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1Bioquímica e medicina Victor W. Rodwell, Ph.D. e Robert K. Murray, M.D., Ph.D. S E Ç Ã O I Estruturas e funções de proteínas e enzimas C A P Í T U L O IMpORTÂNCIA BIOMÉDICA A bioquímica e a medicina desfrutam de uma relação mu- tuamente cooperativa. Os estudos bioquímicos esclareceram muitos aspectos da saúde e da doença, e o estudo de vários aspectos da saúde e da doença fi zeram surgir novas áreas da bioquímica. A relevância médica da bioquímica em situa- ções normais e anormais é enfatizada ao longo deste livro. A bioquímica traz signifi cativas contribuições para áreas da biologia celular, fi siologia, imunologia, microbiologia, farma- cologia e toxicologia, assim como para as áreas de infl amação, dano celular e câncer. Essas relações íntimas enfatizam que a vida, como a conhecemos, depende de reações e processos bioquímicos. A BIOQUÍMICA TEVE INÍCIO COM A DESCOBERTA DE QUE EXTRATOS DE LEVEDURAS LIVRES DE CÉLULAS pODEM FERMENTAR AÇÚCAR O conhecimento de que leveduras podem converter os açúcares em álcool etílico antecede os registros históricos. No entanto, foi somente durante os primeiros anos do século XX que esse processo levou diretamente à ciência da bioquímica. Apesar de suas investigações inspiradoras da fabricação de cerveja e de vinifi cação, o grande microbiologista Louis Pasteur acreditava que o processo de fermentação só poderia ocorrer em células O B J E T I V O S Após o estudo deste capítulo, você deve ser capaz de: Entender a importância da habilidade de extratos de levedura livres de células fermentarem açúcares, uma observação que possibilitou a descoberta dos in- termediários da fermentação, da glicólise e de outras vias metabólicas. Reconhecer a abrangência da bioquímica e seu papel central nas ciências da vida, e que a bioquímica e a medicina são disciplinas intimamente relacionadas. Compreender que a bioquímica integra conhecimentos de processos químicos em células vivas com estratégias para se manter saudável, entender doenças, identifi car terapias em potencial e aumentar o entendimento sobre as origens da vida na Terra. Descrever como as abordagens genéticas têm sido cruciais para a elucidação de muitas áreas da bioquímica e como o Projeto Genoma Humano promoveu ainda mais avanços em vários aspectos da biologia e da medicina. 2 SEÇÃO I Estruturas e funções de proteínas e enzimas intactas. O seu erro foi demonstrado, em 1899, pelos irmãos Büchner, que descobriram que a fermentação pode, de fato, ocorrer em extratos livres de células. Essa revelação resultou do armazenamento de um extrato de levedura em um pote de solução concentrada de açúcar adicionada como conservante. Ao longo da noite, o conteúdo do pote fermentado, que der- ramou sobre a bancada do laboratório e no chão, demonstrou que, sem dúvida alguma, a fermentação pode prosseguir na ausência de células intactas. Essa descoberta possibilitou uma série de investigações rápidas e altamente produtivas nos pri- meiros anos do século XX que deram início à ciência da bio- química. Essas investigações revelaram o papel vital do fosfato inorgânico, do ADP, do ATP e do NAD(H) e, por fim, identifi- caram os açúcares fosforilados e as reações químicas e enzimas (Gk “em leveduras”) que convertem glicose em piruvato (gli- cólise) ou em etanol e CO2 (fermentação). Pesquisas subse- quentes rea lizadas nos anos 1930 e 1940 identificaram os in- termediários do ciclo do ácido cítrico e da biossíntese da ureia e forneceram uma visão sobre as funções essenciais de certos cofatores derivados de vitaminas ou “coenzimas”, como tia- mina pirofosfato, riboflavina e, finalmente, coenzima A, co- enzima Q e coenzimas cobamida. Os anos 1950 revelaram como carboidratos complexos são sintetizados, e quebrados a açúcares simples, e delinearam as vias para a biossíntese das pentoses e da quebra de aminoácidos e de lipídeos. Modelos animais, órgãos intactos perfundidos, fatias de te- cidos, homogenatos de células e suas subfrações e enzimas pu- rificadas foram utilizados para isolar e identificar metabólitos e enzimas. Esses avanços foram possíveis devido ao desenvol- vimento, no fim dos anos 1930 e início dos anos 1940, de técni- cas, como ultracentrifugação analítica, cromatografia em pa- pel e outras formas de