Algumas das sequelas em crianças com microcefalia são convulsões, atraso no neurodesenvolvimento que afetam diversas habilidades como fala, sentar, ficar em pé, andar e outros atrasos motores, além de deficiência intelectual e cognitiva. A mortalidade em crianças com microcefalia causada pela Síndrome Congênita da Zika é até 11 vezes maior nos primeiros três anos de vida, quando comparado à crianças sem a síndrome, de acordo com estudo publicado no periódico científico The New England Jornal of Medicine.
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