A principal diferença entre a fotofosforilação cíclica e a fotofosforilação acíclica é que na fotofosforilação cíclica, apenas ATP é produzido, enquanto na fotofosforilação acíclica, tanto ATP quanto NADPH2 são produzidos. Na fotofosforilação cíclica, a clorofila A libera elétrons que são transportados por uma cadeia de transporte de elétrons e, em seguida, retornam à clorofila A, produzindo ATP. Já na fotofosforilação acíclica, a clorofila A libera elétrons que são transportados por uma cadeia de transporte de elétrons e, em seguida, são capturados pelo NADP+, formando NADPH2.
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