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Genética FUNÇÃO DO MATERIAL GENÉTICO DOGMA CENTRAL Dogma central da biologia molecular (Francis Crick, 1958): • O DNA tem a capacidade de se autorreplicar e produzir outra molécula de DNA; • O DNA pode sofrer Transcrição e gerar uma molécula de RNA; • Uma molécula de RNA, pode sofrer Tradução e gerar uma proteína; • Tem possibilidade de uma molécula de RNA sofrer transcrição reversa e formar uma molécula de DNA; REPLICAÇÃO DO DNA: • A replicação do DNA ocorre na fase S da INTÉRFASE; • Novas moléculas de DNA são copiadas a partir de moléculas pré-existentes; • Isso exige a ruptura das pontes de hidrogênio entre as bases nitrogenadas pareadas e o afastamento das fitas complementares; • Cada fita simples serve de molde para a síntese de uma fita complementar, de modo que a nova hélice apresenta uma fita velha e uma fita nova; • Por este processo, as células original (mãe), com pequenas possibilidades de erro, garantindo precisão na passagem da informação de uma célula para outra. MODELO DE REPLICAÇÃO DO DNA: • MODELO DE REPRODUÇÃO DO DNA: SEMICONSERVATIVA As fitas do DNA se separam e cada uma serve de molde para a replicação da fita filha (nova). Logo, temos a fita de DNA híbrida. EXPERIMENTO DE MESELSON E STAHL (1958) Foi feito um experimento, que comprovou que o DNA é copiado pela replicação semiconservativa. Eles demonstraram isso, utilizando um gradiente de cloreto de césio, onde eles colocaram uma molécula de DNA, quando as células cultivadas em nitrogênio 15 são transferidas para o meio com nitrogênio 14, a primeira geração produz uma banda de DNA (intermediário) e a segunda produz duas bandas (uma intermediária e uma leve). Compatível com as previsões sobre o modelo semiconservativo das replicações. QUANDO A MOLÉCULA DE DNA VAI SE REPLICAR EXISTEM ALGUNS REQUERIMENTO: 1. Então o processo exige os moldes esse molde é uma única fita de DNA como uma molécula possui duas fitas de DNA as duas funcionam como molde; 2. Necessita de matérias-primas (substratos primer, desoxirribonucleótido trifosfato - dNTPs) a serem reunidas numa nova feita nucleotídica; 3. Enzimas e outras proteínas que vão ler o molde e reunir substratos e tudo que for necessário para sintetizar a nova molécula de DNA. ENZIMAS QUE PARTICIPAM DA REPLICAÇÃO: • PRIMASE (RNA POLIMERASE): Sintetiza o primer (sequência curta de 10 a 12 nucleotídeos de RNA nos eucariotos), responsável por fornecer uma extremidade 3- OH(3 linhas OH) livre para que a DNA polimerase acrescente nucleotídeos de DNA complementares aos da fita molde, dando início a replicação • DNA - POLIMERASES: acrescentam ou retiram nucleotídeos durante a síntese do DNA; Retiram o primer de RNA substituindo-o por nucleotídeos de DNA; e c Corrigem possíveis erros. HELICASE/PROTEÍNAS ligadoras de fita simples - SSb proteins: quebra as pontes de hidrogênio entre os pb desenrolando as fitas separando-as e mantendo as afastadas. • DNA GIRASE/TOPOISOMERASES: corta uma das fitas da molécula, relaxando a e envolvendo a ao contrário para facilitar a ação da helicase; • DNA LIGASE: une as fitas, 2 a 2. A REPLICAÇÃO DO DNA ENVOLVE A PARTICIPAÇÃO DE ESE MAS CONHECIDAS COMO DNA POLIMERASES: • DNA POLIMERASES: Acrescentam nucleotídeos de DNA A extremidade 3’ -OH do primer sempre no sentido 5’ → 3’, tanto em procariotos, quanto em eucariontes; • As DNA polimerases não sintetizam DNA no sentido 5' → 3’, logo o DNA é replicado de forma contínua numa fita (fita “leading” ou líder) e de forma descontínua na outra fita (fita “lagging ou atrasada); • Fragmentos de okazaki: fragmentos de nucleotídeos formados no sentido 5’ → 3’, que são reunidos para formar a fita “lagging” do DNA que é sintetizada descontinuamente. BOLHA DE REPLICAÇÃO Nessa figura temos uma bolha de replicação que, se dividirmos ao meio, temos duas forquilhas de replicação, onde uma abrirá na direção esquerda para a direita e a outra na direção oposta. Os lados são diametralmente opostos e vão ser como um espelho, irão refletir e serão idênticos, na parte de baixo teremos a replicação da fita atrasada e na parte de cima a replicação da fita líder. • Na fita de cima, Líder: Se dividirmos ao meio, teremos a abertura da fita de DNA que serviram de molde, e observando a direção das fitas antiparalelas vemos que, se uma das extremidades é 5’ a outra consequentemente será 3’, o que quer dizer que, no início da fita 3’, teremos o