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Bioquímica Unidade 2 – Proteínas: Estrutura e Função parte I Papéis primários das proteínas nos organismos • Colágeno, elastina e queratina: são encontradas em ossos, dentes, pele, tendões, cartilagens, vasos sanguíneos, cabelo e unhas. • Actina e miosina: são os principais constituintes dos músculos. Responsáveis pela contratilidade dos músculos. • Albumina: proteína mais abundante no plasma sanguíneo, conferindo-o viscosidade, pressão osmótica. Transporta uma variedade de nutrientes tais como cálcio, zinco e vitamina B6. Papéis primários das proteínas nos organismos • Hemoglobina: presente nas hemácias. Responsável pelo transporte de gases pelo sangue. • Mioglobina: presente nos músculos. Responsável pelo armazenamento de O2 nas células. • Insulina: responsável pela regulação dos níveis de glicose no sangue. (Alguns hormônios são derivados do colesterol e classificados como hormônios esteroides, outros derivam de um ou mais aminoácidos, como a insulina.) • Vitaminas do complexo B e Minerais como o zinco, o ferro e o cobre funcionam como cofatores para algumas enzimas. Papéis primários das proteínas nos organismos • Transtirretina: para transportar retinol (vitamina A). • Transferrina: proteínatransportadora de ferro. • Ceruloplasmina: proteínatransportadora de cobre. • Lipoproteínas: transportam lipídiosno sangue. Classificação das proteínas de acordo com a estrutura • Proteínas fibrosas: possuem um estrutura com forma alongada, são apolares (insolúveis em água) e desempenham um papel estrutural. • Exemplos: colágeno, queratina e elastina. • Proteínas globulares: possuem um estrutura espacial praticamente esférica, são polares (solúveis em água) e possuem funções dinâmicas. • Exemplos: enzimas e hemoglobinas. Classificação das proteínas de acordo com a função biológica • Estrutural • Catalisador (Enzimas) • Imunológico (Anticorpos) • Regulatório (Hormônios) • Receptor (Membrana) • Transportador (transmembrana) Estrutura das proteínas • As proteínas são formadas por peptídeos que são formados por 21 tipos de aminoácidos unidos entre si por ligações peptídicas. -Carboxila terminal -amino terminal Ligação peptídica Características das ligações peptídicas Características das ligações peptídicas • A ligação peptídica (C-N) tem um caráter de dupla-ligação parcial, ou seja, é mais curta do que uma ligação simples e mais longa que uma ligação dupla. • A ligação peptídica (C-N) é rígida e planar (não tem rotação livre da ligação entre o carbono da carbonila e o nitrogênio da amina). • As outras ligações dos grupos ligados no C-N podem rotar livremente (embora sejam limitadas pelo tamanho e pelo caráter dos grupos R). Isso permite que a cadeia polipeptídica assuma uma variedade de configurações possíveis. • A ligação peptídica (C-N) é uma ligação trans devido à interferência estérica dos grupos R das cadeias laterais. Outros aminoácidos importantes • Aminoácidos incomuns derivados de outros aminoácidos. • 4-hidroxiprolina, derivado da prolina • 5-hidroxilisina, derivado da lisina. • são encontrados no colágeno, proteína fibrosa de tecidos conectivos. Colágeno: Proteína Fibrosa Colágeno (a) Hélice do colágeno com estrutura secundária repetitiva (Gly-Pro-4-Hyp). Em vermelho: resíduos de glicina responsáveis pela forte junção das 3 cadeias. (c e d) Súper-Hélice formada por três Hélice (estrutura terciária). Importância da vitamina C • A presença de vitamina C no organismo é importantíssima para a formação do colágeno, pois ela é um dos fatores que contribuem pra a hidroxilação da prolina para formar a hidroxiprolina. Outros aminoácidos importantes • A 6-N-metil-lisina é um constituinte da miosina, uma proteína contrátil do músculo. Miosina Outros aminoácidos importantes • O -carboxiglutamato, encontrado na proteína de coagulação pro-trombina e em algumas outras proteínas que se ligam ao Ca2+ como parte de suas funções biológicas. Outros aminoácidos importantes • A desmosina, derivada de quatro resíduos Lys, encontrada na proteína fibrosa elastina. Algumas proteínas contêm outros grupos químicos além dos aminoácidos • PROTEÍNAS SIMPLES: contêm apenas resíduos de aminoácidos e nenhum outro constituinte químico. • Exemplo: as enzimas ribonuclease A e a quimotripsina. • PROTEÍNAS