cromatografia, e a disponibilidade, após a Segunda Guerra Mundial, de radioisótopos, principalmente 14C, 3H e 32P, como “marcadores” para identificar os interme- diários em vias complexas, como a via que leva à biossíntese de colesterol e outros isoprenoides e às vias de biossíntese e cata- bolismo de aminoácidos. A cristalografia de raios X foi, então, utilizada para resolver estruturas tridimensionais, primeiro da mioglobina e, subsequentemente, de várias proteínas, polinu- cleotídeos, enzimas e diversos vírus, incluindo o do resfriado comum. Os avanços genéticos que se seguiram à constatação de que o DNA é uma dupla-hélice inclui a reação em cadeia da polimerase e animais transgênicos ou com genes knockouts. Os métodos utilizados para preparar, analisar, purificar e identificar metabólitos e as atividades de enzimas naturais e recombinantes e suas estruturas tridimensionais são discuti- dos nos capítulos seguintes. A BIOQUÍMICA E A MEDICINA ESTIMULARAM AVANÇOS MÚTUOS As duas principais preocupações para os pesquisadores das ciên cias da saúde – particularmente os médicos – são a com- preensão e a manutenção da saúde, bem como a compreensão e o tratamento efetivo das doenças. A bioquímica abrange es- sas duas preocupações fundamentais, e a inter-relação entre a bioquímica e a medicina é uma via ampla e de duas mãos. Os estudos bioquímicos esclareceram muitos aspectos da saúde e da doença e, em contrapartida, o estudo de vários aspectos da saúde e da doença abriram novas áreas da bioquímica (Figu ra 11). O conhecimento da estrutura e da função das proteínas foi necessário para identificar e entender a diferença indivi dual na sequência de aminoácidos da hemoglobina normal e da he- moglobina falciforme, e a análise de numerosas variantes de hemoglobinas falciformes e outras hemoglobinas contribuiu significativamente para o o entendimento da estrutura e da função da hemoglobina normal e de outras proteínas. Duran- te o início dos anos 1900, o médico inglês Archibald Garrod estudou pacientes com doenças relativamente raras – alcapto- núria, albinismo, cistinúria e pentosúria – e estabeleceu que essas condições eram geneticamente determinadas. Garrod chamou essas condições de erros inatos do metabolismo. As suas percepções proporcionaram uma base importante para o desenvolvimento do campo da genética bioquímica hu- mana. Um exemplo mais recente foi a investigação das bases genéticas e moleculares da hipercolesterolemia familiar, uma doença que resulta no início precoce de aterosclerose. Além de esclarecer as mutações responsáveis por essa doença, esse estudo forneceu um entendimento mais profundo de recepto- res celulares e mecanismos de captação não apenas do coleste- rol, mas de como outras moléculas atravessam as membranas celulares. Estudos de oncogenes e dos genes supressores de tumor em células cancerosas direcionaram a atenção para os Bioquímica Medicina Lipídeos Aterosclerose Proteínas Anemia falciforme Ácidos nucleicos Doenças genéticas Carboidratos Diabetes melito FIGURA 1-1 Uma via de mão dupla conecta a bioquímica e a medicina. O conhecimento de tópicos de bioquímica mostrados na parte superior da linha verde do diagrama esclareceu o nosso entendimento das doenças mostradas na parte inferior da linha verde. Além disso, a análise das doenças elucidou muitas áreas da bioquímica. A anemia falciforme é uma doença genética, e tanto a aterosclerose quanto o diabetes melito possuem componentes genéticos. CAPÍTULO 1 Bioquímicae medicina 3 mecanismos moleculares envolvidos no controle do cresci- mento da célula normal. Esses exemplos ilustram como o es- tudo das doenças pode abrir áreas de investigação bioquímica básica. A ciência fornece aos médicos e a outros profissionais da saúde e da biologia uma base que impacta a prática, estimu- la a curiosidade e promove a adoção de abordagens científicas para o aprendizado contínuo. Enquanto o tratamento médico estiver firmemente fundamentado no conhecimento de bio- química e de outras ciências básicas, a prática da medicina terá uma base racional capaz de acomodar e adaptar novos conhecimentos. OS pROCESSOS BIOQUÍMICOS NORMAIS SÃO A BASE DA SAÚDE A pesquisa bioquímica tem efeito na nutrição e na medicina preventiva A Organização Mundial da Saúde (OMS) define saúde como estado