Questionário TP7

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Perguntas da aula teórico-prática da semana de 9-13 Novembro – Questionário TP7 
 
DNA helicase 
DNA ligase 
DNA polimerase 
DNA primase 
DNA topoisomerase 
Cadeia atrasada 
Cadeia líder 
Furca de replicação 
Primer de RNA 
Proteína de ligação a cadeia única (“Single-strand DNA-binding protein”- SSB) 
Braçadeira deslizante (“sliding clamp”) 
Reparação de emparelhamento dirigida a uma cadeia 
 
1. Combinar cada definição abaixo com o termo da lista acima. 
a. Curta porção de RNA sintetizado na cadeia atrasada durante replicação do 
DNA e posteriormente removida. 
b. Enzima que une duas cadeias de DNA adjacentes. 
c. Processo de reparação de DNA, que substitui os nucleotídeos incorretos 
inseridos durante a replicação de DNA. 
d. Enzima que abre a hélice de DNA, separando as duas cadeias. 
e. Uma das duas cadeias recém-formadas de DNA encontrada na furca de 
replicação. É feita pela síntese contínua na direção 5'-para-3 '. 
f. Um complexo de proteína que circunda o DNA de dupla hélice e se liga à DNA 
polimerase, mantendo-a firmemente ligada ao DNA enquanto está em 
movimento. 
g. Enzima que se liga ao DNA e reversivelmente quebra uma ligação fosfodiéster 
numa ou ambas as cadeias, permitindo ao DNA rodar nesse ponto. 
h. Região em forma de Y de uma molécula de DNA em replicação na qual se 
formam as duas cadeias filhas. 
i. Uma das duas cadeias recém-formadas de DNA que se encontram na furca de 
replicação. É feita de segmentos descontínuos que mais tarde se juntam 
covalentemente. 
 
2. Qual das seguintes afirmações está correta? Explicar porquê. 
a. Quando lido na mesma direção (5'-para-3 '), a sequência de nucleotídeos 
numa cadeia de DNA recém sintetizada é a mesma que na cadeia parental 
utilizada como molde para sua síntese. 
b. Cada vez que o genoma é duplicado, metade do DNA recém sintetizado é 
ligado a partir de fragmentos de Okazaki. 
c. O sistema de correção de desemparelhamento por prova de leitura em E. coli 
pode distinguir a cadeia parental da cadeia filha, desde que uma ou ambas 
sejam metiladas mas não quando ambos não estão metiladas. 
 
3. Como esperaria que a perda da actividade de leitura de revisão exonuclease 3'-para-5 ' 
da DNA polimerase de E. coli possa afetar a fidelidade da síntese de DNA? Como é que 
a sua perda afetaria a taxa de síntese de DNA? Explique seu raciocínio. 
 
 
 
4. Enzimas de reparação de DNA reparam preferencialmente bases desemparelhadas no 
DNA recém sintetizado, usando o DNA parental como molde. Se os 
desemparelhamentos fossem reparados sem ter em conta a cadeia que serviu de 
molde, a correção de desemparelhamentos reduziria erros de replicação? Será que tal 
correção de desemparelhamentos indiscriminada resultaria em menos mutações, mais 
mutações ou no mesmo número de mutações do que se não houvesse qualquer 
reparação? Explique suas respostas. 
 
5. Diga se as seguintes afirmações estão corretas. Explicar porquê. 
a. Numa bolha de replicação, uma cadeia de DNA parental única serve como 
molde para a síntese de uma cadeia líder na furca de replicação e de molde 
para a cadeia atrasada na outra furca de replicação. 
b. Quando furcas de replicação bidirecionais de origens adjacentes se 
encontram, a cadeia líder encontra sempre uma cadeia atrasada. 
 
6. Qual das seguintes afirmações sobre a cadeia recém-sintetizada de um cromossoma 
humano é correta? 
a. Foi sintetizada a partir de uma única origem exclusivamente pela síntese 
contínua de DNA. 
b. Foi sintetizada a partir de uma única origem exclusivamente pela síntese 
descontínua de DNA. 
c. Foi sintetizada a partir de uma única origem por uma mistura de síntese 
contínua e descontínua de DNA. 
d. Foi sintetizada a partir de múltiplas origens exclusivamente pela síntese 
contínua de DNA. 
e. Foi sintetizada a partir de múltiplas origens exclusivamente pela síntese 
descontínua de DNA. 
f. Foi sintetizado a partir de múltiplas origens por uma mistura de sínteses 
contínuas e descontínuas de DNA. 
g. Foi sintetizada a partir de origens múltiplas quer por síntese contínua ou 
descontínua de DNA, dependendo de qual cromossoma filho específico que 
está a ser examinado. 
 
