O uso de substâncias antimicrobianas pode apresentar riscos para a saúde, como o desequilíbrio da microbiota. Antibióticos de amplo espectro podem suprimir a maioria das bactérias em qualquer região do nosso corpo, levando ao superdesenvolvimento de espécies resistentes e fungos, como a Candida albicans. O uso local de antibióticos e antissépticos pode desequilibrar abruptamente a microbiota, apresentando riscos para a pessoa. Além disso, o uso excessivo de antimicrobianos pode levar à seleção de bactérias resistentes, tornando o tratamento de infecções mais difícil.
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