de “bem-estar físico, mental e social completo, e não simplesmente a ausência de doença e enfermidade”. Do ponto de vista bioquímico, a saúde pode ser considerada a situação em que todas as milhares de reações intracelulares e extracelulares que ocorrem no organismo o fazem em taxas proporcionais com a sobrevivência do organismo sob a pressão dos desafios internos e externos. A manutenção da saúde requer a ingestão otimizada de um certo número de produtos químicos; dentre eles estão as vitaminas, certos aminoácidos e ácidos graxos, vários minerais e água. O entendimento da nutrição depende, em grande parte, do conhecimento de bioquímica, e as ciên- cias da bioquímica e da nutrição compartilham o foco nessas substâncias químicas. Recentemente, tem sido dada grande ênfase sobre as tentativas sistemáticas com o objetivo de man- ter a saúde e prevenir a doença, ou medicina preventiva, que inclui abordagens nutricionais para a prevenção de doenças, como aterosclerose e câncer. A maioria das doenças possui uma base bioquímica Com exceção de organismos infecciosos e poluentes ambien- tais, muitas doenças são manifestações de anormalidades em genes, proteínas, reações químicas ou processos bioquímicos, sendo que cada uma dessas anormalidades pode afetar negati- vamente uma ou mais funções bioquímicas essenciais. Exem- plos de distúrbios da bioquímica humana responsáveis por doenças ou outras condições debilitantes incluem desequilí- brio eletrolítico, ingestão ou absorção deficiente de nutrien- tes, desequilíbrio hormonal, agentes químicos ou biológicos tóxicos e doenças genéticas. Para abordar esses desafios, a pes- quisa bioquímica continua a ser entrelaçada com estudos em disciplinas como genética, biologia celular, imunologia, nutri- ção, patologia e farmacologia. Além disso, muitos bioquími- cos estão extremamente interessados em contribuir para so- luções de problemas fundamentais, como a sobrevivência da humanidade e a educação da população para o uso de méto- dos científicos na solução de problemas ambientais e de outros grandes problemas com os quais somos confrontados. O impacto do Projeto Genoma Humano na bioquímica, na biologia e na medicina O rápido progresso no fim dos anos 1990 no sequenciamento do genoma humano levou ao anúncio, em mea dos dos anos 2000, de que mais de 90% do genoma tinha sido sequenciado. Esse esforço foi liderado pelo International Human Genome Sequencing Consortium (Consórcio Internacional para o Se- quenciamento do Genoma Humano) e pela Celera Genomics, uma companhia privada. Exceto por algumas lacunas, o se- quenciamento completo do genoma humano foi finalizado, em 2003, apenas 50 anos após a descrição da natureza de du- pla-hélice do DNA por Watson e Crick. As implicações para a bioquímica, a medicina e, de fato, para toda a biologia são praticamente ilimitadas. Por exemplo, a habilidade de isolar e sequenciar um gene e de investigar sua estrutura e função por meio de experimentos de sequenciamento, e, com o gene knockout, revelaram genes previamente desconhecidos e seus produtos, além de novas ideias a respeito da evolução humana e de procedimentos para identificar genes relacionados a do- enças humanas. Os principais avanços na bioquímica e no entendimento da saúde e da doença humana continuam a ser feitos por mu- tação dos genomas de organismos-modelo, como levedura e eucariotos, como a mosca-da-fruta, Drosophila melanogaster, e o verme Caenorhabditis elegans. Cada organismo tem tempo de geração curto e pode ser geneticamente manipulado para fornecer conhecimentos sobre as funções de genes individuais. Esses avanços podem ser traduzidos potencialmente em abor- dagens que ajudam os seres humanos, fornecendo dicas para curar doenças humanas, como câncer e doença de Alzheimer. A Figura 12 salienta áreas que foram desenvolvidas ou acele- radas como resultado direto do progresso feito com o Projeto Genoma Humano (PGH). Os novos campos da “ômica” sur- giram, e cada um deles concentra-se no estudo abrangente das estruturas e das funções das moléculas relacionadas a cada um deles. As definições dessas áreas mencionadas a seguir estão no Glossário deste capítulo. Os produtos dos genes (moléculas de RNA e proteínas) estão sendo estudados por meio das técnicas de transcriptômica e proteômica. Um