Na fase clara da fotossíntese, a síntese de NADPH e ATP ocorre por meio da fotofosforilação acíclica. O processo começa com a absorção de fótons pela clorofila, que excita os elétrons e os transfere para o complexo de proteínas do fotossistema II (PSII). O PSII é composto por várias proteínas, incluindo a clorofila a, que é responsável pela absorção de fótons. Os elétrons excitados são transferidos para a plastoquinona (PQ), que é um transportador de elétrons lipossolúvel. A PQ transporta os elétrons para o complexo citocromo b6f, que bombeia prótons para o espaço do tilacoide, criando um gradiente de prótons que é usado para gerar ATP. Enquanto isso, a água é oxidada no PSII, liberando elétrons, prótons e oxigênio. Os elétrons são usados para substituir os elétrons excitados que foram transferidos para a PQ. Os prótons são liberados no espaço do tilacoide, contribuindo para o gradiente de prótons. O oxigênio é liberado como subproduto. Os elétrons excitados são transferidos do complexo citocromo b6f para o fotossistema I (PSI), onde são reexcitados pela absorção de mais fótons. Os elétrons excitados são então transferidos para a ferredoxina, que os transfere para a enzima NADP+ redutase. A NADP+ redutase reduz o NADP+ a NADPH, que é um transportador de elétrons solúvel em água. Em relação à importância da água na fotossíntese, ela é essencial para a reação de fotólise da água, que ocorre no PSII. A água é oxidada, liberando elétrons, prótons e oxigênio. Os elétrons são usados para substituir os elétrons excitados que foram transferidos para a PQ. Os prótons são liberados no espaço do tilacoide, contribuindo para o gradiente de prótons. O oxigênio é liberado como subproduto. Além disso, a água é um dos reagentes da reação geral da fotossíntese, que é CO2 + H2O = C6H12O6 + O2. Sem água, a fotossíntese não pode ocorrer.
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