acréscimo do primer e a DNA polimerase complementa colocando os nucleotídeos de forma contínua. Desse modo, a DNA polimerase sintetiza no sentido 5’ 3’. • Na fita de baixo, Atrasada: Se em uma extremidade é 5’, na outra será 3’. A fita é conhecida como atrasada devido ao dna- polimerase ter que adicionar outros nucleotídeos a fita para que desse modo ela possa sintetizar, tudo isso acontece no meio da fita. Ao final os primos se retiram porque eles são trechos curtos de ribonucleotídeos e por fim os trechos da fita atrasada serão reunidos com a remoção do Primer e a dna- ligase é a responsável por remover esse Primer. A DNA ligase vai fazer a união a extremidade final 3’ OH, ao início dessa outra extremidade 5’ • Assim a nova fita de DNA é sintetizada a partir de desoxirribonucleotídeos trifosfatados (dntp). Os dntp são a matéria prima do nosso material genético; • A fita recém-sintetizada é complementar e antiparalela a fita molde; • As duas fitas são mantidas juntas através de Pontes de hidrogênio; • Na imagem da desoxirribonucleotídeo temos a base que vai se ligar no carbono 1(posição 1) do açúcar, pentose, o grupo fosfato que é o que vai responder pela carga negativa desse monômero que se prende no carbono 5(5'). Ligado ao carbono 3(3') temos uma hidroxila. • Se a molécula do DNA é antiparalela pareado com o 5' está o 3'. O DNA- polimerase acrescenta nucleotídeos no sentindo 5'3'. • Na extremidade 3' livre é uma Hidroxila (OH), na extremidade 5' é um grupo fosfato; • Logo temos a ordem: Fosfato (posição 5') - Açúcar - base nitrogenada. • Na nova replicação o grupo 3'OH se liga ao grupo fosfato que vem chegando; • Ponte fosfodiéster. • Em um processo de replicação do DNA uma molécula original (fita cinza), foi aberta uma forquilha e ela irá correr na direção 5'3'; • As duas fitas são fitas moldes, no entanto a de baixo começa com 3' e termina com 5' e a de cima é ao contrário; • A nova fita recém-formada (vermelha); • A síntese de DNA vai ocorrer da esquerda para direita em uma fita e da direita para esquerda em outra fita, por serem anti paralelas, mas sempre na direção 5'3'. 1. Fragmentos de Okazaki: São trechos que foram sintetizados de forma interrompida devido a atuação da enzima DNA polimerase, que só atua no sentido 5'3'. 2. A fita de DNA é contínua em uma linha e descontínua sobre a outra. REPLICAÇÃO DE DNA NOS PROCARIOTOS a. Fita molde 5'3' (Cinza), a primase acrescenta um primer (verde) constituído de RNA e em seguida a DNA polimerase III estende essa fita (vermelho). Portanto a Polimerase III que acrescenta os nucleotídeos de DNA ao primer. b. Outra fita já foi estendida e a DNA polimerase I retira o primer. Troca o Primer por desoxirribonucleotídeos e chegam trifosfatados; c. Após a substituição do último nucleotídeo do primer de RNA, o intervalo permanece no esqueleto açúcar fosfato da fita; d. O DNA ligase faz uma ponte fosfodiéster entre o grupo 5' fosfato do nucleotídeo Inicial que foi adicionada pelo DNA polimerase III e a extremidade 3'OH do nucleotídeo que tinha sido adicionado pelo DNA polimerase I. Portanto, o papel da DNA ligase é não deixar nenhum intervalo entre o esqueleto açúcar-carbono. OUTRO EXEMPLO DE REPLICAÇÃO: ORIGEM DE REPLICAÇÃO: 1. DNA PRIMASE: Sintetiza trechos curtos de DNA fornecendo um grupo 3'OH ao qual o DNA polimerase pode adicionar nucleotídeos.Sem essa ponta 3'OH não há como a dna- polimerase fazer com que a fita cresça. 2. ORIGEM: tem abertura nos dois sentidos. NÚMERO E EXTENSÃO DOS REPLICONS: • VÍRUS E PROCARIOTOS: bactérias e plasmídeos apresentam uma única região onde a replicação se inicia: Replicon. • REPLICONS: fragmento de DNA replicado a partir de uma única origem de replicação. REPLICAÇÃO TETA: Replicação comum na Bactéria E.coli e outras bactérias. 1. A dupla hélice do DNA começa a se desenrolar na origem de replicação, separando os filamentos polinucleotídeos que irão servir de moldes para sínteses de novos DNA. 2. A deselicoidização da dupla hélice forma uma bolha de replicação. 3. Essa bolha de replicação pode ter uma forquilha de replicação (separar as duplas hélices ao redor do núcleo) em cada ponta ou somente em uma ponta. 1. Se existirem 2 forquilhas de replicação uma em cada ponta, as forquilhas progridem em ambos os sentidos (replicação bidirecional) deselicoidização simultaneamente e replicando o DNA até que por fim se encontrem. 