exemplo espetacular da velocidade do progresso na transcriptômica é a ampliação de conhecimentos sobre pequenas moléculas de RNA como reguladoras da atividade gênica. Outros campos -ômica in- cluem glicômica, lipidômica, metabolômica, nutrigenômica e farmacogenômica. Para manter o ritmo com as informações geradas, a bioinformática tem recebido muita atenção. Os ou- tros campos relacionados para os quais o impulso decorren- te do PGH transitou são a biotecnologia, a bioengenharia, a biofísica e a bioética. A nanotecnologia é uma área ativa que pode, por exemplo, envolver novos métodos de diagnóstico e tratamento para o câncer e outras patologias. A biologia de cé lulastronco está no centro de grande parte da pesquisa atual. A terapia gênica ainda tem que cumprir a promessa oferecida, mas parece que isso finalmente ocorrerá. Muitos exames diag nósticos moleculares foram desenvolvidos em áreas como os exames e diagnósticos genéticos, microbiológicos e imunoló- gicos. A biologia dos sistemas também está em desenvolvi- mento. Os resultados das pesquisas nas várias áreas supramen- cionadas terão enorme impacto sobre o futuro da biologia, da 4 SEÇÃO I Estruturas e funções de proteínas e enzimas medicina e das ciências da saúde. A biologia sintética oferece o potencial de criar organismos vivos, inicialmente pequenas bactérias, a partir de material genético in vitro, que possam re- alizar tarefas específicas, como a limpeza de derramamentos de petróleo. Todos os itens citados fazem do século XXI um perí- odo emocionante para os que estão diretamente envolvidos na biologia e na medicina. RESUMO A bioquímica é a ciência dedicada ao estudo de várias moléculas que ocorrem em células e organismos vivos, das reações químicas individuais e de suas catálises enzimáticas e da expressão e regu- lação de cada um dos processos metabólicos. Como a vida depen- de de reações bioquímicas, a bioquímica tornou-se a linguagem básica de todas as ciências biológicas. Apesar de este texto ter a bioquímica humana como foco, a bio- química dedica-se ao espectro completo das formas vivas, desde vírus relativamente simples e bactérias até eucariotos complexos, como os seres humanos. A bioquímica, a medicina e outras disciplinas de cuidados à saú- de estão intimamente relacionadas. A saúde em todas as espécies depende de um equilíbrio harmonioso das reações bioquímicas que ocorrem no organismo, sendo que a doença reflete as anor- malidades nas biomoléculas, nas reações bioquímicas ou nos pro- cessos bioquímicos. Os avanços no conhecimento bioquímico elucidaram muitas áreas da medicina, e, com frequência, o estudo das doenças revela aspec- tos previamentenão percebidos da bioquímica. As abordagens bioquímicas são, frequentemente, fundamentais para que se esclareçam as causas das doenças e para que se proje- tem terapias adequadas, e vários testes laboratoriais bioquímicos representam um componente integral do diagnóstico e do acom- panhamento do tratamento. Um conhecimento adequado da bioquímica e de outras discipli- nas básicas correlatas é essencial para a prática racional da medi- cina e das ciências da saúde associadas. Os resultados do PGH e da pesquisa em áreas relacionadas te- rão profunda influência no futuro da biologia, da medicina e de outras ciências da saúde. A pesquisa genômica em organismos-modelo, como as leveduras, a mosca-da-fruta, D. melanogaster, e o verme C. elegans, fornece pistas sobre o entendimento das doenças humanas. REFERÊNCIAS Alberts B: Model organisms and human health. Science 2010; 330:1724. Alberts B: Lessons from genomics. Science 2011;331:511. Cammack R, Attwood T, Campbell P, et al (editors): Oxford Dictionary of Biochemistry and Molecular Biology. 2nd ed. Oxford University Press, 2006. Cooke M: Science for physicians. Science 2010;329:1573. Feero WG, Guttmacher AE, Collins FS: Genomic medicine—an updated primer. N Engl J Med 2010;362:2001. Gibson DG, Glass JI, Lartigue C, et al: Creation of a bacterial cell controlled by a chemically synthesized genome. Science 2010;329:52. Kornberg A: Centenary of the birth of modern biochemistry. FASEB J 1997;11:1209. Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM): Center for Medical Genetics, Johns Hopkins University & National Center for Biotechnology Information, National Library of Medicine. