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Relatório Final - Iniciação Científica em Imunogenética UFPR

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pelo teste qui-quadrado (X²) com grau de liberdade 1, para observar diferenças significativas entre casos e controles. Foi calculado o OR (Odds ratio) de alelos que obtiveram diferenças significativas no teste qui-quadrado (p<0,05), ou cujo valor de p foram próximos do nível de significância (p<0.07). Nos casos possíveis, também foi realizada análise considerando a presença de dois grupos simultaneamente (Ex: C1+Bw4 80I).
RESULTADOS E DISCUSSÃO
1. HLA-B e grupos Bw4/ Bw6
	Após a exclusão de dados onde não foi possível inferir o genótipo, restaram 312 amostras para a análise alélica de HLA-B (n= 155 controles e 157 pacientes), e 319 amostras para a análise do grupo Bw (n =164 controles e 158 pacientes). A amostra mostrou-se em equilíbrio de Hardy-Weinberg, tanto para frequências genotípicas (p= 0.481 para controle e p=0.227 para os casos), quanto para a frequência dos epítopos Bw6/ Bw4 80I/ Bw4 80T (p= 0.976). O alelo com maior número de portadores foi o HLA-B*51:01 para casos (n=31) e controles (n= 27).
	Os resultados da análise de associação são apresentados na tabela 1. Na análise estatística foi encontrada associação negativa entre NICs e a presença do alelo HLA-B*35:05 (OR: 0.44, IC 95% (0.21-0.89], p= 0.02) (TABELA 1). Nas teses que utilizaram apenas as amostras genotipadas por SSOP e cuja a definição dos alelos não foi feita baseando-se na frequência haplotípica entre HLA-B e HLA-C, esta associação não foi encontrada, porém foi encontrada associação significativa com o HLA-B*39 (BOSLOOPER, 2020; FRANÇA, 2012). 
	Os alelos HLA-B*07:02 e HLA-B*14:02 não apresentaram diferença significativa no teste qui-quadrado (p= 0.06 para ambos), porém quando calculado o Odds Ratio, um método mais preciso, foi possível encontrar uma associação de risco com HLA-B*07:02 (OR: 2.05, IC 95% [1.03-4.11], p= 0.04), e de proteção com HLA-B*14:02 (OR: 0.39, IC 95% [0.16-0.97], p=0.04). 
Tabela 1 Análise de asssociação entre a presença de variantes alélicas de HLA-B e NIC II/III
	Grupo
	 Casos (n= 155)
	 Controles (n= 157)
	p-value (X²)
	OR (CI: 95%)
	
	Portadores
	Não portadores
	Portadores
	Não portadores
	
	
	HLA-B*07:02
	26
	129
	14
	143
	0.05662
	2.045 [1.0306-4.1125] (p= 0.040)
	HLA-B*08:01
	14
	141
	11
	146
	0.6524
	
	HLA-B*14:01
	5
	150
	1
	156
	0.2104
	
	HLA-B*14:02
	7
	148
	17
	140
	0.06018
	0.38950 [0.1568-0.9677] (p= 0.0426)
	HLA-B*15:01
	5
	150
	7
	150
	0.7858
	
	HLA-B*15:03
	5
	150
	3
	154
	0.7065
	
	HLA-B*18:01
	7
	148
	12
	145
	0.3585
	
	HLA-B*27:05
	12
	143
	8
	149
	0.4696
	
	HLA-B*35:01
	13
	142
	27
	130
	0.03092
	0.4408 [0.2182-0.8904] (p=0.0224)
	HLA-B*35:03
	10
	145
	4
	153
	0.164
	
	HLA-B*38:01
	6
	149
	6
	151
	1
	
	HLA-B*40:01
	5
	150
	4
	153
	0.9844
	
	HLA-B*40:02
	10
	145
	8
	149
	0.7865
	
	HLA-B*44:02
	17
	138
	12
	145
	0.4144
	
	HLA-B*44:03
	11
	144
	11
	146
	1
	
	HLA-B*45:01
	6
	149
	7
	150
	1
	
	HLA-B*50:01
	9
	146
	6
	151
	0.5791
	
	HLA-B*51:01
	31
	124
	27
	130
	0.6236
	
	HLA-B*52:01
	5
	150
	13
	144
	0.09459
	
	HLA-B*53:01
	7
	148
	10
	147
	0.6372
	
	HLA-B*57:01
	8
	147
	5
	152
	0.555
	
	HLA-B*58:01
	5
	150
	7
	150
	0.7858
	
	HLA-B*15:04
	4
	151
	4
	153
	1
	
	HLA-B*13:02
	4
	151
	9
	148
	0.2671
	
	HLA-B*35:02
	0
	155
	5
	152
	0.07362
	 
Fonte: A autora (2020)
	Apesar de Carrington et al (2005) terem relatado que a presença de alelos HLA-Bw4 confere proteção as lesões cervicais (OR: 0.71, p= 0.02), não foi encontrada diferenças estatisticamente significantes na análise de associação da presença de epítopos Bw, como visto na tabela 2, possivelmente pelo baixo número amostral.
Tabela 2 Análise de associação do epítopo Bw 
	Grupo
	 Casos (n= 155)
	 Controles (n= 157)
	p-value (X²)
	