2. Se existir somente uma forquilha de replicação, ela continua ao redor de todo o círculo para produzir duas moléculas completas de DNA circulante. 4. São produzidas duas moléculas circulares de DNA RESULTADO: Os produtos da replicação teta são duas moléculas circulares de DNA. REPLICAÇÃO DE DNA NOS EUCARIOTOS EUCARIOTOS: a origem da replicação se dá numa sequência específica de bases do DNA, que é reconhecida pela DNA polimerase e demais enzimas e cofatores envolvidos no início da replicação. • A velocidade da é mais lenta, cerca de 10x inferior, do que nos procariotos; • Motivos: Possuem mais DNA, que está associado a proteínas histonas (nucleossomos); e por que simultaneamente, a replicação ocorre em vários cromossomos sendo que cada cromossomo pode ter até 3.000 replicons. • O DNA sintetizado é reparado: Qualquer erro pode ser reparado. Evita mutações. Replicação do DNA Linear: 1. O DNA dos eucariotos constitui em geral um cromossomo, que é uma molécula linear. Em cada cromossomo a gente pode encontrar diversas origens de replicação; 2. Em cada origem o DNA vai se replicar fazendo um bumbo de replicação; 3. A síntese do DNA vai acontecer utilizando ambas as fitas como molde e aí teremos uma Forquilha de replicação dessa orientação e outra Forquilha de replicação na orientação contrária. Então a partir de cada bulbo temos duas Forquilhas de replicação; 4. Quando as Forquilhas que estão correndo em direções opostas se encontrarem teremos a junção de dois bulbos, a partir daí a síntese se torna contínua. 5. No final teremos duas moléculas de DNA lineares, idênticas entre si e idênticas à molécula original no que se refere a sequência de pares de bases nitrogenadas. ESQUEMA DE UM CROMOSSOMOS EUCARIÓTICO • Cada cromossomo eucarioto tem 1 centrômero e 2 telômeros, um em cada extremidade; • Telômeros: São constituídos de sequências moderadamente repetitivas do DNA. • CENTRÔMEROS: É uma região estreita onde o cenetoquero se forma e os microtúbulos do fuso se ligam. • Na figura temos um cromossomo e um cromossomo com duas cromátides; • Cromátides irmãs: são duas moléculas de DNA; TELÔMEROS E TELOMERASE PROCARIOTOS: Seu cromossomo circular não tem pontas e por isso é replicado continuamente até sua finalização. EUCARIOTOS: a cada ciclo de reprodução (divisão celular), ocorre um encurtamento dos cromossomos lineares em suas extremidades(telômeros). • Com a remoção do primer, deixa de existir trecho adjacente do DNA replicado para fornecer o grupo 3'OH, ficando uma lacuna. • Apresentam problemas de replicação da extremidade dos cromossomos. • CONSEQUÊNCIA: o Perda de sequências curtas de DNA não codificante e, sucessivamente, de sequências codificadoras, causando prejuízos das células; o Envelhecimento pela desestabilidade dos cromossomos; o Câncer. TELOMERASE (RIBONUCLEOPROTEÍNAS): enzima presente em algumas células dos eucariotos( embrionárias, germinativas, da medula óssea e do intestino), que estende esta região sucessivamente, possibilitando a síntese do DNA complementar na parte terminal do cromossomo. COMPARAÇÃO: 1. No 1° o sentido da replicação é do telômeros (ponta) para o centrômero; 2. No 2° perda de parte da fita em relação a fita mãe. Ocorreu um Encurtamento. 50% das fitas possuem Encurtamento na região telomérica. 3. As fitas tardias são importadas a cada ciclo de replicação. A sequência de primer do RN na extremidade do telômero da fita molde é removida, mas não é substituída por nucleotídeos de DNA. CARACTERÍSTICAS GERAIS DA DUPLICAÇÃO DO DNA TRANSCRIÇÃO-SÍNTESE DO RNA • DNA (gene-segmento de DNA): Produzir uma cadeia polipeptídica; • O DNA não pode sair tu nunca para comandar a síntese proteica no citoplasma. Assim no núcleo a mensagem do DNA é transferida ao RNA mensageiro por meio de transcrição. • A transcrição ocorre no núcleo da célula e não se dá ao longo de todo o comprimento da molécula de DNA como a repetição do DNA mas ao longo dos genes individuais ou grupos de genes escolhidos. GENES OBTIDOS A PARTIR DA TRANSCRIÇÃO DO DNA: 1. Em alguns vírus RNA se auto replicam, geram cópias de moléculas de RNA diretamente. 2. O RNA pode passar suas informações para as proteínas, por meio da tradução genética. 3. RNAs comuns em Eucariontes e Procariontes: a. RNA mensageiro (RNAm) ; b. RNA ribossômico (RNAr) ; c. RNA transportador ou transferência (RNAt). 