CONJUGADAS: contêm componentes químicos associados aos aminoácidos chamado de grupo prostético. Proteína simples: Quimotripsina Enzima digestiva Quimotripsina: Proteína globular constituída apenas de aminoácidos, responsável pela clivagem de ligações peptídicas. Proteínas conjugadas: Grupos prostéticos • Lipoproteína: lipídeos • Glicoproteína: carboidratos • Fosfoproteína: grupo fosfato • Hemoproteína: grupo heme (porfirina férrica) • Metaloproteína: metais (Ferro, Zinco, Cobre, Cálcio, Molibdênio) Classificação das proteínas conjugadas Grupos prostéticos das proteínas conjugadas • Hemoproteína: Hemoglobina Grupo Heme das hemoproteínas • Hemoproteína: mioglobina Grupos prostéticos das proteínas conjugadas Grupo heme Organização estrutural das proteínas • Classificação quanto a complexidade da estrutura protéica em 4 níveis de organização: • Primário • Secundário • Terciário • Quaternário Organização estrutural das proteínas Hemoglobina: proteína globular. Os quatro níveis estruturais das proteínas Sequência de aminoácidos Arranjo regular de aminoácidos próximos na mesma cadeia Organização tridimensional de cadeia dobrada Arranjo de múltiplas subunidades Cadeias peptídicas ANORMALIDADES NA ESTRUTURA PRIMÁRIA DAS PROTEÍNAS • Proteínas com sequências anormais de aminoácidos, ocasionam organização irregular, com perda ou prejuízo da função normal causando doenças genéticas. • EXEMPLO: A anemia falciforme, uma doença caracterizada pela forma em foice dos eritrócitos do paciente, resultante da substituição do glutamato, um aminoácido com grupo R polar, pelo aminoácido valina, com grupo R apolar, na posição 6 das 2 subunidades da hemoglobina. Anemia falciforme Eritrócitos normais Eritrócitos na anemia falciforme Anemia falciforme A anemia falciforme ocorre em indivíduos que herdaram o alelo para a hemoglobina falciforme de ambos os pais. Os eritrócitos desses indivíduos são anormais e em menor número. O sangue contém muitos eritrócitos longos e finos em forma de foice, além de um grande número de células imaturas. As propriedades alteradas da hemoglobina S (anemia falciforme) resultam da substituição de um único aminoácido, glutamato (polar) por valina (apolar) na posição 6 das 2 cadeias . A hemoglobina A (normal) tem glutamato no lugar de valina. Anemia falciforme (Hemoglobina S) (normal) ESTRUTURA SECUNDÁRIA DAS PROTEÍNAS • O esqueleto polipeptídico assume uma estrutura tridimensional de arranjos regulares de aminoácidos que estão localizados próximos uns aos outros na sequência linear. • Estabilizado por Ligações de Hidrogênio dentro da cadeia. TIPOS DE ESTRUTURAS SECUNDÁRIAS DAS PROTEÍNAS • Hélice • Folha • Curvaturas (voltas reversas, voltas ) • Estrutura secundária não repetitiva • Estruturas supersecundárias (motivos) Cada volta completa tem 3,6 resíduos de aminoácidos. Hélice Estrutura secundária com aparência de hélice (helicoidal). Esqueleto central espiralado e bem compacto, com as cadeias laterais dos aminoácidos estendendo-se para fora. Hélice é a mais comum. Hélice -Queratina: Hélice Pontes dissulfeto Ondulação permanente Aminoácidos que quebram a hélice • A prolina quebra a hélice , pois o seu grupo amino secundário não é compatível geometricamente com a espiral voltada para a direita da hélice . • A prolina insere uma dobra na cadeia, que interrompe a suave estrutura helicoidal. Aminoácidos que quebram a hélice • Aminoácidos carregadosquebram a hélice pela formação de ligações iônicas ou por repulsão eletrostática entre um e outro. Ex. glutamato, aspartato, histidina, lisina ou arginina. Aminoácidos que quebram a hélice • Aminoácidos com cadeias laterais volumosas. Ex. triptofano. • Aminoácidos que se ramificam no carbono (o primeiro carbono no grupo R, logo após o carbono ), podem interferir com a formação de uma hélice a se estiverem em grande número. Ex. a valina ou a isoleucina. Folha Estrutura secundária com aparência de pregas. As superfícies das folhas apresentam uma aparência "pregueada”denominadas de 'folhas pregueadas” (ilustradas como setas largas). Fita Folha • As folhas são compostas de duas ou mais cadeias peptídicas (fitas ) ou segmentos de cadeias polipeptídicas que se dobram, apresentando-se quase totalmente estendidos. Fita Folha Folha • A folha é estabilizada por ligações de