Principais Plataformas de Bioinformática para Proteínas

Prévia do material em texto

Principais plataformas de Bioinformática para Proteínas
· UniProt
- sequência de proteínas e outras informações: nome deve ser escrito em inglês
- Índice ao lado esquerdo
- Sempre usar código quando citar proteína em trabalho
- Trabalhar com formato FASTA
· Clustal Omega
- Alinhamento de sequências
- Copiar FASTA das proteínas
- Colar as sequências com um “ENTER” separando
Ex.: >Nome da proteína – sequência de aminoácidos
Então as sequências são alinhadas e:
“*”: Aminoácidos são iguais
“ : “ : Diferentes mas com propriedades semelhantes
“.” : menos semelhante
“Espaço vazio”: Diferentes
· Blast Protein
- Mostra a diferença de proteínas em porcentagem (%)
-Selecionar banco de dados
· PDB Viewer
- Código da proteína do Uniprot
- Mostra idênticos, positivos (semelhantes)
- Selecionar + informação ou + completa
· Expasy
- Conjunto de ferramentas
- Qmen usado para confirmar modelo após swiss model
- Peptide mass : fragmento da proteína
- Ponto isoeletrico
- Compute p /ww tool : massa e ponto isoeletrico para proteína inteira
· Translate – Expasy: 
- Utilizar sequência de DNA/RNA para achar sequência de aminoácidos
· Translate reverse:
- SMS sequention manipulation suite
- Utilizar sequência de aminoácidos para achar DNA 
· Swiss model 
- Possível achar cristal semelhante à sua sequência
- Caso não existia, construir modelo baseado nos mais semelhantes
· Para predição de epítopos de células B descontínuas:
- Discotope
- BEpro (PEPITO): Desconsidera partes internas e analisa superfície
- SEPPA
- ElliPro
- Epitopia
- EPCES
-Epipred: relaciona epítopo e anticorpo
- PEASE: boa predição