Sim, o conceito de identidade molecular está estreitamente relacionado à noção de estrutura molecular. Em química, considera-se que uma molécula mantém sua identidade mesmo quando sua forma ou estrutura é modificada por meio de vibrações ou rotações. No entanto, a identidade molecular é perdida quando ocorrem formações ou rupturas de ligações covalentes. A noção de estrutura molecular é um aspecto essencial para a identidade molecular e é objeto de debates na área. Alguns questionam se a estrutura molecular é redutível ou irredutível, ou se é apenas um conceito abstrato sem relação com a realidade.
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