hidrogênio entre as cadeias polipeptídicas. Folha • Folhas antiparalelas: as extremidades N- terminal e C-terminal das folhas alternando-se. • Folhas paralelas: com todos os N-terminais das folhas juntos. Fibroína da seda Fibroína, a proteína da seda, é produzida por insetos e aranhas. Suas cadeias polipeptídicas estão predominantemente na conformação . Proporção de Hélice e Folha em proteínas Curvaturas (voltas reversas, voltas ) • As curvaturas revertem a direção de uma cadeia polipeptídica, auxiliando a formação de uma estrutura compacta e globular. • Elas normalmente são encontradas na superfície das proteínas e com frequência contêm resíduos carregados. • Conectam faixas sucessivas de folhas antiparalelas (regiões em alça). • As curvaturas geralmente são compostas por: • Prolina - o iminoácido que causa a "torção" na cadeia polipeptídica. • Glicina - o aminoácido com menor grupo R. • As curvaturas são estabilizadas pela formação de ligações de hidrogênio e ligações iônicas. Estrutura secundária não repetitiva • As estruturas secundárias não repetitivas não são "aleatórias", mas simplesmente possuem uma estrutura menos regular do que a hélice e as folhas . • Aproximadamente a metade de uma proteína globular média está organizada em estruturas repetitivas como a hélice e/ou as folhas . • O restante da cadeia polipeptídica é descrito como tendo uma estrutura em laço ou em espiral. Estruturas supersecundárias (motivos) • As estruturas supersecundárias são normalmente produzidas pelo agrupamento das cadeias laterais de elementos estruturais secundários adjacentes, próximos um ao outro. • As proteínas globulares são construídas pela combinação de elementos estruturais secundários (hélices , folhas e sequências não repetitivas). • Esses formam principalmente a região central, isto é, o interior da molécula. Eles são conectados por regiões em alça (p. ex., curvaturas ) na superfície da proteína. • Assim, por exemplo, as hélices e as folhas , adjacentes na sequência de aminoácidos, também são normalmente (mas não sempre) adjacentes na proteína final, dobrada. Estruturas supersecundárias (motivos) Estrutura terciária Organização tridimensional de cadeia dobrada. ESTRUTURA TERCIÁRIA DAS PROTEÍNAS GLOBULARES • A estrutura primária de uma cadeia polipeptídica determina sua estrutura terciária. • A palavra "terciária" refere-se tanto ao dobramento dos domínios (as unidades básicas de estrutura e função) quanto ao arranjo final dos domínios no polipeptídeo. • A estrutura das proteínas globulares em solução aquosa é compacta, com alta densidade (intenso empacotamento) de átomos no centro da molécula. • As cadeias laterais hidrofóbicas são posicionadas no interior, enquanto os grupos hidrofílicos geralmente são encontrados na superfície da molécula. Domínios • Os domínios são as unidades funcionais fundamentais com estrutura tridimensional em um polipeptídeo. • As cadeias polipeptídicas maiores do que 200 aminoácidos de comprimento geralmente apresentam dois ou mais domínios. • O centro de um domínio é formado a partir de combinações de elementos estruturais supersecundários (motivos). • O dobramento da cadeia peptídica dentro de um domínio em geral ocorre independentemente do dobramento em outros domínios. • Cada domínio apresenta as características de uma proteína globular pequena e compacta, estruturalmente independente de outros domínios na cadeia polipeptídica. Interações que estabilizam a estrutura terciária • Pontes dissulfeto. • Interações hidrofóbicas • Ligações de hidrogênio. • Interações iônicas. Pontes dissulfeto Interações hidrofóbicas Entre aminoácidos apolares. Ligações de Hidrogênio e Interações iônicas Dobramento ou enovelamento protéico • As interações entre as cadeias laterais dos aminoácidos determinam como uma cadeia polipeptídica longa se dobra para formar a intricada conformação tridimensional de proteínas funcionais. • Esse processo de tentativa e erro experimenta muitas (mas não todas) possibilidades de configuração em busca de um estado no qual as atrações superem as repulsões. • Isso resulta em uma proteína dobrada corretamente, com baixo estado energético. Dobramento protéico • Com o dobramento peptídico, as cadeias laterais dos aminoácidos são atraídas ou repelidas de acordo com suas propriedades