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Tecnologia Biomédica Professora Dra. Melise Silveira 2 Professora Melise Silveira Graduação em biomedicina pela UFF; Mestrado pela Fiocruz em Biologia Molecular; Doutorado pela Fiocruz em Biologia Computacional e Sistemas. Trabalho em um laboratório da Fiocruz com o sequenciamento do genoma de bactéria multirresistentes. Professora da UNESA. APRESENTAÇÃO 3 APRESENTAÇÃO E VOCÊS? Nome; Período; Matéria que teve mais afinidade e matéria que exigiu mais de você; Planos para carreira. 4 ➢ DISCIPLINA 100% PRESENCIAL ➢ AV01 (27/04): 8 pontos de prova + 2 pontos de trabalho ➢ AV2 (08/06): 8 pontos de prova + 2 pontos de trabalho ➢ AV3 (22/06): 10 pontos de prova ➢ Para aplicação de prova fora das datas previstas no calendário: abrir chamado com justificativa ➢ Não marquem compromissos para a semana da AV03 ➢ As aulas serão disponibilizadas no SIA 5 O que é bioinformática ? 6 O que é bioinformática ? Projeto DNA do Brasil 7 Que conhecimentos são necessários para o sucesso desse projeto? 8 O que é bioinformática ? • Ciência que usa ferramentas computacionais para estudar informações biológicas; • Área que estuda aspectos e fenômenos biológicos com o uso de ferramentas computacionais; • Ciência que organiza, analisa e interpreta dados utilizando informações biológicas; • Casamento entre a ciência da computação e a biologia molecular; • É uma área nova, há 10 anos atrás o termo nem existia. 9 O que são informações biológicas • Sequências nucleotídeos; aminoácidos; • Função texto; • Estrutura de uma proteína posição dos átomos no espaço. Como uma informações biológica vira um dado computacional? Sequência da proteína 1 MATNMFKZQBDHPQ… Sequência da proteína 1 MEHWMNLKFBLNPTS… Milhões de sequências de proteínas precisam ser armazenada em computadores! Será que têm a mesma estrutura? 11 12 A história da bioinformática A história da bioinformática O dogma central da biologia 13 Avanços na biologia molecular… Estrutura do DNA por Watson e Crick. Magaret Dayhoff desvendou a ordem dos aminoácidos que formam algumas proteínas além de compará-las, criando o primeiro “Atlas de Proteínas”. Aplicou técnica computacionais e matemática para isso. Mãe da Bioinformática14 A história da bioinformática Avanços na área computacional… Pai da Computação 15 A história da bioinformática O sequenciamento do DNA o 1977: Técnica de Sanger: Sequenciamento por síntese terminada o 1986: Sequenciador automático: Applied Biosystems 16 A história da bioinformática O projeto genoma humano - Consórcio internacional coordenado pelo Departamento de Energia do Instituto Nacional de Saúde dos Estados Unidos. Duração: 1990-2003 Metas identificar todos os genes humanos, determinar a sequência dos cerca de 3,2 bilhões de pares de bases que compõem o genoma do Homo sapiens, armazenar a informação em bancos de dados, desenvolver ferramentas de análise dos dados. Acelerou o desenvolvimento de sequenciadores, ferramentas de análise e computadores com grande capacidade de armazenamento e processamento. 17 A história da bioinformática oPGH: 13 anos, US$ 2.000.000,00 o Estado da arte: o US$ 2 x 10e-7/ base o Genoma bacteriano o ~US$ 1 o Genoma humano (3 dias) o ~US$ 1.000 O projeto genoma humano 18 A história da bioinformática 19 Bioinformática e suas aplicações Bioinformática e suas aplicações As ferramentas computacionais utilizadas em bioinformática servem principalmente para análise de sequências, estruturas e funções de moléculas biológicas …ATAGATATGGATGCATGCGATGCAUAAGAT… 20 sequência estrutura função Comparar a sequência de vários genes ou proteínas Prever os movimentos dos átomos e das moléculas Identificar relações de parentesco Dizer o papel de um gene Supor interações entre as moléculas Sugerir a forma de uma moléculaSugerir a forma de uma molécula Identificar as interações entre os componentes dos sistemas biológicos Bioinformática e suas aplicações 21 22 Bioinformática e suas potencialidades Bioinformática e suas potencialidades • Descoberta de novos alvos terapêuticos • Busca por genes de resistência à pragas • Estudo de mutações genéticas em vários organismos • Estudos dos genomas: toda a informação genética de um organismo • Biologia evolutiva • Novos modelos de fármacos • Biodiversidade • Diagnósticos e tratamentos de doenças genéticas Ex: câncer, a hipertensão, o diabetes, depressão, esquizofrenia e algumas doenças raras. 23 Bioinformática e suas potencialidades 24 Bioinformática e suas potencialidades 25 26 27 28 29 O bioinformata • Biólogos e outros profissionais de áreas afins; • Cientistas/engenheiros da computação; • Matemáticos; • Físicos. Quem são os bioinformatas? ÁREA INTERDISCIPLINAR 30 • Interpretação de dados biológicos; • Conhecimentos de Biologia e de Programação, • Interpretar dados gerados por experimentos a partir de conceitos computacionais. • Desenvolvimento e otimização de algoritmos computacionais 31 Quais são as habilidades básicas de um bioinformata? - Busca constante por conhecimento - Estar disposto a se aprofundar sobre computação e biologia - Você precisa saber inglês Duas abordagens básicas 32 Desenvolvimento Aplicação Desenvolvimento Aplicação Quais são as habilidades básicas de um bioinformata? Programador/desenvolvedor: Alguém que tem conhecimento específico em linguagens de programação. Cria funcionalidades para o sistema, elabora ideias para o projeto em si. Usuário: Apenas usa o nosso software desenvolvido pelo programador. Bioinformatas devem ser familiarizados com linguagens de programação. Um bioinformata que não sabe programar em uma linguagem qualquer tem dificuldades para se desenvolver e, portanto, o profissional deve estar ao menos apto a aprender alguma linguagem de programação. Quais são as habilidades básicas de um bioinformata? 33 ➢Professor ➢Pesquisador ➢Universidades ➢ Indústrias ➢Diagnóstico ➢Grandes hospitais ➢ Laboratórios de análises clínicas Áreas de atuação 34 Conceitos de 3 a 7 Cursos de pós-graduação no Brasil Plataforma de avaliação da CAPES (Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior) 35 Cursos de pós-graduação no Brasil 36 Cursos de pós-graduação no Brasil 37 Cursos de pós-graduação no Brasil 38 Cursos de pós-graduação no Brasil Conceito CAPES 4 39 Conceito CAPES 3, mestrado Cursos de pós-graduação no Brasil 40 Cursos para alunos de graduação 41 42
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