inorgânico 4. Finalização A transcrição de um gene individual continua além do segmento codificante de proteína do gene, criando uma regiao 3' não-traduzida (3' UTR) na ponta do transcrito. O alongamento continua até que a RNA polimerase reconheça sequências especiais de nucleotídeos que atuam como um sinal para o término da cadeia. O encontro com os nucleotídeos de sinal inicia a liberação do RNA nascente e a enzima do molde. TRADUÇÃO DO RNA • Consiste na transformação da mensagem contida no mRNA em uma sequência de aminoácidos que constituem a proteína. • Participam do processo • mRNA • tRNA • Ribossomos (rRNA) • Aminoácidos • Sistemas enzimáticos A síntese de proteínas (tradução) ocorre em 5 etapas 1. Ativação do aminoácido: formação do aminoacil-tRNA 2. Iniciação: ligação da subunidade pequena e do metionina-acil-tRNA no sítio AUG 3. Elongação: o polipeptídio nascente é elongado pela ligação de novos aminoácidos 4. Terminação: a parada na síntese se dá pelo encontro de um stop códon e o polipeptídio se desliga 5. Enovelamento e processamento pós-transcricional do polipeptídio
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