4. Tipos de RNA produzidos em seres eucariotos: a. Pré RNA mensageiro (pre- mRNA) ; b. RNA pequeno nuclear; (snRNA) c. RNA pequeno nucleolar;(snoRNA) d. RNA pequeno citoplasmatico;(scRNA) e. Micro RNA;(miIRNA); f. RNA pequeno de interferência (siRNA) ; g. RNA pivi de interação (piRNA). FUNÇÕES: • Como acontece a replicação do DNA a transcrição do RNA requer um molde, ou seja, uma das duas fitas de DNA (dupla-hélice); • Contudo, a transcrição exige apenas uma das fitas de DNA com algumas exceções; • A fita transcrita é denominada de fita molde ou fita antissenso, enquanto a fita não transcrita é a fita não molde ou fita senso. • Unidade de transcrição: é a região do DNA que codifica uma molécula de RNA, incluindo as sequências necessárias para a sua transcrição; • Uma unidade de transcrição inclui três regiões: o Promotor: uma sequência de DNA consenso, reconhecida pelo aparato de transcrição. Sua função é indicar qual das duas fitas do DNA será lida como molde; a direção a transcrição; o seu sítio inicial, incluindo o primeiro nucleotídeo a ser transcrito em RNA. o Região transcrita (codificadora do RNA): uma sequência de nucleotídeos de DNA que é transcrita na molécula de RNA. o Finalizador (terminador): uma sequência de nucleotídeos do DNA (parte da sequência codificadora do RNA) que sinaliza onde a transcrição deve ser finalizada. ESTRUTURA CLÁSSICA DE UM GENE: • RNA POLIMERASE: se acopla a região do DNA a ser transcrita, desfazendo as pontes de hidrogênio entre as bases complementares, separando as fitas e expondo os nucleotídeos que serão transcritos. Na maioria dos eucariotos existem três tipos de RNA polimerase: I, II e III; o RNA POLIMERASE I: Transcreve todos os RNA ribossômico RNAr exceto o RNA ribossômico 5S. Local: nucléolo o RNA POLIMERASE II: transcreve RNA mensageiro, RNA pequeno nucleolar, alguns, RNA nuclear e Micro-RNA; o RNA POLIMERASE III: Transcreve RNA transportador, o pequeno RNA ribossômico 5S, certos micro-RNA e alguns RNA pequeno nucleolar. Local: nucleoplasma. • RNAm: é transcrito na direção 5’ - 3’ pela incorporação de nucleotídeos complementares aos nucleotídeos da fita molde do DNA. O PROCESSO DE TRANSCRIÇÃO PODE OCORRER AO LONGO DUAS FITAS: • A direção de transcrição vai ser a mesma; • Se inicia da extremidade3’ da fita molde; • E 5’ linha da fita nova. • A síntese de RNA é complementar e antiparalela a fita molde do DNA que será transcrita; • A síntese do RNA não exige um primer, como acontece na síntese do DNA; • A transcrição continua até que um ponto de terminação seja encontrado; • A RNA polimerase e o RNA mensageiro são liberados e a molécula de DNA se recompõe, reconstituindo as pontes de hidrogênio, rompidas no início do processo. RNA NOS PROCARIOTOS: O RNA transcrito se constitui no RNA mensageiro propriamente dito a ser utilizado na síntese de Proteína e, depois, degradado. RNA NOS EUCARIOTOS: • O RNA é transcrito na chamada RNA heterogêneo nuclear que precisa ser processado para gerar RNA mensageiro com apenas exons (sequências de úteis para codificação dos aminoácidos) e introns (região não codificadora) são retirados por endonucleases e os Jackson Ligar relegados para gerar o RNA mensageiro. • O RNA heterogêneo nuclear sofre adição de uma guanina metilada na extremidade 5’ (capacete) e de uma cauda de poli-a na extremidade 3’ para proteger o RNA mensageiro da degradação por enzimas. O capacete também facilita a ligação do RNA mensageiro aos ribossomos durante a síntese proteica. • O processamento do RNA heterogêneo nuclear ocorre no núcleo da célula e o RNA mensageiro formado é liberado para o citoplasma onde se associa as proteínas que os protegem da degradação por Endo e exonucleases. Ao complexo RNA mensageiro e proteínas dá-se o nome de informossomo. COMPARAÇÃO: O CÓDIGO GENÉTICO 1ª HIPÓTESE: a proteína é um arranjo linear de aminoácidos assim como ácido nucleico é um arranjo linear de nucleotídeos. • Estudos de sequenciamento dos aminoácidos nas proteínas foram correlacionados com a sequência exata de nucleotídeos do DNA; • Logo, a informação genética codificada no DNA é repassada fielmente ao RNA mensageiro que, no citoplasma, é traduzido em uma cadeia polipeptídica (proteína). 