atividade bioinformatica aula 1 16 03

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Ministério da Educação
UNIVERSIDADE TECNOLÓGICA FEDERAL DO PARANÁ
Câmpus Dois Vizinhos
	
	Professora
	Dra. Betty Cristiane Kuhn 
	Curso
	Engenharia de Bioprocessos e Biotecnologia
	Disciplina
	Bioinformática
	Turma
	6EB1
	Acadêmico
	Alisson Roegelin Dos Santos
	Data
	16/03/18
Atividade Inicial – Conhecendo o banco de dados
Dados a serem usados:
1 - Homo sapiens insulin receptor (desejado receptor de insulina em Homo sapiens)
2 - Zea mays beta-glucosidase (desejado beta glucosidase em Zea mays)
3 - Mus musculus ferredoxin (desejado ferrodoxina em Mus musculus)
4 - Canis lúpus NADH dehydrogenase (desejado NADH deidrogenase em Canis lúpus)
5 - Homo sapiens Keratin (desejado keratina em Homo sapiens)
6 - Oryza sativa ribosomal protein (desejado proteína ribossomal em Oryza sativa)
7 - Saccharomyces cerevisiae Cytochrome c (desejado citocromo c em Saccharomyces cerevisiae)
Atividade -1. Busca com limitadores de campo
Nesta primeira atividade vamos simular a busca por um transcrito especifico. É necessário lembrar que todo o banco se encontra em inglês e que, portanto, é este o idioma que deve ser utilizado nas buscas (exceto pelos nomes de espécies em latim). 
 Entre no site NCBI selecione na busca “nucleotide” https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 
Ou vá direto em: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=nuccore
Escolha um ítem da lista. 
Entre as palavras chave “espécie e proteína”. (sempre substituindo os dados pelas palavras chaves fornecidas no arquivo)
Clique no botão “Search”
	Quantas registros retornaram desta busca? (Desconsidere a princípio a caixa amarela da busca no banco Gene). 
Resposta: 265
	Quais as classes em que estas sequências estão agrupadas e quantas sequencias em cada classe? (Nucleotide; EST; GSS (curtas sequencias primárias de genomas); protein...)
Resposta: Nucleotídeo (265) EST ( 57 ) 
	Considerando que você deseja obter a sequência completa do gene sem íntrons, qual seria o melhor banco a ser procurado?
Resposta: procuro só no EST.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucest?term=Zea%20mays%20beta-glucosidase
 4) Examine os registros da página 1 e determine o organismo de origem desta sequência e a função descrita para a proteína codificada. 
	Todos eles são registros da espécie que você tem interesse?
Resposta: Não. Esse organismo não o que eu procurei, “Streptomyces coelicolor A3(2) chromosome, complete genome.
	Todos eles são registros relacionados à proteína que você tem interesse?
Resposta: Não. O primeiro item da pesquisa mostra “Zea mays cultivar B73 chromosome 10, B73 RefGen_v4, whole genome shotgun sequence” que não é meu genê de interesse
	Por que estes registros estão sendo recuperados com estas palavras chaves?
Resposta: Minha pesquisa não foi muito delineada, eu deveria ter feito uma pesquisa mais delineada.
	Todas as sequências encontradas correspondem a genes? Por que?
Resposta: Não, pois procurarei por nucleotídeos. 
5) Realize a busca novamente utilizando as palavras chave “espécie [orgn] proteína”. Neste caso a busca das palavras estará delimitada à espécie de interesse no campo de descrição do organismo.
	Quantos registros foram recuperados desta vez? 
Resposta: 130
	Quais as classes em que estas sequências estão agrupadas e quantas sequencias em cada classe? (Nucleotide   EST   GSS (curtas sequencias primárias de genomas) ...)
Resposta:  Nucleotídeos (130) EST (16).
	Todos eles são registros da espécie que você tem interesse?
 Resposta: Sim, na primeira página não ouve discrepância de resultado para outro organismo. 
	Todos eles são registros relacionados à proteína que você tem interesse?
Resposta: Não, teve sobre “cultivar B73 chromosome 4, whole genome shotgun sequence”, que não é especificadamente sobre o termo da minha busca. 
6) Realize uma ultima vez a busca agora utilizando as palavras chave ” espécie [orgn] proteína [titl]”. Neste caso também estamos limitando a busca da proteína no título do deposito.
	Quantos registros foram recuperados desta vez? 
Resposta: 53
	Todos eles são registros relacionados à proteína que você tem interesse?
Resposta: Sim, na primeira das 3 páginas encontradas foi especifico do organismo procurado. 
	Por que na primeira busca esse resultado não foi obtido?
Resposta: Pios eles ainda não estava bem delineado. 
7) Copie o número de acesso da primeira sequência obtida. Realize a busca utilizando este número de acesso. ou GI
	NCBI Reference Sequence, (GI), número da sequência:
Resposta: GI: 1315020898
	Quantas sequências são obtidas nesta busca? Por que?
Resposta: Apenas uma, e de meu g1 especifico. 
Atividade – 2. Entendendo as informações
Entre no site NCBI selecione na busca “nucleotide” https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 
Selecione nucleotídeo. Digite o número de acesso GI:52211453
Abra a sequência no banco de dados e analise as informações:
	Qual o ID da sequencia?
Resposta: Burkholderia pseudomallei strain K96243, chromosome 2, complete sequence
	Qual o nome popular da espécie em que a sequência foi identificada:
Resposta:
Milho
	Última data de atualização (update)
Resposta:?
06, fevereiro de 2015.
4) Clique no arquivo FASTA copie a sequência e salve no bloco de notas.
Atividade -3. Buscando por genes
1) Acesse o site NCBI
No campo Search selecione: Gene
2) Digite as palavras chave usadas na atividade anterior: “espécie [orgn] proteína [titl]” e clique em Search 
3) Clique na primeira sequência encontrada e responda:
	Qual o ID da sequencia?
Resposta:
ID: 542414
	Qual o nome popular da espécie em que a sequência foi identificada:
Resposta:
Milho
	Última data de atualização (update)
Resposta:?
 27, Janeiro 2018
	Qual o gene? (gene description)
Resposta:
beta glucosidase 1
	Essa sequência contém íntrons e exons?
Resposta: Sim.
	intron:
	[intron]
	Number of Spliced Reads:
	1426363
	Splice Sites:
	GT-AG (consensus)
	Location:
	35,178,207..35,179,249
	Length:
	1,043
	Position:
	35,179,250
	Em qual cromossomo o gene está localizado?
Resposta: Cromossomo: 10
5) Clique no formato FASTA e salve a sequencia no bloco de notas.
6) Escolha uma proteína do seu interesse e complete o campo Gene com as informações:
 “espécie [orgn] proteína [titl]” e clique em Search 
7) Clique na primeira sequência encontrada e responda:
	Qual o ID da sequencia?
Resposta:
 ID: 5367
	Qual o nome popular da espécie:
Resposta:
Ser humano.
	Última data de atualização (update)
Resposta:?
	Qual o gene? (gene description)
Resposta:
4 de março de 2018.
	Essa sequência contém íntrons e exons?
Resposta:
Na sequência que eu procurei, ainda não foi encontrado intro. 
	Em qual cromossomo o gene está localizado?
Resposta:
Cromossomo 12.
5) Clique no formato FASTA e salve a sequência no bloco de notas.