A principal diferença entre bancos de dados habilitados para XML e bancos de dados XML nativos é a forma como eles operam e armazenam os dados XML. Os bancos de dados habilitados para XML operam sobre um banco relacional com extensões, enquanto os bancos de dados XML nativos operam sobre uma estrutura completamente diferente baseada em bancos hierárquicos. Enquanto os bancos de dados habilitados para XML armazenam documentos XML através de objetos binários largos (BLOBs), os bancos de dados XML nativos podem armazenar documentos XML diretamente. Além disso, os bancos de dados habilitados para XML não podem fazer consultas XQuery e nem manipular relacionamentos dentro do XML, enquanto os bancos de dados XML nativos possuem essa capacidade. Outra diferença é que os bancos de dados habilitados para XML usam DTDs para validar esquemas XML, enquanto os bancos de dados XML nativos utilizam esquemas XML (XSD). Por fim, os bancos de dados XML nativos possuem funções específicas para manipulação de vários tipos abstratos de dados, enquanto os bancos habilitados para XML utilizam o banco de dados relacional para armazenar os relacionamentos do documento XML.
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