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim/. Scriver CR, Beaudet AL, Valle D, et al (editors): The Metabolic and Molecular Bases of Inherited Disease, 8th ed. McGraw-Hill, 2001. Available online and updated as The Online Metabolic & Molecular Bases of Inherited Disease at www.ommbid.com. Weatherall DJ: Systems biology and red cells. N Engl J Med 2011;364:376. GLOSSÁRIO Bioengenharia: aplicação da engenharia na biologia e na medicina. Bioética: área da ética que se relaciona com a aplicação dos princí- pios morais e éticos à biologia e à medicina. PGH (Genômica) Transcriptômica Proteômica Glicômica Lipidômica Nutrigenômica Bioinformática Biotecnologia Bioética Terapia gênica Biologia sintéticaBiologia dos sistemasDiagnóstico molecular Biologia de células-tronco Biofísica Bioengenharia Farmacogenômica Metabolômica Nanotecnologia FIGURA 1-2 O Projeto Genoma Humano (PGH) influenciou muitas disciplinas e áreas de pesquisa. A bioquímica não está listada, já que ela antecede ao início do PGH, mas disciplinas como bioinformática, genômica, glicômica, lipidômica, metabolômica, diagnóstico molecu- lar, proteômica e transcriptômica estão, por serem áreas ativas de pesquisa bioquímica. CAPÍTULO 1 Bioquímica e medicina 5 Biofísica: aplicação da física e suas técnicas à biologia e à medicina. Bioinformática: disciplina relacionada com a coleta, o armazena- mento e a análise de dados biológicos, principalmente as sequên- cias de DNA e proteína (ver Capítulo 10). Biologia das célulastronco: células-tronco são células indiferencia- das que possuem o potencial para autorrenovação e diferenciação em qualquer uma das células adultas de um organismo. A biolo- gia das células-tronco preocupa-se com a biologia dessas células e seu potencial para o tratamento de várias doenças. Biologia de sistemas: campo que se refere aos sistemas biológicos complexos estudados como entidades integradas. Biologia sintética: campo que combina as técnicas biomoleculares com as condutas de engenharia para construir novas funções e sistemas biológicos. Biotecnologia: campo em que a bioquímica, a engenharia e outras abordagens são combinadas para desenvolver produtos biológi- cos de uso na medicina e na indústria. Diagnóstico molecular: refere-se ao uso de abordagens molecula- res, como sondas de DNA, para auxiliar no diagnóstico de várias condições biquímicas, genéticas, imunológicas, microbiológicas e de outras condições médicas. Farmacogenômica: uso de informações genômicas e tecnologias para otimizar a descoberta e o desenvolvimento de novos fárma- cos e alvos de fármacos. Genômica: o genoma é o conjunto completo de genes de um orga- nismo, e a genômica é o estudo minucioso das estruturas e das funções dos genomas. Glicômica: o glicoma é o conteúdo total de carboidratos simples e complexos em um organismo. Glicômica é o estudo sistemá- tico das estruturas e das funções de glicomas, como o glicoma humano. Lipidômica: o lipidoma é o conteúdo completo de lipídeos encon- trados em um organismo. A lipidômica é o estudo aprofundado das estruturas e das funções de todos os membros do lipidoma e de suas interações, tanto na saúde quanto na doença. Metabolômica: o metaboloma é o conteúdo completo dos metabó- litos (pequenas moléculas envolvidas no metabolismo) encon- trados em um organismo. A metabolômica é o estudo aprofun- dado de suas estruturas, funções e alterações nos vários estados metabólicos. Nanotecnologia: desenvolvimento e aplicação na medicina e em outras áreas de dispositivos, como as nanocápsulas, que têm ape- nas poucos nanômetros de comprimento (10−9 m = 1 nm). Nutrigenômica: estudo sistemático dos efeitos dos nutrientes sobre a expressão genética e também dos efeitos das variações genéticas sobre o metabolismo dos nutrientes. Proteômica: o proteoma é o conjunto completo das proteínas de um organismo. Proteômica é o estudo sistemático das estruturas e das funções dos proteomas e de suas variações na saúde e na doença. Terapia gênica: aplica-se ao uso de genes geneticamente modifica- dos para tratar várias doenças. Transcriptômica: estudo abrangente do transcriptoma, o conjunto completo de transcritos de RNA produzidos pelo genoma duran- te um determinado período de tempo.
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