2ª HIPÓTESE: existência de um código genético. • Problema básico: de que modo o código escrito com quatro nucleotídeos (A, T, G e C) corresponderia a um outro código com 20 aminoácidos diferentes que podem ser encontrados em uma cadeia polipeptídica? PROTEÍNAS QUE PODEM TER VÁRIOS GRUPOS FUNCIONAIS: DECIFRAÇÃO DO CÓDIGO GENÉTICO • DUAS ETAPAS: o 1ª ETAPA - IDEIA E ESPECULAÇÕES: seria necessária, no mínimo, uma combinação de três nucleotídeos do RNA mensageiro para purificar cada aminoácido. o CÓDON: Conjunto de nucleotídeos que codificam um único aminoácido. o Se um códon consistisse em um único nucleotídeo, existiriam apenas quatro códons (A, G, C, e U) diferentes os quais codificam apenas 4 aminoácidos diferentes. Mas existem 20 aminoácidos diferentes para codificar. o Se um códon consistisse de 2 nucleotídeos (Tipo GU, AC, AA etc.), haveria 4x4 = 16 códons possíveis, o que seria insuficiente para codificar 20 aminoácidos. o Com 3 nucleotídeos (tipo, AGA, AUC, AAA etc.) haveria 4xx4x4 = 64 Códons possíveis, sendo mais que suficientes para codificar os 20 aminoácidos. • De fato, um códon consiste na combinação de três nucleotídeos. • 2ª ETAPA - A DECIFRAÇÃO DEFINITIVA TEVE INÍCIO EM 1960. o Descoberta da síntese de cadeias polipeptídicas in vitro por meio do uso de RNA mensageiro sintético de composição de bases conhecidas; o Síntese de DNA mensageiro pela enzima polinucleotídeo fosforilase que não usa nenhuma fita de DNA como molde, e assim a sequência de nucleotídeos do RNA mensageiro depende exclusivamente da composição de bases no meio. ▪ ex: se único nucleotídeo for o UDP - difosfato de uridina - o RNA mensageiro sintético será um homopolímero contendo apenas uracila(U); • CÓDON: Sequência de 3 nucleotídeos que codificam um determinado aminoácido. o 1º códon descoberto: correspondente ao aminoácido fenilalanina. ▪ Quando um RNA mensageiro sintético contendo apenas uracila era usado para dirigir à síntese proteica in vitro, a proteína é formada a continha apenas fenilalanina. Logo o códon 5’ UUU 3’ codifica o aminoácido fenilalanina ▪ Depois: o RNA mensageiro contendo apenas adenina (poli-A) produzia a lisina cujo códon é (5' AAA 3'); RNA mensageiro contendo apenas citosina (Poli-C) produzir a prolina cujo códon é (5' CCC 3'). • Os códons contendo mais de um tipo de nucleotídeo foram identificadas usando- se RNA mensageiro sintético com dois tipos de base. o EX: numa reação com os nucleotídeos adenina e citosina na proporção de 70% e 30%, respectivamente, o RNA mensageiro sintético conterá 70% de A e 30% de C. ▪ OBS: embora seja possível determinar a composição percentual do RNA mensageiro como todo, a sua sequência de bases será desconhecida. • Exemplo: no caso acima a sequência 5’AAA 3’ tem probabilidade de 0,7 x 0,7 x 0,7 = 0,343. Isso significa que 34,3% dos Caldos São presumivelmente desse tipo (5’ AAA 3’) • As probabilidades dos demais códons são: A probabilidade total será de 100%: 34,3% + 3x(14,7) + 3x(6,3%) + 2,7% = 100% • A identificação dos códons e dos seus respectivos aminoácidos pode ser feita correlacionando-se a frequência esperada de um tipo de códon com a frequência de cada aminoácido encontrado na cadeia polipeptídica. o • Niremberg e Leder (1964): Desenvolveram um método mais eficiente para determinar os 64 códons. o Descobriram que moléculas de RNAt carregadas com seu aminoácido específico se ligam ao complexo ribossomo - RNAm ▪ Ex: Quando um RNAm poli-U (homopolímero) é misturado ao ribossomos, somente RNAt da fenilalanina se prende àquele complexo. o A ligação específica do RNAt não requer longas moléculas de RNAm, sendo suficiente apenas um trinucleotídeo para a ligação. Ex: O trinucleotídeo 5’ UUU 3’ resulta na ligação RNAt - fenilalanina; e o trinucleotídeo 5’ AAC 3’ promove a ligação RNAt - asparagina. o Assim, eles decifram os 61 códons que codificam todos os 20 aminoácidos. PROPRIEDADE DO CÓDIGO GENÉTICO Na síntese de proteínas a partir da informação genética do DNA, o código genético obedece a algumas propriedades: • 1ª - O CÓDON OU UNIDADE DO CÓDIGO GENÉTICO É CONSTITUÍDO DE TRÊS NUCLEOTÍDEOS: o Crick et.al. (1961): Induziram mutações não-funcionais no fago T4 pela retirada ou inserção de 1 a 2 nucleotídeos. Quando retiravam ou inseriram três, a funcionalidade do gene era restabelecida. o Khorana (1966): RNAm de sequência 5’ UGU GUG UGU 3’ produzia uma cadeia polipeptídica com dois tipos de aminoácidos: cisteína - valina - cisteína, indicando que o códon 5’ GUG 3’ o da valina. • 2ª O CÓDIGO TEM PONTO INICIAL: 5’ AUG 3’ no RNAm, que se liga ao aminoácido formil-metionina (procariontes) e metionina (eucariontes). • OBSERVAÇÕES: o Nem todas as proteínas se iniciam com este aminoácido, pois existem enzimas que o removem. Assim, a sequência peptídica funcional pode ser iniciar no 