químicas. • Por exemplo, cadeias laterais carregadas positiva e negativamente atraem-se umas às outras. • Por sua vez, cadeias laterais com cargas semelhantes repelem-se umas às outras. • Além disso, as interações envolvendo ligações de hidrogênio, interações hidrofóbicas e pontes dissulfeto podem influenciar o processo de dobramento. Etapas no dobramento protéico Desnaturação de proteínas • A desnaturação protéica resulta no desdobramento e na desorganização das estruturas SECUNDÁRIA e TERCIÁRIA, sem que haja hidrólise das ligações peptídicas. • A desnaturação pode ser reversível ou, mais frequentemente, irreversível. Desnaturação de proteínas • Os agentes desnaturantes incluem: calor, solventes orgânicos, agitação mecânica, ácidos ou bases fortes, detergentes e íons de metais pesados, como chumbo e mercúrio. • A desnaturação pode, sob condições ideais, ser reversível; nesse caso, a proteína dobra-se novamente em sua estrutura original (nativa) quando o agente desnaturante for removido. • Entretanto, as proteínas, em sua maioria, uma vez desnaturadas, ficam permanentemente desordenadas. • As proteínas desnaturadas são, com frequência, insolúveis; portanto, precipitam quando em solução. Papel das chaperonas no dobramento protéico • As "chaperonas", um grupo especializado de proteínas, são necessárias para a correta organização de muitas espécies de proteínas. • As chaperonas - também denominadas proteínas de "choque térmico" - interagem com o polipeptídeo em vários estágios durante o processo de dobramento. • Algumas delas são importantes para manter a proteína desdobrada até que sua síntese esteja terminada, ou agem como catalisadoras, aumentando a velocidade dos estágios finais no processo de dobramento. • Outras protegem as proteínas durante o dobramento, para que as regiões expostas, mais vulneráveis, não formem interações infrutíferas. Enovelamento protéico ESTRUTURA QUATERNÁRIA DAS PROTEÍNAS • É o arranjo de múltiplas subunidades polipeptídicas na proteína. • Muitas proteínas consistem em uma única cadeia polipeptídica, sendo definidas como proteínas monoméricas. • Outras, entretanto, consistem em duas ou mais cadeias polipeptídicas, que podem ser estruturalmente idênticas ou totalmente diferentes. • O arranjo dessas subunidades polipeptídicas é denominado estrutura quaternária da proteína. ESTRUTURA QUATERNÁRIA DAS PROTEÍNAS • As subunidades são unidas por interações não covalentes (p. ex., ligações de hidrogênio, ligações iônicas e interações hidrofóbicas). • As subunidades podem funcionar independentemente umas das outras ou podemtrabalhar cooperativamente, como no caso da hemoglobina, em que a ligação do oxigênio a uma subunidade do tetrâmero aumenta a afinidade das outras subunidades para o oxigênio DOBRAMENTO INADEQUADO DE PROTEÍNAS • O dobramento protéico é um processo complexo de tentativa e erro, que algumas vezes pode resultar em moléculas dobradas de forma imprópria. • Essas proteínas dobradas de forma incorreta são normalmente marcadas e degradadas dentro da célula. • Entretanto, esse sistema de controle de qualidade não é perfeito, e agregados intra ou extracelulares de proteínas inadequadamente dobradas podem se acumular, especialmente durante o envelhecimento. • Depósitos dessas proteínas com dobramentos inadequados estão associados a algumas doenças. DOBRAMENTO INADEQUADO DE PROTEÍNAS: Amiloidoses • O dobramento inadequado de proteínas pode ocorrer espontaneamente ou ser causado por uma mutação em um determinado gene, o que produz uma proteína alterada. • Além disso, algumas proteínas aparentemente normais, após uma clivagem proteolítica anormal, podem assumir um estado conformacional específico, que leva à formação de longos feixes de proteínas fibrilares, constituídos de folhas pregueadas. • Essas proteínas agregam-se espontaneamente, e o acúmulo desses agregados insolúveis, denominados amiloides, tem sido implicado em muitas doenças degenerativas - especialmente na doença de Alzheimer, uma doença neurodegenerativa relacionada à idade. • O componente predominante da placa amiloide que se acumula na doença de Alzheimer é um peptídeo formado por 40 a 42 resíduos de aminoácidos, denominado amilóide . Amiloidoses: Doença de Alzheimer
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