7. Qual ou quais das seguintes afirmações são verdadeiras: 
a. As consequências de erros de transcrição são menores que os de erros de 
replicação do DNA. 
b. A subunidade sigma é um componente permanente da holoenzima RNA 
polimerase de E. coli, permitindo-lhe iniciar em promotores apropriados no 
genoma bacteriano 
c. As moléculas de mRNA eucarióticas possuem grupos 3’ribosil OH em ambas as 
suas extremidades 3 ' e 5 '. 
d. Já que os intrões são em grande parte 'lixo' genético, eles não têm que ser 
removidos com precisão do transcrito primário durante o splicing de RNA. 
e. A RNA polimerase II gera a terminação de um transcrito pré-mRNA, quando 
termina a transcrição e liberta a transcrição, uma cauda poli-A é, então, 
adicionada rapidamente à extremidade final 3’ livre. 
 
 
 
 
 
Sequência de nucleotídeos consenso 
Sobre-enrolamento de DNA 
Factores gerais de transcrição 
Exão 
Exosoma 
Intrão 
mRNA (RNA mensageiro) 
Complexo do poro nuclear 
Promotor 
RNA polimerase 
holoenzima RNA polimerase 
Splicing do RNA 
rRNA (RNA ribossomal) 
snoRNA (pequeno RNA nucleolar ) 
snRNA (pequeno RNA nuclear) 
Spliceossoma 
TATA box 
Terminador 
Transcrição 
Trans-splicing 
 
8. Ligar a definição abaixo com o termo da lista acima. 
a. Ajuda a posicionar corretamente a RNA polimerase no promotor, para ajudar 
na separação das duas cadeias de DNA e permitir a transcrição começar, e 
também para libertar a RNA polimerase do promotor em modo de elongação 
de modo a começar a transcrição. 
b. Pequenas moléculas de RNA que são complexadas com proteínas para formar 
a ribonucleoproteína envolvida no splicing do RNA. 
c. Sequência de nucleotídeos do DNA a que se liga a RNA polimerase para iniciar 
a transcrição. 
d. Um grande complexo de proteínas que contém várias RNA exonucleases 3' a 5' 
que degradam mRNAs indevidamente processados, intrões, e outros restos de 
RNA retidos no núcleo. 
e. Qualquer um de uma série de moléculas específicas de RNA, que fazem parte 
da estrutura do complexo macromolecular responsável pela síntese de 
proteínas; frequentemente distinguidos pelo seu coeficiente de sedimentação, 
como 28S e 5S. 
f. Molécula de RNA que especifica a sequência de aminoácidos de uma proteína. 
g. Processo em que as sequências de intrões são excisados de transcritos de RNA 
no núcleo durante a formação do RNA mensageiro e outros RNAs. 
h. Sinal no DNA bacteriano que pára a transcrição. 
i. Tipo de Splicing de RNA que ocorre em alguns organismos eucariontes, em que 
exões de duas moléculas de RNA separadas se uniram para formar uma de 
mRNA. 
j. Segmento de um gene de eucariotas consistindo de uma sequência de 
nucleotídeos que será representado em mRNA ou outros RNAs funcionais. 
k. Estrutura multiproteica formando um canal através do envelope nuclear que 
permite que moléculas selecionadas se movam entre o núcleo e o citoplasma. 
 
 
 
 
9. Considere “dogma central” a expressão que se refere à afirmação de que os fluxos de 
informação genéticas ocorrem do DNA para o RNA para proteína. A palavra 'dogma' 
será adequada neste contexto científico? 
 
10. Quais são os papéis dos factores gerais de transcrição mediada pela RNA polimerase II, 
e porque são referidos como "gerais”? 
 
Aminoacil-tRNA sintetase 
Anticódão 
Códão 
Fator de iniciação eucariótico (eIF) 
Código genético 
tRNA iniciador 
Chaperone molecular 
Degradação de mRNA mediada por sem-sentido 
Doença de prião 
Proteassoma 
Quadro de leitura 
Ribossoma 
Ribozima 
rRNA (RNA ribossomal) 
Tradução 
tRNA (RNA de transferência)11. Ligar a definição abaixo com o termo da lista acima. 
a. Grande complexo de proteínas no citosol e núcleo com atividade proteolítica 
que é responsável pela degradação das proteínas marcadas para eliminação. 
b. Conjunto de regras que especificam a correspondência entre tripletos de 
nucleotídeos em DNA ou RNA e os aminoácidos nas proteínas. 
c. tRNA especial que transporta a metionina e é usado para começar a tradução. 
d. Sequência de três nucleotídeos no tRNA que é complementar a uma sequência 
de três nucleotídeos numa molécula de mRNA. 
e. RNA com atividade catalítica. 
f. Sistema de vigilância que elimina mRNAs defeituosos antes que possam ser 
traduzidos em proteína. 
g. A fase de três nucleótidos na qual os nucleotídeos de um mRNA são traduzidos 
em aminoácidos numa proteína. 
h. A enzima que liga o aminoácido correto a uma molécula de tRNA para formar 
o intermediário ativado utilizado na síntese proteica. 
i. Encefalopatia espongiforme transmissível, como a doença de Creutzfeld-Jacob 
nos seres humanos que aparentemente é causada e transmitida por formas 
anormais de proteínas. 
j. Proteína que ajuda outras proteínas a evitar vias de maus enrolamentos que 
produzem polipeptídeos inativos ou agregados. 
 