2º aminoácido. o Além disso, proteínas que serão exportadas para organelas ou para o exterior da célula podem se iniciar a partir do 16º até o 31º aminoácido (após a eliminação de uma sequência de 15 a 30 aminoácidos na sua sequência guia - extremidade amino-terminal). • 3ª O CÓDIGO NÃO É SOBREPOSTO: o Cada grupo de 3 nucleotídeos específica somente um aminoácido, enquanto num código sobreposto codifica vários aminoácidos. o Ex: a sequência 5’ ACUGCA 3’ codifica sem sobreposição apenas dois aminoácidos: 5’ ACU 3’ = treonina e 5’ GCA 3’ = ALANINA. ▪ Ex: Se o código fosse sobreposto em dois nucleotídeos, esta mesma sequência codificaria quatro aminoácidos: 5’ ACU 3’ = treonina; 5’ CUG 3’ = leucina; 5’ UGC 3’ = cisteína; e 5’ GCA 3’ = Alanina. Se fosse sobreposto em um nucleotídeo, seriam codificados dois aminoácidos: 5’ ACU 3’, 5’ UGC 3’ e sobrariam os nucleotídeos 5’ CA 3’ que não encaixam (aa) aminoácidos. • A conclusãosobre a não sobreposição foi obtida mediante estudos da sequência de aminoácidos em mutantes para a capa proteica do vírus do mosaico do tabaco - TMV. A mutação alterava apenas um aminoácido. • Veja no caso anterior (5’ ACUGCA 3’): Se G for trocada por C e se não existe sobreposição, então a alanina (5’ GCA 3’) será trocada por prolina (5’ GCA 3’). o Se houvesse sobreposição em dois nucleotídeos, seriam alterados vários códons e, consequentemente, mais de um aminoácido, assim: ▪ 5’ ACU 3’ ; ▪ 5’ CCA 3’; ▪ 5’ UCC 3’; MUDA ▪ 5’ CCA 3’; MUDA Note que, 5’ CUG 3’ = 5’ CUC 3’ = LEUCINA. • 4ª O CÓDIGO NÃO TEM VÍRGULAS: o Na leitura dos códons não há nenhum nucleotídeo no RNAm diferente dos quatros (A, C, G, U) normais que funcione como vírgula, separando os códons um do outro, ou seja, "v " em 5'vACUvGVAv3' funcionaria como vírgula. o Isto não existe! Pois todos os polinucleotídeos sintéticos formados a partir de um único nucleotídeo (Poli- A, Poli-G, Poli-C e Poli-C) são traduzidos. • 5ª O CÓDIGO É DEGENERADO: o Pela tabela do código genético notamos que a maioria dos aminoácidos é codificada por mais de um códon diferente. ▪ 61 códons para 20 aminoácidos (média de 3,05 códons/aminoácidos). • A degenerescência é variada entre os 20 aminoácidos. Ex: seria, arginina e leucina são codificadas por 6 códons diferentes; Valina é codificada por 4 códons diferentes; E isoleucina por 3 códons. • Apenas metionina e triptofano são codificados por um único códon cada: 5' AUG 3' e 5' UGG 3', respectivamente. • Sobretudo para a terceira base na posição 3'. Pela tabela todos os aminoácidos para os quais o código é degenerado tem as duas primeiras bases em comum exceto leucina, serina e arginina, com 6 códons cada. • O pareamento do códon do RNA mensageiro com o anticódon do RNA transportador ocorre de forma antiparalela entre a terceira a base do códon na posição 3' e a primeira a base do anticódon na posição 5'; • Existem pareamentos fortes entre (adenina e uracila; e guanina e citosina) e fracos ou oscilantes nos demais os pareamentos oscilantes aumentam a degenerescência do código na terceira base do códon. PAREAMENTO CÓDONS-ANTICÓDON PERMITIDOS PELA REGRAS DE OSCILAÇÃO: I = INOSINA: Base nitrogenada rara encontrada apenas no RNA transportador. • Se as duas primeiras bases que codificam um aminoácido são diferentes, há necessidade de RNA transportadores diferentes e o pareamento com RNA mensageiro será forte. o Exemplo: Serina (os coódons 5’ UCU 3’ e 5’ AGU 3’ do RNAm requerem RNAts com os anticódons 5’ AGA 3’ e 5’ACU 3’, respectivamente. o Vantagem evolutiva da degenerescência: tornar o código mais estável e protegido contra os efeitos da Mutação. ▪ EX: No códon 5' GCU 3' a troca de U por C ou A ou G não faria diferença, uma vez que 5'GCC 3'; 5' GCA 3'; e 5' GCG 3' codificar am o mesmo aminoácido: Alanina. • 6ª O CÓDIGO NÃO É AMBÍGUO: o Em condições naturais, um códon não codifica dois ou mais aminoácidos diferentes. ▪ Exceção: em certas condições artificiais (alterações no pH, temperatura ou presença de estreptomicina no meio de cultura) o códon 5’ UUU 3’ da E. coli codifica tanto fenilalanina como leucina, treonina e isoleucina. • 7ª O CÓDIGO É UNIVERSAL: o Os códons especificam sempre os mesmos aminoácidos em todos os organismos vivos. o Ele é UNIVERSAL, porque é DEGENERADO. ▪ Demonstração: RNAm é ribossomos de reticulócitos de coelhos foram corretamente reconhecidos por RNAts de E. coli, com síntese da hemoglobina. ▪ Exceções: alguns códons assumem