A ligação da vesícula à membrana alvo e a dissociação dos complexos SNAREs ocorrem da seguinte forma: as proteínas Rab e SNARE estão acopladas à membrana da vesícula, permitindo que ela se funda corretamente com a membrana alvo. Uma proteína Rab, fixada por um âncora lipídica à vesícula secretora, faz a ligação com um complexo efetor presente na membrana alvo, fixando assim a vesícula de transporte na membrana alvo. Em seguida, a proteína v-SNARE (VAMP) interage com os domínios citosólicos das t-SNARE (SNAP-25), o que leva à fusão das duas membranas. Após a fusão, a NSF, com a proteína a-SNAP, liga-se aos complexos SNARE. A hidrólise do ATP catalisada pela NSF efetua a dissociação dos complexos SNARE, liberando essas proteínas para outra rodada de fusão vesicular. É importante ressaltar que existem inúmeras interações não covalentes que estabilizam a estrutura super-helicoidal dos complexos SNARE.
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