	Portadores
	Não portadores
	Portadores
	Não portadores
	
	Bw6
	130
	28
	141
	26
	0.7099
	Bw4 80I
	70
	88
	68
	99
	0.5883
	Bw4 80T
	37
	121
	49
	118
	0.2783
	Bw4 80I/ Bw4 80 I
	8
	150
	5
	162
	0.5039
	Bw4 80T/ Bw4 80 T
	9
	149
	10
	157
	1
	Bw4 / Bw4
	28
	130
	25
	142
	0.6025
	Bw6/ Bw6
	57
	101
	61
	106
	1
Fonte: A autora
2. HLA-C e grupos C1/ C2
	O alelo mais frequente entre para pacientes e controles foi o HLA-C*04:01. A amostra controle de HLA-C, assim como a de HLA-B, se mostrou em equilíbrio de Hardy-Weinberg (EHW), tanto para as frequências genotípicas (p= 0.163) quanto para os aminoácidos da posição 80 (p=0,105). Porém, quando calculado o EHW na frequência genotípica dos casos, a amostra não se mostrou em equilíbrio (p= 0.017), este fato pode ser devido a seleção atuante no genótipo, ou por erro na genotipagem. Na análise estátistica foi encontrada uma associação de risco com o alelo HLA-C*03:04 (OR= 2.24, CI 95% [1.12-4.13], p= 0.01) (Tabela 3).
Tabela 3 Resultado da análise de associação dos alelos HLA-C 
		Alelo
	
	Casos (n= 195)
	Controles (n= 223)
	p-value
(X²)
	Odds Ratio (CI: 95%)
	
	Portadores
	Não portadores
	Portadores
	Não portadores
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	HLA-C*01:02
	7
	188
	13
	210
	0.4005
	
	HLA-C*02:02
	18
	177
	19
	204
	0.9342
	
	HLA-C*03:03
	18
	177
	20
	203
	1
	
	HLA-C*03:04
	32
	163
	18
	205
	0.0135
	2.2359 [1.2112-4.1273] (p=0.0101)
	HLA-C*04:01
	51
	144
	73
	150
	0.1731
	
	HLA-C*05:01
	18
	177
	23
	200
	0.8363
	
	HLA-C*06:02
	28
	167
	33
	190
	1
	
	HLA-C*07:01
	35
	160
	43
	180
	0.8233
	
	HLA-C*07:02
	38
	157
	40
	183
	0.7795
	
	HLA-C*08:02
	18
	177
	22
	201
	0.9574
	
	HLA-C*12:03
	20
	175
	21
	202
	0.9021
	
	HLA-C*14:02
	11
	184
	7
	216
	0.3098
	
	HLA-C*15:02
	19
	176
	21
	202
	1
	
	HLA-C*16:01
	22
	173
	23
	200
	0.8725
	
	HLA-C*17:01
	11
	184
	12
	211
	1
	
	HLA-C*12:02
	3
	192
	7
	216
	0.4548
	
FONTE: A autora (2020)
	No trabalho realizado em 2012, essa associação com HLA-C*03:04 não tinha sido feita, e os alelos HLA-C*05:01, HLA-C*07:01P, HLA-C*07:02P e HLA-C*23:02 foram associados à susceptibilidade (XAVIER, 2012). Essa discrepância nos resultados pode ser derivada do procedimento diferente utilizado na definição dos alelos, visto que no presente trabalho foi realizado o pareamento de HLA-C e HLA-B para imputação alélica, ou também do fato de terem sido adicionadas 27 amostras genotipadas por NGS para aumentar o tamanho amostral. A análise conduzida por Song et al (2013), feita a partir de um total de 159 mulheres com NIC e 132 controles saudáveis, apontou uma associação com os alelos C*01 (OR=0.56) e C*0303 (OR=1.89) na população coreana.	
	Na análise de associação entre grupos C1/ C2 (Tabela 4), apesar de não ter sido encontrada diferença significativa entre os grupos no teste qui-quadrado, a presença do genótipo C1/ C1 foi maior nos casos do que nos controles (OR= 1.54, CI 95% [1.01-2.34], p= 0.05), sugerindo que este genótipo poderia conceder risco à infecção por HPV. O resultado corrobora com a metanálise de Carrington et al. (2005), onde a presença de HLA-C2 foi associada a proteção (OR: 0.65, p= 0.024), e a presença HLA-C1 associada ao risco de desenvolver a doença (OR: 2.14, p= 0,02). Já foi encontrada em outro trabalho uma associação negativa entre NIC causadas por HPV 16 e homozigotos C1, porém a associação foi restrita a portadores dos genes KIR2DL2 (OR: 0,67, p=0.00045) e KIR2DS2 (OR: 0.69, p= 0.0006) (BAO et al., 2019).
Tabela 4 Resultado da análise de associação entre grupos ligantes KIR e NIC
	Grupo
	 Casos (n= 198)
	 Controles (n= 232)
	p-value (X²)
	OR (CI: 95%)
	
	Portadores
	Não portadores