significados diferentes em mitocôndrias de algumas espécies. ▪ ▪ Consequências: ▪ Evolutiva: A origem da vida na terra deve ter sido única, sendo o conjunto de proteínas e enzimas necessárias para a sobrevivência similar em todos os seres vivos. ▪ No entanto, os seres vivos exibem uma diversidade extremamen te grande tanto de aspectos e comportame ntos quanto das proporções A/T e G/C. ▪ Obtenção dos organismos transgênicos. • 8ª O CÓDIGO TEM PONTO FINAL: o O término da leitura da fita de RNAm é determinado por três códons de terminação: 5’ UAA 3’: 5’ UAG 3’ e 5’ UGA 3’, que não são lidos por RNAts. o Em vez disso, estes códons possuem afinidade para se ligar a proteínas específicas conhecidas como fatores de ligação. o TRADUÇÃO: SÍNTESE DE PROTEÍNAS • A síntese proteica é conhecida como tradução ou translação: a linguagem escrita com as 4 letras (nucleotídeos) deve ser traduzida na forma de proteínas contendo 20 palavras (aminoácidos). • Processo mais complexo que a replicação do DNA e a transcrição do DNA RNA, pois envolve a participação de mais de uma centena de macromoléculas tais como: enzimas RNAts RNAm e ribossomos. • Um dos primeiros passos na tradução é a ativação dos aminoácidos e o carregamento dos RNAts, assim: o Aminoácido + ATP →Aminoacil-RNAt sintetase → Aminoacil ~AMP + Ppi o Aminoácido ~AMP + RNAt → Aminoacil-RNAt síntease → Aminoacil-RNAt + AMP • Aminoacil RNAt sintetase: Cria um ambiente favorável para a realização das reações anteriores; o Sua molécula tem quatro sítios específicos: ▪ Um sítio para o ATP; ▪ Um sítio para um dentre os 20 aminoácidos; ▪ Um sítio para o RNA transportador correspondente ao aminoácido; ▪ e um sítio para uma molécula de água usada na Hidrólise. o Logo, existem pelo menos uma Aminoacil-RNAt síntease para cada aminoácido. • Portanto, a tradução correta da mensagem genética depende do Alto grau de especificidade (entre o aminoácido e seu respectivo RNAt) dessa enzima. • A tradução ocorre em 03 etapas sucessivas: Início, elongação e término da cadeia polipeptídica, com similaridade em procariotos e eucariotos. • Cada ribossomos é formado por duas subunidades, sendo que: o Ribossomo procarioto:30S e 50S (70s); o Ribossomo eucarioto: 40S e 60S(80S); • Cada ribossomo contém dois sítios:A (Sítio do aminoácido) e P( sítio do peptídeo). • Ambos RNAts são específicos para o aminoácido metionina a,reconhecendo o códon 5’ AUG 3’ do RNAm. • O início da tradução começa na subunidade menor do ribossomo (30S ou 40S), que ao se juntar à subunidade maior (50S ou 60S) formam o ribossomo completo, denominado também de complexo de iniciação. INICIAÇÃO: • Nos PROCARIOTOS, o anticódon da formil- metionina-RNAt, se liga ao códon de iniciação 5' AUG 3' do RNAm por meio de Pontes de hidrogênio entre suas bases complementares. • Nos EUCARIOTOS a ligação do RNAt, ao RNAm se faz por meio do caminham e tô da subunidade 40S sobre o RNAm no sentido 5'3' até encontrar o primeiro 5' AUG 3' que se pareia com o anticódon. o Em todos os passos da iniciação, participam enzimas fatores de iniciação e há consumo de energia proveniente de ATP e GTP. ELONGAÇÃO: • ocorre a partir do complexo de iniciação com leitura orientada no sentido 5'3' do RNA. o Os aminoácidos são unidos por meio de uma ligação peptídica entre o grupo carboxílico do primeiro aminoácido e o grupo amino do segundo. o A ligação peptídica é catalisada pela peptidil transferase (enzima integrante da subunidade maior do ribossomo). • Após esta ligação, ocorre a translocação: O ribossomo se move sobre o RNAm em uma extensão de três nucleotídeos - um códon; O dipeptídeo-RNAt move-se do sítio A para o sítio P e o RNAt descarregando do sítio P é liberado. • O resultado de translocação é o terceiro códon do RNAm ficar posicionado no sítio A, pronto para receber o terceiro aminoácido RNAt. • Este processo repete-se até o final da cadeia polipeptídica e, em cada passo, estão envolvidas várias enzimas, os fatores de elongação, e o GTP • Apenas o RNAt (procariotos) RNAt (eucariotos) entra no sítio P todos os outros RNAts entram no sítio A. • A terminação ocorre quando o sítio A se encontra um dos três códons:5' UAA 3' ou 5' UAG 3' ou 5' UGA 3’, para os quais não existem RNAts com anticódons complementares, mas sim proteínas específicas que os reconhecem como sinais de parada. • Tais proteínas ou fatores de liberação se ligam a um dos códons de terminação no sítio A e ativam a peptidil