12. Decida se cada uma dessas afirmações é verdadeira ou falsa, e depois explicar o 
porquê. 
a. O emparelhamento Wobble ocorre entre a primeira posição no codão e a 
terceira posição no anticódão. 
b. A única diferença significativa entre as proteases simples e o proteassoma é 
que o proteassoma tem como alvo proteínas marcadas com ubiquitina. 
13. Qual das seguintes alterações mutacionais você diria mais prejudicial para a função do 
gene? Justifique sua resposta. 
a. A inserção de um único nucleotídeo perto do fim da sequência codante. 
b. A remoção de um único nucleotídeo perto do início da sequência codante. 
c. Eliminação de três nucleotídeos consecutivos no meio da sequência codante. 
d. Supressão de quatro nucleotídeos consecutivos no meio da sequência 
codante. 
e. A substituição de um nucleotídeo por outro no meio da sequência codante. 
 
14. Ambas chaperones moleculares hsp60 e hsp70 partilham alta afinidade com zonas 
hidrofóbicas expostas das proteínas, usando-as como indicadores de enrolamento 
incompleto. Por que acha que zonas hidrofóbicas servem como sinais críticos para o 
estado de enrolamento de uma proteína? 
 
15. Decida se cada uma dessas afirmações é verdadeira ou falsa, e depois explicar o 
porquê. 
a. Quando o núcleo de uma célula de cenoura totalmente diferenciada é injetado 
num ovo de rã cujo núcleo foi removido, o núcleo dador injetado é capaz de 
programar o ovo recipiente a produzir uma cenoura normal. 
b. As diferenças nos padrões de proteínas produzidas em diferentes tipos de 
células especializadas são refletidas com precisão nos padrões de mRNAs 
expressos. 
 
 
Gene 
Região de controle do gene 
Proteína repressora do gene 
Controlo negativo 
Operador 
Operão 
Controlo positivo 
Promotor 
Sequência reguladora 
Repressor de triptofano 
 
16. Ligar a definição abaixo com o termo da lista acima. 
a. Tipo de regulação da expressão dos genes em que a forma ativa da proteína 
de regulação do DNA desliga o gene. 
b. Sequência de nucleotídeos do DNA, a que se liga a RNA polimerase para iniciar 
a transcrição. 
c. Num cromossoma bacteriano, um grupo de genes contíguos que são 
transcritos a partir de um único promotor numa única molécula de mRNA. 
d. Termo geral para uma proteína reguladora do gene que impede o início da 
transcrição. 
e. Tipo de regulação da expressão dos genes em que a forma ativa da proteína 
de regulação do DNA liga o gene. 
f. Um segmento de DNA que é transcrito em RNA, conjuntamente com as suas 
regiões de controlo. 
g. Pequeno segmento de DNA dentro de um promotor bacteriano que contém 
um sítio de ligação para uma proteína reguladora do gene e controla a 
transcrição do gene adjacente. 
 
17. Muitos genes de proteínas reguladoras em eucariotas podem atuar, mesmo quando 
estão ligados a milhares de pares de nucleotídeos de distância do promotor que 
influenciam. Explique. 
 
18. As células bacterianas podem incorporar o aminoácido triptofano do ambiente 
externo, ou, se a fonte externa é insuficiente, elas podem sintetizar triptofano a partir 
de moléculas pequenas na célula. O repressor de triptofano inibe a transcrição dos 
genes do operão triptofano, que codifica as enzimas de biossíntese do triptofano. Após 
a ligação do triptofano, o repressor triptofano liga-se a um sítio específico na região 
promotora do operão. 
a. Por que é ligação ao operão dependente do triptofano é uma propriedade útil 
para o repressor de triptofano? 
b. O que espera que aconteça à regulação das enzimas de biossíntese de 
triptofano nas células que expressam uma forma mutante do repressor de 
triptofano que (i) não se pode ligar ao DNA ou (ii) liga-se ao DNA, mesmo 
quando não há triptofano a ele ligado? 
c. O que aconteceria nas situações (i) e (ii) se a célula produzisse um repressor de 
triptofano normal de uma segunda cópia do gene sem mutação? 
 
19. Imagine que criou uma fusão entre o operão Trp, que codifica as enzimas para a 
biossíntese de triptofano, e o operão Lac, que codifica as enzimas necessárias para a 
utilização da lactose. 
 
 
De acordo com o conjunto de condições (A a F abaixo) a beta-galactosidase será 
expressa na estirpe a quem foi inserido o operão fundido? 
a. Somente quando a lactose e glicose são ausentes. 
b. Somente quando a lactose e glicose estão presentes. 
c. Somente quando a lactose está ausente e glicose está presente. 
d. Somente quando a lactose está presente e glicose está ausente. 
e. Somente quando o triptofano está ausente. 
f. Somente quando o triptofano está presente.