transferase, que realiza a Hidrólise de ligação entre o polipeptídeo e o RNA no sítio P. • Após a Hidrólise, a cadeia polipeptídica completa se dissocia do RNAt, a molécula de RNAm se libera dos ribossomos e estes, por sua vez, de dissociam em suas duas subunidades. VALE RESSALTAR QUE: • Muitos ribossomos podem traduzir simultaneamente uma única molécula de RNAm, o que aumenta enormemente a eficiência da utilização desta molécula. • Um grupo de ribossomos ligados a uma molécula de RNAm é chamada polirribossomos ou polissomos. Cada ribossomo do grupo funciona independentemente, sintetizado uma molécula completa de cadeia polipeptídica. AQUI É POSSIVEL VER TODOS ESSES PROCESSOS: • O carregamento do RNA transportador com seu respectivo aminoácido trazendo na sua extremidade um anticódon (UAC) e ele vai se ligar no sentido antiparalelo a outro códon. A unidade menor se conecta primeiro e a maior vem em seguida. • Iniciação: Desse modo, o primeiro Códon é posicionado no sentido sítio peptídico. Então o próximo RNA transportador vai trazer um aminoácido que vai encaixar no sítio A. O sítio E representa o sítio de Saída (Exit). • Elongação: Vai haver deslocação do ribossomo sobre a molécula de RNAm no sentido 5’ 3’, mesmo sentido da tradução e transcrição do RNA. • Terminação: O ribossomo chegou ao último códon do RNAm que não encaixa nenhum aminoácido, ele é um códon que vai atrair fatores de liberação, que são proteínas que fazem com que a cadeia polipeptídica se desprenda do RNAt (sítio P), ela vai ser liberada e esse RNAt também será liberado para o meio e as duas subunidades que compõem o ribossomo, vão se desassociar. Com isso, termina a síntese proteica por esse ribossomo, que será reaproveitado depois. Bem como, esse RNAt pode ser acoplado a vários ribossomos. • Ao final, através do processo de translação ou tradução os aminoácidos são ligados na ordem que é especificada pelos códons que estão no RNAm. Logo, a proteína terá a ordem dos seus aminoácidos determinados pela sequência de códons presentes no RNAm. • Lembrando que: Um anticódon não encaixa aminoácidos. VALE RESSALTAR QUE, NA TRADUÇÃO: SÍNTESE DE PROTEÍNAS: • Muitos ribossomos podem traduzir simultaneamente uma única molécula de RNAm, o que aumenta enormemente a eficiência de utilização desta molécula; • Um grupo de ribossomos ligados a uma molécula de RNAm é chamado polirribossomos ou polissomos; • Cada ribossomo do grupo funciona independentemente, sintetizando uma molécula completa da cadeia polipeptídica. o Ou seja, 1 único RNAm, pode ser traduzido por vários ribossomos simultaneamente. SÓ DÁ PARA ENCAIXAR AMINOÁCIDO SE HOUVER 3 BASES NITROGENADAS (QUE FORMA 1 CÓDON) COMO MOSTRA A IMAGEM: MANIFESTAÇÃO FENOTÍPICA: • Como um gene controla um determinado fenótipo? o Controle direto: Quando a cadeia polipeptídica tem função estrutural e, nesse caso, a expressão fenotípica é produto direto da informação proveniente do DNA. ▪ EX: O colágeno que é uma proteína fibrosa presente na pele, ossos, cartilagens e dentes de todos os mamíferos. o Controle indireto: Na maioria das vezes o produto final da transcrição e tradução gênica, ou seja, a cadeia polipeptídica, não é expresso prontamente. ▪ Ex: Um gene que controla a cor da flor numa planta não é o responsável direto pela síntese dos pigmentos coloridos. Tais pigmentos são produtos de uma via metabólica cujas reações são catalisadas por enzimas, que são sintetizadas graças às informações contidas no DNA. • Certos caracteres como o ganho de peso, o aumento da massa muscular, o teor de nutrientes de carne etc., são bastante complexos e resultam geralmente da participação de centenas de genes. • Mesmo que não se conheça completamente o controle genético desses caracteres, pode- se inferir que o fenótipo final surge de maneira análoga aquela descrita para a cor da flor, como centena de passos metabólicos e talvez a interação dos vários produtos formados. DNA, GENES E ALELOS: • Existe uma grande variação na quantidade de DNA entre os diferentes organismos. • Organismos superiores, em geral, têm excesso de DNA. Ex: o milho possui cerca de 1.500 vezes a quantidade de DNA da bactéria Escherichia coli. • O DNA dos procariotos faz parte quase que somente de seus genes. • Nos eucariotos, contudo, há três classes de DNA: 1) Os altamente repetitivos; 2) os moderadamente repetitivos. 3) Não repetitivos.
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